<div dir="ltr">Hello Fieldtrip community,<div><br></div><div>  I was curious if anyone here has come across this issue. I'm currently in the process of registering fiducials to a participant from the CamCan study. The meeg data, D, I'm using has been converted from SPM to <span>fieldtrip</span> using the function. spm2fieldtrip(). The converted data itself has been defined, and has undergone pre-processing and time-locking in SPM. ft_read_mri() used a .nifti MRI file and an empty configuration. I have used the fiducials applied to the segmented mri model's configuration and subsequently used the configuration to realign the segmented mri using ft_volumerealign() with cfg.coordsys='neuromag'. After, segmentation was done using ft_volumesegment(), again with an empty configuration. However, it seems as though the gradiometer array and the headmodel aren't properly aligned to one another after plotting both. The unit of the grad, mri and headmodel are all in 'mm'.</div><div><br></div><div><div class="gmail-rtcContent" style="padding:30px"><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">%% Sensors </span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><br></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">grad = ft_read_sens([Path1,Path2], <span style="color:rgb(167,9,245)">'senstype'</span>, <span style="color:rgb(167,9,245)">'meg'</span>);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">%% MRI Read</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)"><br></span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">mri = ft_read_mri([Path1,Path3]);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">%% Reslice Volume</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"> <br></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg            = [];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.resolution = 1;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">mri            = ft_volumereslice(cfg, mri);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">%% Realign Coord Sys.</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)"><br></span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg=[];</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.nas    = D2.datareg.fid_eeg.fid.pnt(1,:);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.lpa    = D2.datareg.</span><span style="white-space:pre">fid_eeg</span><span style="white-space:pre">.fid.pnt(2,:);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">cfg.fiducial.rpa    = D2.datareg.</span><span style="white-space:pre">fid_eeg</span><span style="white-space:pre">.fid.pnt(3,:);</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">nas=cfg.fiducial.nas; </span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">lpa=cfg.fiducial.lpa;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre">rpa=cfg.fiducial.rpa;</span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:13px;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><div class="gmail-rtcContent" style="padding:30px"><div class="gmail-lineNode"></div><div class="gmail-lineNode"><span style="white-space:pre">cfg.coordsys=<span style="color:rgb(167,9,245)">'neuromag'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode"><span style="white-space:pre">cfg.method=<span style="color:rgb(167,9,245)">'fiducial'</span>;</span></div><div class="gmail-lineNode"></div><div class="gmail-lineNode"><span style="white-space:pre">mri = ft_volumerealign(cfg, mri);</span></div><div class="gmail-lineNode"><span style="white-space:pre">ft_sourceplot([],mri)</span></div></div></div></div></div><div><div><br></div></div><div>-Alex</div></div>