<div dir="ltr">
Dear FieldTrippers,<br><br>I am working with MEG data from multiple 
runs, each ca. 8 min long and saved as separate files. I have applied 
MaxFilter with a target head position and preprocessed each run 
individually, including ICA, and now want to concatenate the data before
 doing source reconstruction.<br><br>Up until the ICA, the grad struct was 
identical between runs. However, using ft_componentanalysis and 
ft_rejectcomponent changed the grad.tra matrix, leading to differences 
across runs. This means I can't simply merge the datasets. This <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_are_electrodes_magnetometers_or_gradiometers_described/" target="_blank">tutorial</a>
 emphasizes how important the grad.tra field is for computing the leadfields and that it should remain consistent with the data manipulations - so I assume that I can not simply use the grad.tra matrix from before 
the ICA.<br><br>Do you have suggestions on how I should proceed? Should I
perform source reconstruction separately for each run, or is it better 
to concatenate the runs first and then do the ICA on the full dataset? The runs are also rank-deficient and have slightly different ranks due to MaxFiltering, so I am unsure about merging them before ICA to avoid rank mismatches.  <br><br>Are there alternative approaches you would recommend?<br><br>Thank you!<br><br>Best regards<font color="#888888"><br>Marisa<br><br><br></font>
<p><strong>Marisa Birk</strong><br>
   PhD Student in Cognitive and Brain Sciences,<br>
   <a href="https://www.cimec.unitn.it/en/929/action-recognition-and-concepts-group" target="_blank">Action Recognition and Concepts Group (CIMeC)</a>
</p>
<p>Center for Mind and Brain Sciences (CIMeC),<br>
   University of Trento, Italy</p>

</div>