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<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi fieldtrip community!</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I'd be grateful for insights on the cluster based permutation test between trials of a single subject.</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

First some info: </div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I have EEG data from 3 patients, all of them conducted the same experiment and I have trials of different conditions. </div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Specifically, I have binary answers of 'yes' and 'no' and baselines preceding the yes/no answers </div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I only want to test within a single subject, for example difference between yes and the baseline for subject i </div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I am looping through subjects, days and sessions and this is the config for the test:</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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<div style="padding: 30px;">

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

% initialize cell array for yes/baseline stat results for each patient</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

stat_yesbl_delta= cell(nsubj, 1);</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

% test null-hypothesis of exchangeability between YES and BASELINE YES</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

for subi = 1:nsubj</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

stat_yesbl_delta{subi} = cell(1, numel(tfpow_yes{subi})); % cell for each day</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

for dayi = 1:numel(tfpow_yes{subi})</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

stat_yesbl_delta{subi}{dayi} = cell(1, numel(tfpow_yes{subi}{dayi})); % cell for each session</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

for sessi = 1:numel(tfpow_yes{subi}{dayi})</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

% design matrix for the statistical evaluation</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

design = [ones(1, length(tfpow_yes{subi}{dayi}{sessi}.trialinfo)), ones(1, length(tfpowbase_yes{subi}{dayi}{sessi}.trialinfo))*2];</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

% config</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg = [];</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.channel = 'all';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.latency = 'all'; </div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.frequency = [1 4]; % theta(4-8) and alpha(8-13) // beta(13-30), gamma(30-45), delta(1-4)</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.method = 'montecarlo';</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.statistic = 'indepsamplesT'; % independent or dependent??</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.correctm = 'cluster';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.clusterstatistic = 'maxsum';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.clustertail = 0;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.clusteralpha = 0.05; % alpha level of the sample-specific test statistic that will be used for thresholding</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.alpha = 0.025; % corresponding to a false alarm rate of 0.05 in a two-sided test</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.tail = 0; % one-sided (-1 or 1) or two-sided (0) test</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.correcttail = 'prob';</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.numrandomization = 10000;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.design = design;</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.neighbours = []; % clustering done along the freq and time dimensions</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

cfg.ivar = 1; % row in design indicating condition</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

stat_yesbl_delta{subi}{dayi}{sessi} = ft_freqstatistics(cfg, tfpow_yes{subi}{dayi}{sessi}, tfpowbase_yes{subi}{dayi}{sessi});</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

end</div>

<div style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

end</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

end</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

As you can see i have been using cfg.statistic = 'indepsamplesT';</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I have read though in some other papers that they used 'depsamplesT' for tests within a single subject and i asked chatgpt and he confirmed it. </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I chose 'indepsamplesT' though because based from the tutorial here: <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_freq/#between-trial-experiments" id="LPlnk992863">

https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/cluster_permutation_freq/#between-trial-experiments</a></div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

This should be a between trial experiment? </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I am quite confused which is correct. I am sorry if this question seems trivial, I am quite new to this field.</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

However, when testing the 'depsamplesT' statistic, i am getting this error: </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Error using ft_statistics_montecarlo could not determine the parametric critical value for clustering</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Error in ft_freqstatistics (line 194) [stat, cfg] = statmethod(cfg, dat, design); explain</div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

While when i am using 'indepsamplesT' i am getting no error. </div>

<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I'd be grateful for any help and advice! </div>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: "Segoe UI", "Segoe UI Web (West European)", "Helvetica Neue", sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

</body>

</html>