<div dir="ltr">Hi All,<div>I am Monalisa, a neuroscience master's student doing research for my thesis. I am relatively new to fieldtrip. I have a dataset obtained from stats results (obtained after using dics beamformer and parametric permutation test) which I am trying to plot the brain activations during the experiment. My experiment had 100 participants and I used one participant's anatomical brain as my template. However, most activations are outside the brain. I do not know if this is a normalization issue. Below is an example of the images I generate.</div><div><img src="cid:ii_lxmvozur0" alt="image.png" width="537" height="542"><br></div><div><br></div><div>I used the code from this tutorial : <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/#plotting-data-at-the-source-level">https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/#plotting-data-at-the-source-level</a>:</div><div><br></div><div>My code</div><div>% Load results - get standard stat-results<br>

load('statresults/t_statres.mat');

<br></div><div><br></div><div>% Interpolation - get standard MRI</div><div>mri = ft_read_mri('Z:\EEG\sub-1_T1w.mat');  <br><br><br>%Reslice<br>cfg = [];<br>mri = ft_volumereslice(cfg, mri);<br><br>% Interpolate the statistical data onto the resliced MRI template<br>cfg            = [];<br>cfg.downsample = 2;<br>cfg.parameter  = 'stat';<br>cfg.interpmethod    = 'nearest';<br>Stat_source  = ft_sourceinterpolate(cfg, t_statres , mri);<br><br>% spatially normalize the data to brain sample<br>cfg            = [];<br>cfg.nonlinear  = 'no';<br>cfg.spmversion = 'spm12' ;<br>Stat_source  = ft_volumenormalise(cfg, Stat_source);<br><br><br>

save('statresults/Stat_source.mat', 'Stat_source');

<br>%% DONE<br>fprintf('DONE\n');<br></div><div><br></div><div>Plot code</div><div>cfg = [];<br></div>cfg.method = 'ortho';<br>cfg.funparameter = 'stat';<br>cfg.maskparameter = cfg.funparameter;<br>cfg.funcolorlim = [-2 2];  % Adjust the color limits if needed<br>cfg.opacitylim = [-2 2];  % Adjust the opacity limits if needed<br>cfg.opacitymap = 'rampup';<br>cfg.anaparameter = 'anatomy';<br>cfg.funcolormap = 'jet';<br><br>ft_sourceplot(cfg, Stat_source);<br><br>% Add title and save the plot<br>title('Theta_SEMxAGE');<br>saveas(gcf, 'Theta_EMxAGE.png');<div>fprintf('DONE\n');<br></div><div><br></div><div>Previously, I used the template mri in fieldtrip; mri = ft_read_mri('Z:\EEG\software\fieldtrip\external\spm12\toolbox\OldNorm\T1.nii');</div><div><br></div><div>Using the template, I got this image. However, I wanted a sharper anatomical underlay. How do I resolve the error above?</div><div><img src="cid:ii_lxmvzu5f1" alt="image.png" width="537" height="542"><br></div></div>