<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>
<p>Jan,</p>
<p>First of all, I did check Mikkel suggestions about the tutorial of "the p-values associated with the cluster" (<a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/statistics/" target="_new">https://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/statistics/</a>). However, as I mentioned in my first mail, my data comes from Neuropixels 1.0 recordings, not EEG data from several electrodes around the brain, but a single tract with 384 channels across 3.8 mm depth (here you have the link of the first article for further information in case you are not familiarized with the system: <a href="https://www.nature.com/articles/nature24636" target="_new">https://www.nature.com/articles/nature24636</a>). <span>Regarding clusters, after consulting with a colleague who has more experience with FieldTrip, it seems that using clusters may not be appropriate for our data analysis. Our recording system, being based on a single tract (Neuropixels), may not align well with the typical cluster-based analysis, which is more commonly used for EEG and recordings from multiple brain regions. Therefore, we opted for a different approach that better suits our data structure.</span> According to this, information about clusters was not useful to this matter, or that is what we thought, maybe we could argue this. So, as he suggested me, after discussing mask, prob, and cirange variables after the statistic script, I wrote another issue in the Github. Just to clarify my little chat with Mikkel, in case I did not clarify it ðŸ˜Š.</p>
<p>Regarding the use of "fdr" for multiple comparisons, initially, I wanted to perform a more straightforward analysis of the data without applying fdr or any other method to have a preliminary view of the results. However, even after applying fdr, I still encounter the correlation between mask and cirange, and the inconsistency between mask and prob.</p>
<p>Now, regarding your inquiries:</p>
<ul>
<li>
<p>Actually yes, there is new information in the last issue, if you look carefully. As I checked the "ft_statistics_montecarlo", "ft_statistics_analytic", and "ft_freqstatistics" in the Fieldtrip github in order to know how the mask variable is calculated, no clues I found about this topic. The only part I found about the mask variable was this: stat.mask = stat.prob<=cfg.alpha; (<a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_statistics_montecarlo.m#L455" target="_new">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_statistics_montecarlo.m#L455</a> and <a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_statistics_analytic.m" target="_new">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/blob/release/ft_statistics_analytic.m</a>) when no correction was utilized. Consequently, rechecking the stat variable that I got from ft_freqstatistics, I realized the cirange and mask consistency that I have mentioned in the last issue. At this point, it was my last message with Mikkel, as I did not know if this correlation is a bug from the script or maybe I did commit some mistake with my input information.</p>
</li>
<li>
<p>According to the cirange, the same I said before, I do not know if I have to but the point is that there is a correlation with the mask variable. When it appears a value of 0 at cirange (let's say at positions x and y, in the matrix), at those same positions, it appears a "1" at mask, independently if prob(x,y) < cfg.alpha or not. Repeating myself in order to clarify, I do not know if this is a random correlation or if it happens for a bug in the script, but I thought it was worth asking ðŸ˜Š.</p>
</li>
<li>
<p>I may have missed one line from my code, but yes, you are right, I have this following line regarding the number of randomizations: "cfg.numrandomization = 'all';". Another fault from my part and my code, the "data" you mentioned was referring to "datafftpost" but I may have copied an old version of the code, so sorry for that. </p>
</li>
<li>
<p>Making statistics with 3 subjects is not definitive, obviously, but you can have an idea of what differences you have between experimental and sham group (also if there are any), so it may be helpful although you cannot believe it until the N is more representative. Also, I was trying to check if the code was working properly with my data.</p>
</li>
</ul>
<p>Thank you for your support in this matter, and I appreciate any feedback you can provide. I hope we can discuss any further questions that may arise from my data calmly and as adults.</p>
<p>Kind regards,</p>
<p>Guille</p>
<p><br /></p>
<div id="v1v1_rc_sig"></div>
</body></html>