<div dir="ltr">Hello,<br><div>I have a question regarding the following function: </div><div>function [source] = ft_dipolefitting(cfg, data)</div><div>which is reported at the following link: <a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_dipolefitting.m">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_dipolefitting.m</a></div><div>I would like to understand what changes in the following lines when the question is about doing the grid search or not and what is the difference between sourcemodel and dipole.</div><div>In particular, it is not very clear for me what the function does from lines 11-15 and from 17-18: what is the difference between this two sections?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Sara</div><div><div class="gmail-rtcContent" style="padding:30px"><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">1 % If you start with a grid search, the complete grid with dipole positions is</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">2 % constructed using FT_PREPARE_SOURCEMODEL. It can be specified as as a regular 3-D</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">3 % grid that is aligned with the axes of the head coordinate system using</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">4 %   cfg.xgrid               = vector (e.g. -20:1:20) or 'auto' (default = 'auto')</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">5 %   cfg.ygrid               = vector (e.g. -20:1:20) or 'auto' (default = 'auto')</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">6 %   cfg.zgrid               = vector (e.g.   0:1:20) or 'auto' (default = 'auto')</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">7 %   cfg.resolution          = number (e.g. 1 cm) for automatic grid generation</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">8 % If the source model destribes a triangulated cortical sheet, it is described as</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">9 %   cfg.sourcemodel.pos     = N*3 matrix with the vertex positions of the cortical sheet</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">10 %   cfg.sourcemodel.tri     = M*3 matrix that describes the triangles connecting the vertices</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)"><br></span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">11 % Alternatively the position of a few dipoles at locations of interest can be</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">12 % user-specified, for example obtained from an anatomical or functional MRI</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">13 %   cfg.sourcemodel.pos     = N*3 matrix with position of each source</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">14 %   cfg.sourcemodel.inside  = N*1 vector with boolean value whether grid point is inside brain (optional)</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">15 %   cfg.sourcemodel.dim     = [Nx Ny Nz] vector with dimensions in case of 3-D grid (optional)</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">16 %</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">17 % If you do not start with a grid search, you have to give a starting location</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">18 % for the nonlinear search</span></span></div><div class="gmail-lineNode" style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace"><span style="white-space:pre"><span style="color:rgb(0,128,19)">19 %   cfg.dip.pos     = initial dipole position, matrix of Ndipoles x 3</span></span></div></div></div></div>