<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="overflow-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">

Hi NC,

<div><br>

</div>

<div>Could it be that you mixed up the 1’s and 2’s in your design into ft_timelockstatistics, and that you are highlighting the sensors for which the opposite contrast yielded p-values < 0.025?</div>

<div><br>

</div>

<div>BW,</div>

<div>JM</div>

<div><br id="lineBreakAtBeginningOfMessage">

<div><br>

<blockquote type="cite">

<div>On 18 Jul 2024, at 19:02, Chen, Nan via fieldtrip <fieldtrip@science.ru.nl> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

Hi community</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

I have tried to follow the tutorial "cluster-based permutation test on event-related fields": </div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

However, I am encountering an issue with the topography figure</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

As shown in the attached picture, the highlighted marker does not seem to be in the correct location. It appears misaligned with the area of the most intense color.</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<b><span id="cid:93e131cd-e784-4fd2-a3d2-9527c69e467f"><image.png></span></b></div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

I am just wondering if anyone have any clues? Thanks</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

Here is my code:</div>

<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; padding: 30px;">

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

figure;</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

% define parameters for plotting</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

timestep = 0.01; %(in seconds)</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

sampling_rate = 300; %% double check this: preprocessing file</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

sample_count = length(stat.time);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

j = [0.05:timestep:0.25]; % Temporal endpoints (in seconds) of the ERP average computed in each subplot</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

m = [1:timestep*sampling_rate:sample_count]; % temporal endpoints in M/EEG samples</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

% get relevant values</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

pos_cluster_pvals = [stat.posclusters(:).prob];</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

pos_clust = find(pos_cluster_pvals < 0.025);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

pos = ismember(stat.posclusterslabelmat, pos_clust);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

% First ensure the channels to have the same order in the average and in the statistical output.</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

% This might not be the case, because ft_math might shuffle the order</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

[i1,i2] = match_str(GA_FacevsNoise.label, stat.label);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

% plot</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

for k = 1:20;</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.figure = subplot(4,5,k);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.xlim = [j(k) j(k+1)];</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.zlim = [-5e-14 5e-14];</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

pos_int = zeros(numel(GA_FacevsNoise.label),1);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

pos_int(i1) = all(pos(i2, m(k):m(k+1)), 2); % change i2 i1, try11111111111111111</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.highlight = 'on';</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.highlightchannel = find(pos_int);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.comment = 'xlim';</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.commentpos = 'title';</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.layout = 'CTF275_helmet.mat';</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

cfg.figure = 'gca';</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

ft_topoplotER(cfg, GA_FacevsNoise);</div>

<div style="margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

end</div>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<span><span id="cid:f4d067c8-558f-441b-aba2-8afae83e9356"><image.png></span></span></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

Kind regards</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

NC</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; margin: 0px; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">

<br>

<br>

</div>

<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">fieldtrip

 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmailman.science.ru.nl%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffieldtrip&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7C96ecb411f05a4589f04708dcaa3f4ca9%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638572436043524848%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=3pV9%2FFwu1bitSYYzjX3KDBZ6yUydJ8PcqCgqbHJmdqE%3D&reserved=0" originalsrc="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" shash="kOEu0tAubL9Lr4weNi9jiH+3Js0rMP+9CSoxNMhCOhk+BxWUYhFIDOyatY8nwN/idc4efxN0NAfcNT6L767tasNuZpfaHU5y9mmbdAnHl8b+tBGnGQup7CyFl6ikdG/JVUqE9X5BPboes7ONNMkxqhChAWfuoCvPcXsAIkY/URw=" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fdoi.org%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002202&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7C96ecb411f05a4589f04708dcaa3f4ca9%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638572436043524848%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=ldH4OvRNFUZaWhxqPd0QN%2FfBQUeHcxkXUDACZkt8T7w%3D&reserved=0" originalsrc="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" shash="U1EvpLMIfG0pECX05DMAk42LthnQNvF0PpNAcvL9sDkxljxU1eiyQzzWYPg6z2+MZVpCPI0020lUp/WYKmBsm/2V883C9uGklGjI8/Y0vF45AcYk4nT3Q2Fcg4gn/z5VFN6aBseEN2FYozo4aVV1CLKDWlWrxkV/O3uyOhQqWJM=" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a></div>

</blockquote>

</div>

<br>

</div>

</body>

</html>