<div dir="ltr">Hi there FieldTrip community,<div><br></div><div>  I was curious if anyone would be familiar with an issue I came across within my study. I'm currently using an lcmv beamformer for source reconstruction of several subjects within the CamCan data set using their MEEG data. Right now, I'm currently looking back into the process of coregistration once more. The meeg data and headshape data I have use neuromag coordinates and I believe the coordinates of the fiducials are in voxel-coordinates. For all of the subjects, I get a coregistered orientation that seems to be tilted relative to the sensor array.</div><div><br></div><div> I'm unsure if this would be the correct orientation based on what I've seen from previous head model orientations. However, since I'm unfamiliar with how the head would be oriented within a neuromag system, I was wondering if there was any way to confirm that this orientation would be correct or if there may be something that needs to be rectified in the code for proper orientation. </div><div><br></div><div>Here is the code I used for coregistration to acquire the image above:<br><br><div class="gmail-rtcContent" style="padding:30px"><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">%% Realign Coord Sys.</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(14,0,255)">function </span>mrialign=coregistration(Path1,Path2,mriread,S,job)</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">addpath <span style="color:rgb(167,9,245)">/Users/alexanderwil2024/MATLAB-Drive/Research/MATLAB code/Beamformer Pipeline</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg=[];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">headshape=ft_read_headshape([Path1 Path2]);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">headshape=ft_convert_coordsys(headshape,<span style="color:rgb(167,9,245)">'neuromag'</span>);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">vox2vox = inv(mriread.transform);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">nas_voxel_mriread      = ft_warp_apply(vox2vox, headshape.fid.pos(2,:), <span style="color:rgb(167,9,245)">'homogenous'</span>); <span style="color:rgb(0,128,19)">% nasion</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">lpa_voxel_mriread      = ft_warp_apply(vox2vox, headshape.fid.pos(1,:), <span style="color:rgb(167,9,245)">'homogenous'</span>); <span style="color:rgb(0,128,19)">% Left preauricular</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">rpa_voxel_mriread      = ft_warp_apply(vox2vox, headshape.fid.pos(3,:), <span style="color:rgb(167,9,245)">'homogenous'</span>); <span style="color:rgb(0,128,19)">% Right preauricular</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><br></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg=[];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">nas1=nas_voxel_mriread; </span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">lpa1=lpa_voxel_mriread; </span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">rpa1=rpa_voxel_mriread;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.nas=nas1; </span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.lpa=lpa1;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.rpa=rpa1; </span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.coordsys=<span style="color:rgb(167,9,245)">'neuromag'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.method=<span style="color:rgb(167,9,245)">'fiducial'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">mrialign = ft_volumerealign(cfg, mriread);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">ft_sourceplot([],mrialign);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><br></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg=[];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.method=<span style="color:rgb(167,9,245)">'headshape'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.spmversion=<span style="color:rgb(167,9,245)">'spm12'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.headshape.headshape=headshape;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.headshape.interactive    = <span style="color:rgb(167,9,245)">'no'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">mrialign=ft_volumerealign(cfg, mrialign);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><br></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% ********FOR VISUALIZING CO-REGISTRATION: IMPORTANT FOR FIDUCIALS!!!</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% cfg=[];</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% cfg.method='headshape';</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% cfg.spmversion='spm12';</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% cfg.headshape.headshape=headshape;</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% cfg.headshape.interactive    = 'yes';</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">% ft_volumerealign(cfg, mrialign);</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)"><br></span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg=[];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.parameter=<span style="color:rgb(167,9,245)">'anatomy'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.filename=[<span style="color:rgb(167,9,245)">'/Volumes/My Book/coreg_mri_niftis/mrialign '</span>,S,<span style="color:rgb(167,9,245)">' for job '</span>,job];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.filetype=<span style="color:rgb(167,9,245)">'nifti'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">ft_volumewrite(cfg,mrialign);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">close <span style="color:rgb(167,9,245)">all</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">o=1;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(14,0,255)">end</span></span></div></div>  In this code, mriread refers to the subject's raw MRI nifti data after being read in. tably, after the first use of volumerealign within the code to apply the fiducials from the mri nifti (mrialign = ft_volumerealign(cfg, mriread)), I use it again to apply a headshape-based method. I obtain this sagitally tilted positioning when using this setup:</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_m3hm5z504" alt="Both volumerealigns.png" width="542" height="493"><br></div><div><br></div><div>  For additional reference, if I were to only use the first instance of the volumerealign function to apply the fiducials to mriread without using the second instance to apply the headshape method, I would obtain this coregistered model, which seem properly oriented but slightly removed from the sensor array:<br><br><img src="cid:ii_m3hlls3j3" alt="Only fiducial volumerealign.png" width="542" height="493"><br>Additionally, the vox2vox transform matrix inverts mriread's transform matrix to create the following coregistered positions. However, when the vox2vox transform doesn't use the inverted transform (vox2vox =mriread.transform) and applies the full code with both volumerealign methods, it leads to a coronally tilted positioning:<br><br><img src="cid:ii_m3hmjvov5" alt="image.png" width="542" height="493"><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>-Alex</div><div><br></div></div>