<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

Hi Kinga,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">It’s a bit unclear from your message what you mean by ’seems to have some artefacts’. Without additional information about what you consider to be artefacts it is hard to comment by the readership (or the usual suspects that answer messages on

 this list.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best wishes,</div>

<div class="">Jan-Mathijs</div>

<div class=""><br class="">

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 3 May 2024, at 18:38, Kinga Korek via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

Hello,</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

I've been trying to put together all the pieces of code I needed for calculating whole brain functional connectivity from MEG recordings. The code is running and gives some results, but the connectivity matrix it produces seems to have some artefacts. Could

 you advise what should I change to fix it?</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

I'm using data from the CamCAN project, and for now, I'm trying with a single subject.</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

Here is the script I'm using:<br class="">

<br class="">

<span style="font-family: "Courier New", monospace;" class="">ft_defaults</span></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

meg_file = 'sub-CC110033_ses-rest_task-rest_proc-sss.fif';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_file = 'sub-CC110033_T1w.nii';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% from:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fnatmeg.se%2FMEEG_course2018%2Fpreprocess_MRI_data2.html&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=pBQeByqCJK9T3Ut8zqDwP%2BB3b4ScvRe%2Bo8%2FbCp3qPnc%3D&reserved=0" originalsrc="https://natmeg.se/MEEG_course2018/preprocess_MRI_data2.html" shash="G0pl1hCfK3lHQpFGazlwQ5TfzO2FbNJAyC0UD6R6G1BYkdQg+ceTB469uMbFmC1Y3u1829ZXoFEp/TiFdq0/mQ0bLtW8lZ5VY4kdrHt65ig9c6cW5ji3f1fMVWBcIUQYY7YxFM0YLb1YNXk278gnXJu6r/xohP+vfQCtY/KYqo8=" class="">https://natmeg.se/MEEG_course2018/preprocess_MRI_data2.html</a></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% HEAD MODEL %%</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Reading files and determining coordinate system</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri = ft_read_mri(mri_file);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Reading Anatomical Landmark Coordinates from .jason file (MEG data folder)</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

fileName = 'sub-CC110033_ses-rest_task-rest_proc-sss_coordsystem.json'; % filename in JSON extension</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

fid = fopen(fileName); % Opening the file</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

raw = fread(fid,inf); % Reading the contents</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

str = char(raw'); % Transformation</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

fclose(fid); % Closing the file</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

coord_data = jsondecode(str); % Using the jsondecode function to parse JSON from string</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

NAS = coord_data.AnatomicalLandmarkCoordinates.NAS;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

LPA = coord_data.AnatomicalLandmarkCoordinates.LPA;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

RPA = coord_data.AnatomicalLandmarkCoordinates.RPA;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Co-register MRI to Neuromag based on fiducials</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method = 'fiducial';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.fiducial.nas = NAS;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.fiducial.lpa = LPA;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.fiducial.rpa = RPA;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.coordsys = 'acpc'; % only with acpc coordinate system co-registration looks alright</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_realigned_1 = ft_volumerealign(cfg, mri);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

headshape = ft_read_headshape(meg_file); % Load head shape</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

grad = ft_read_sens(meg_file,'senstype','meg'); % Load MEG sensors</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Automatic procedure called “iterative closest point” (icp) to fit fiducials and head points</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method              = 'headshape';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.headshape = headshape;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.icp       = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.coordsys            = 'acpc';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.interactive = 'no';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_realigned_2 = ft_volumerealign(cfg, mri_realigned_1);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% sensors do not fit the head shape at this point!</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Checking co-registration</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method              = 'headshape';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.headshape = headshape;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.coordsys            = 'acpc';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.icp       = 'no';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape.interactive = 'no';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_realigned_3 = ft_volumerealign(cfg, mri_realigned_2);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% sensors fit the head shape now</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Reslice MRI data and convert units</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.resolution = 1;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_resliced_mm = ft_volumereslice(cfg, mri_realigned_3);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_resliced_cm = ft_convert_units(mri_resliced_mm, 'cm');</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Segment data into brain, skull, and scalp</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.output = {'brain' 'skull' 'scalp'};</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented = ft_volumesegment(cfg, mri_resliced_cm);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Correct the segmentation</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_brain = mri_segmented.brain;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_skull = mri_segmented.skull | binary_brain;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_scalp = mri_segmented.scalp | binary_brain | binary_skull;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_scalp = mri_segmented.scalp + binary_skull;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% use boolean logic together with IMERODE</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_skull = binary_skull & imerode(binary_scalp, strel_bol(2)); % fully contained inside eroded scalp</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

binary_brain = binary_brain & imerode(binary_skull, strel_bol(2)); % fully contained inside eroded skull</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Copy the segmented volume into a new structure</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented_2 = mri_segmented;  % Copy stucture</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented_2.anatomy = mri_resliced_cm.anatomy; % Copy anatomical image</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

 </div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% insert the updated binary volumes, taking out the center part for skull and scalp</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented_2.brain    = binary_brain;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented_2.skull    = binary_skull & ~binary_brain;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mri_segmented_2.scalp    = binary_scalp & ~binary_brain & ~binary_skull;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Construct mesh for brain segment</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method = 'projectmesh';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.tissue = 'brain';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.numvertices = 3000;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

mesh_brain = ft_prepare_mesh(cfg, mri_segmented_2);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Construct head model for MEG</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method = 'singleshell';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

headmodel = ft_prepare_headmodel(cfg, mesh_brain);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% from:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fnatmeg.se%2FMEEG_course2018%2Fpreprocess_MRI_data2.html&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=pBQeByqCJK9T3Ut8zqDwP%2BB3b4ScvRe%2Bo8%2FbCp3qPnc%3D&reserved=0" originalsrc="https://natmeg.se/MEEG_course2018/preprocess_MRI_data2.html" shash="G0pl1hCfK3lHQpFGazlwQ5TfzO2FbNJAyC0UD6R6G1BYkdQg+ceTB469uMbFmC1Y3u1829ZXoFEp/TiFdq0/mQ0bLtW8lZ5VY4kdrHt65ig9c6cW5ji3f1fMVWBcIUQYY7YxFM0YLb1YNXk278gnXJu6r/xohP+vfQCtY/KYqo8=" class="">https://natmeg.se/MEEG_course2018/preprocess_MRI_data2.html</a></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% END of NatMEG tutorial</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% SOURCE MODEL %%</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Load source model template</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

ftpath = 'fieldtrip-20220707\template\sourcemodel\standard_sourcemodel3d10mm.mat';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

load(ftpath);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

template_grid = sourcemodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

clear sourcemodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Prepare source model based on MNI template</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% cfg.warpmni = 'yes'; % Warning: please specify cfg.method='basedonmni' instead of cfg.warpmni='yes'</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method = 'basedonmni';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.nonlinear = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.unit = 'cm';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.resolution = 1;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.template = template_grid;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headshape = headshape;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headmodel = headmodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.mri = mri_resliced_cm;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

sourcemodel = ft_prepare_sourcemodel(cfg);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% ########################################################################</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% SOURCE RECONSTRUCTION %%</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% MEG preprocessing</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg            = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.dataset    = meg_file;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.continuous = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.channel    = {'MEG'};</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

data           = ft_preprocessing(cfg);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg         = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.length  = 2;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.overlap = 0.5;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

data        = ft_redefinetrial(cfg, data);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg        = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.demean = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

data       = ft_preprocessing(cfg, data);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg            = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.resamplefs = 100;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.detrend    = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

meg_preprocessed = ft_resampledata(cfg, data);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Compute the leadfield</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.grid = sourcemodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headmodel = headmodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.channel = {'MEG'};</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

lf = ft_prepare_leadfield(cfg, meg_preprocessed);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% MEG frequency analysis [frequency band]</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% compute sensors level Fourier spectra (for cross-spectral density computation)</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% from:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.fieldtriptoolbox.org%2Ftutorial%2Fbeamformer%2F&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=kO%2Fp8YLzsv50mq%2FUN3is1okGbKufY%2BcGgMP73Daggz0%3D&reserved=0" originalsrc="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformer/" shash="bqRtenyoyD6y9EJIWNntJjPJRFY5ALXdT9DoJEF9fvH0arNO3V7uGN8CdmeRR1WGvBceiotX8a2XLorGcJ0zLtMthsvFXtWk0uH2WF+diR1ymV9RgjjFNX//F/UXiTeKfjvGcqPITui/ZDEc6ddgBZarY+0B5W1eUABEJc4L5dI=" class="">https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformer/</a></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%      <span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Ffieldtrip%2Ffieldtrip%2Fblob%2Frelease%2Fft_freqanalysis.m&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=BwVWyPKn7R9CRnL9dJrY4XALEouoBuPufRRyffQq4x0%3D&reserved=0" originalsrc="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_freqanalysis.m" shash="WeFLHFdVT7pQ5VvuVqEqwde/Z2B7CdYjWVl1dLCp3MgkuIxNarU+B0nF1hlNDVP94Z85nchy2St/oXStD9C04cuN/I2Ex3KwFTeBL99OU+nVQ/AQ7edVuNjopHAXBs+K9jrf7thpwr86suivKO0/Y62s7hZUBtNkhAUtA10Ox8o=" class="">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_freqanalysis.m</a></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg           = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method    = 'mtmfft';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.output    = 'fourier';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.keeptrials = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.tapsmofrq = 1;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.foilim    = [8 13];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

freq_alpha           = ft_freqanalysis(cfg, meg_preprocessed);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Source reconstruction</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg                   = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.frequency         = [8 13];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method            = 'pcc';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.grid              = lf;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.headmodel         = headmodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.sourcemodel       = sourcemodel;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.keeptrials        = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.pcc.lambda        = '10%';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.pcc.projectnoise  = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.pcc.fixedori      = 'yes';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

source = ft_sourceanalysis(cfg, freq_alpha);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Compute connectivity</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% from:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.fieldtriptoolbox.org%2Ftutorial%2Fnetworkanalysis%2F&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=2o39ZpwMqElKbTVG%2BS7DRyHQ1A2MzPA%2BchPUBuh2Dus%3D&reserved=0" originalsrc="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/" shash="RoIcIwrlDTOCcXVaV32mSj1FYmRN2GSlU7irRR2Vc+b5ozQ6hsxSxucy0huTx7li+EsmzQGgSG36m3H8uoajsFCjlifL/XGKkyQFuFNaJKRM/cFjjcRNT5o+yQnhD81aGmuMxkabR4EsMd0HBUxYuTPW+QWxpS29VxnUPKmjU+U=" class="">https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/</a></div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg         = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.method  = 'coh';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.complex = 'absimag';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

source_conn = ft_connectivityanalysis(cfg, source);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

figure;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

imagesc(source_conn.cohspctrm);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Read the atlas</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

atlas = ft_read_atlas('fieldtrip-20220707\template\atlas\aal\ROI_MNI_V4.nii');</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Source interpolation</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.parameter = 'tissue';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.interpmethod = 'nearest';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

sourcemodel_interpolated = ft_sourceinterpolate(cfg, atlas, sourcemodel);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

%% Source parcelation</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

sourcemodel_interpolated.pos = source_conn.pos; % otherwise the parcellation won't work</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg = [];</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% cfg.parcellation = 'parcellation'; % ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, sourcemodel_interpolated) -> Error: Unrecognized field name "parcellation".</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

cfg.parameter    = 'cohspctrm';</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, atlas); % -> Error: the units of the source and parcellation structure are not consistent, please use FT_SOURCEINTERPOLATE</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

% parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, sourcemodel_interpolated, source_conn); % -> Error: This function requires parcellation data as input, see ft_datatype_parcellation.</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, sourcemodel_interpolated);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

figure;</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: "Courier New", monospace; font-size: 12pt;" class="">

imagesc(parc_conn.cohspctrm);</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

<br class="">

Kind regards,</div>

<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">

Kinga</div>

<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">This

 message and any attachment are intended solely for the addressee and may contain confidential information. If you have received this message in error, please contact the sender and delete the email and attachment. Any views or opinions expressed by the author

 of this email do not necessarily reflect the views of the University of Nottingham. Email communications with the University of Nottingham may be monitored where permitted by law. _______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">fieldtrip

 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmailman.science.ru.nl%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffieldtrip&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=R9zosLnA3KAKNwpv%2BLens%2FTnsySJPgkbkHTj5Xdun0Q%3D&reserved=0" originalsrc="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" shash="sYGcx3ChtwEdemcG1d6rus8bQo1VSL/5Js6tx65G43fBWPG/TzqYzorE6OJRbmL1Xjypw7BZqz+uaxhgNNOfRv0dh+3LGikBSGkGUKSvakzNZzZUbNr8aazZ7vvgWiFCru5kpYElqS0ji2WJ+fh5NPdJxVSA/fVnm0kLaPCh/Gc=" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fdoi.org%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002202&data=05%7C02%7Cfieldtrip%40science.ru.nl%7Ca5a6a83962b446a135ae08dc764671e2%7C084578d9400d4a5aa7c7e76ca47af400%7C1%7C0%7C638515292130890553%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C0%7C%7C%7C&sdata=%2BkN6isULXiAxmXxNwSJ%2FAsZY1W2xTdMNF4JMs5UhgLA%3D&reserved=0" originalsrc="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" shash="G3+4/3y9L9+ZBm6ZgQ039RdiRjLhRlnzM+XwXWqxHm4v+u8g9wMaIQ0rhgjsol3bBXBtb1fHJPX++bzYY93ZuTQJdv+DnrDAFFretVKTVfyATNnQMV8LUifF1eJio93GhrM1bEyw7G5lo+bxbDPhUD3Z02Mmz4a8uJm3DaF/8vk=" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a></div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

</body>

</html>