<div dir="ltr">Dear FieldTrip Community,<br><br>I am Chengyuan Wu, currently engaged in source analysis using FieldTrip with EEG data collected from the EGI 128 electrode system. I'd like to share my approach and seek your advice on a couple of points.<br><br>Due to the complexity of aligning electrodes with the EGI system compared to the 10-20 standard, and lacking subject-specific MRI structural images, I opted to use FieldTrip's standard structural images for head model creation. Following the community discussions “source analysis EEG data without MRI (2013)” and “Standard BEM or FEM models for use with 256-electrode EEG data recorded with EGI caps (2016)”, I used the subjectK.mri from the recommended tutorial, which extends from the head to the neck, thus fitting well with the EGI 128 system(download from:<a href="https://download.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformingextended/">https://download.fieldtriptoolbox.org/tutorial/beamformingextended/</a>).<br><br>I created the head model and realigned the electrode positions using my electrode template, AdultAverageNet129_v1.sfp, similar to FieldTrip’s GSN-HydroCel-129.sfp. The first three electrodes were renamed 'Nz', 'LPA', and 'RPA' directly in the .sfp file, as suggested in the 2016 discussion. The process followed the standard FieldTrip tutorial, with steps including reading anatomical data, segmentation, mesh creation, head model preparation, and electrode alignment.The code shows as below:<div><br></div><div>%% Reading in the anatomical data<br>mri = ft_read_mri('F:\eeg_ningbo\source\2mne\subjectK.mri');</div><div><br>%% Segmentation:three different tissue types(scalp, skull and brain)<br>cfg           = [];<br>cfg.output    = {'brain','skull','scalp'};<br>segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mri);<br>save segmentedmri segmentedmri</div><div><br>%% Mesh<br>cfg=[];<br>cfg.tissue={'brain','skull','scalp'};<br>cfg.numvertices = [3000 2000 1000];<br>bnd=ft_prepare_mesh(cfg,segmentedmri);<br>save bnd bnd</div><div><br>%% Head model<br>cfg        = [];<br>cfg.method = 'bemcp'; % You can also specify 'openmeeg', 'bemcp', or another method.<br>vol        = ft_prepare_headmodel(cfg, bnd);<br>save vol vol</div><div><br>%% Align the electrodes<br> elec = ft_read_sens('F:\eeg_ningbo\AdultAverageNet128_v1.sfp');<br> elec = ft_convert_units(elec, 'mm');<br>% First, we get these positions in the ctf coordinate system using the transformation matrix of the mri <br>% and the ft_warp_apply function.<br>nas=mri.hdr.fiducial.mri.nas;<br>lpa=mri.hdr.fiducial.mri.lpa;<br>rpa=mri.hdr.fiducial.mri.rpa;</div><div><br>transm=mri.transform;<br>nas=ft_warp_apply(transm,nas, 'homogenous');<br>lpa=ft_warp_apply(transm,lpa, 'homogenous');<br>rpa=ft_warp_apply(transm,rpa, 'homogenous');<br><br>% Then, we align the position of the fiducials in the electrode structure (defined with labels ‘Nz’, ‘LPA’, ‘RPA’)<br>% to their ctf-coordinates that we acquired from the anatomical mri (nas, lpa, rpa).<br>% create a structure similar to a template set of electrodes<br>fid.elecpos       = [nas; lpa; rpa];       % ctf-coordinates of fiducials<br>fid.label         = {'Nz','LPA','RPA'};    % same labels as in elec<br>fid.unit          = 'mm';                  % same units as mri<br>% alignment<br>cfg               = [];<br>cfg.method        = 'fiducial';<br>cfg.target        = fid;                   % see above<br>cfg.elec          = elec;<br>cfg.fiducial      = {'Nz','LPA','RPA'};     % labels of fiducials in fid and in elec<br>elec_aligned      = ft_electroderealign(cfg);<br>% We can check the alignment by plotting together the scalp surface with the electrodes.<br>figure;<br>% Interactive alignment<br>cfg           = [];<br>cfg.method    = 'interactive';<br>cfg.elec      = elec_aligned;<br>cfg.headshape = vol.bnd(3);<br>elec_aligned  = ft_electroderealign(cfg);<br>save elec_aligned elec_aligned;<br><br>Despite following these steps, I observed that the 'fiducial' method didn't precisely match electrode positions, being accurate only along the y-axis. Consequently, I performed a manual adjustment using 'interactive' method. I have attached images showing the electrode-skin combination after the 'fiducial' adjustment and the subsequent 'interactive' adjustment for reference.<br><br>My questions are as follows:<br><br>1. Is the use of the 'interactive' method for a second adjustment rigorous? and could it impact the accuracy of subsequent source analysis results?<br>2. Are there more standardized methods specifically for creating head models and realigning electrodes with the EGI 128 system, especially methods that avoid the manual adjustments I resorted to?<br><br>If anyone has standardized procedures, particularly those that circumvent manual electrode position adjustments, your guidance would be immensely appreciated. Also, if there are any errors or improvements to be suggested in my code or approach, I would be grateful for your insights.<br><br>Thank you all for your guidance and support in advance!<br><br>Best regards,<br><br>Chengyuan Wu<br></div><img src="cid:ii_lrgnruou0" alt="align after interactive method.jpg" width="472" height="354"><img src="cid:ii_lrgnrupc1" alt="align after interactive method2.jpg" width="472" height="354"><img src="cid:ii_lrgnrupj2" alt="align after interactive method3.jpg" width="472" height="354"><img src="cid:ii_lrgnrupo3" alt="align after the first  'fiducial' method.jpg" width="472" height="354"><img src="cid:ii_lrgnrupu4" alt="align after the first  'fiducial' method2.jpg" width="472" height="354"><br></div>