<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="overflow-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">

Hi Meedy Phung,

<div><br>

</div>

<div>If your trials are paired across conditions, i.e. there is a meaningful connection between the x’th trial in condition 1, and the y’th trial in condition 2, you can use a paired test-statistic (a.k.a. depsamplesT). If the former conditions is not fulfilled,

 you should use an unpaired test statistic (a.k.a. indepsamplesT)</div>

<div><br>

</div>

<div>Best wishes and good luck,</div>

<div>Jan-Mathijs</div>

<div><br id="lineBreakAtBeginningOfMessage">

<div><br>

<blockquote type="cite">

<div>On 20 Jun 2024, at 17:44, Meedy Phung via fieldtrip <fieldtrip@science.ru.nl> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

Hi fieldtrip community!</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I'd be grateful for insights on the cluster based permutation test between trials of a single subject.</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

First some info: </div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I have EEG data from 3 patients, all of them conducted the same experiment and I have trials of different conditions. </div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

Specifically, I have binary answers of 'yes' and 'no' and baselines preceding the yes/no answers </div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I only want to test within a single subject, for example difference between yes and the baseline for subject i </div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I am looping through subjects, days and sessions and this is the config for the test:</div>

<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; padding: 30px;">

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

% initialize cell array for yes/baseline stat results for each patient</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

stat_yesbl_delta= cell(nsubj, 1);</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

% test null-hypothesis of exchangeability between YES and BASELINE YES</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

for subi = 1:nsubj</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

stat_yesbl_delta{subi} = cell(1, numel(tfpow_yes{subi})); % cell for each day</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

for dayi = 1:numel(tfpow_yes{subi})</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

stat_yesbl_delta{subi}{dayi} = cell(1, numel(tfpow_yes{subi}{dayi})); % cell for each session</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

for sessi = 1:numel(tfpow_yes{subi}{dayi})</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

% design matrix for the statistical evaluation</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

design = [ones(1, length(tfpow_yes{subi}{dayi}{sessi}.trialinfo)), ones(1, length(tfpowbase_yes{subi}{dayi}{sessi}.trialinfo))*2];</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

% config</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg = [];</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.channel = 'all';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.latency = 'all'; </div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.frequency = [1 4]; % theta(4-8) and alpha(8-13) // beta(13-30), gamma(30-45), delta(1-4)</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.method = 'montecarlo';</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.statistic = 'indepsamplesT'; % independent or dependent??</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.correctm = 'cluster';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.clusterstatistic = 'maxsum';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.clustertail = 0;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.clusteralpha = 0.05; % alpha level of the sample-specific test statistic that will be used for thresholding</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.alpha = 0.025; % corresponding to a false alarm rate of 0.05 in a two-sided test</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.tail = 0; % one-sided (-1 or 1) or two-sided (0) test</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.correcttail = 'prob';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.numrandomization = 10000;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.design = design;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.neighbours = []; % clustering done along the freq and time dimensions</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

cfg.ivar = 1; % row in design indicating condition</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

stat_yesbl_delta{subi}{dayi}{sessi} = ft_freqstatistics(cfg, tfpow_yes{subi}{dayi}{sessi}, tfpowbase_yes{subi}{dayi}{sessi});</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

end</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

end</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

end</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

As you can see i have been using cfg.statistic = 'indepsamplesT';</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I have read though in some other papers that they used 'depsamplesT' for tests within a single subject and i asked chatgpt and he confirmed it. </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I chose 'indepsamplesT' though because based from the tutorial here:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.fieldtriptoolbox.org%2Ftutorial%2Fcluster_permutation_freq%2F%23between-trial-experiments&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7C92808aeca7e045ce061108dc945522c7%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638548340572324787%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=EW7AGfxk57gwd0FaAaS1vrN%2Fb%2BA3xNV2oHt5K1cKltE%3D&reserved=0" originalsrc="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_freq/#between-trial-experiments" shash="UG4QHqRgStFnDye/4lYzSMqEXeyNNvxpVsSaHs2PgBz9GnmS7l/Y6LxDbFJdO30f6Pnn7s3cYtyGE+NWgzbDvEtFnqwZJ+rj64BtrakvmB6AvB4VtM1VbxWVslNlpIFSpGe7S9LeYgn4PiVF/jDtcKI9mK36gclwWVof5RZ3rcE=" originalsrc="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_freq/#between-trial-experiments" shash="QQGg+JJwrlm0+T3G9vGXHbNCycTScoR4/jqHSquMx/ErqZ/DBxL/jz0JLxE9HKsKlbjQoeha5W6g7BSgUYf2/lBOt3PtHJX0Wm9R9UA5U+4QpOzGpRDcBpg0yC3TlNucTLfh9zkRtTrwxmzfO+Zq4i0Bhhr2L0FVnKUzP47N8IQ=" id="LPlnk992863">https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_freq/#between-trial-experiments</a></div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

This should be a between trial experiment? </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I am quite confused which is correct. I am sorry if this question seems trivial, I am quite new to this field.</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

However, when testing the 'depsamplesT' statistic, i am getting this error: </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

Error using ft_statistics_montecarlo could not determine the parametric critical value for clustering</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

Error in ft_freqstatistics (line 194) [stat, cfg] = statmethod(cfg, dat, design); explain</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

While when i am using 'indepsamplesT' i am getting no error. </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

I'd be grateful for any help and advice! </div>

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<div class="elementToProof" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt;">

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<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;">fieldtrip

 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

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