<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">Hi Fieldtrip Community, </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">I'm reaching out regarding an error I previously noticed when running ft_virtualchannel. </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">Namely, in my call to the ft_virtualchannel function, I used timelock data that includes trial information, a sourceanalysis output struct, and a lower resolution atlas created by interpolating the source average output from ft_sourceanalysis with the Brainnetome atlas using ft_sourceinterpolate. </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">My call to the ft_virtualchannel looks like the following:</p>

<div class="rtcContent" style="padding: 30px; font-size: medium;">
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">clear <span style="color: #a709f5;">atlas_lowres</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg = [];</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg.parameter = <span style="color: #a709f5;">'all'</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg.interpmethod = <span style="color: #a709f5;">'nearest'</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">atlas_lowres = ft_sourceinterpolate(cfg,atlas,source_avg);</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">atlas_lowres.pos = source_avg.pos;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">atlas_lowres.coordsys = <span style="color: #a709f5;">'mni'</span>; <span style="color: #008013;">% ensure mni space</span></span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">disp(<span style="color: #a709f5;">'Done aligning atlas to source average'</span>)</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;"><br />
</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"> </div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;"><span style="color: #008013;">%% parcellate single trials</span></span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"> </div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">clear <span style="color: #a709f5;">parc_trls</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg = [];</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg.method = <span style="color: #a709f5;">'pca'</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">cfg.parcellation = <span style="color: #a709f5;">'tissue'</span>;</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">parc_trls = ft_virtualchannel(cfg, tlck_all, source_avg, atlas_lowres);</span></div>
<div class="lineNode" style="font-size: 10pt; font-family: Menlo, Monaco, Consolas, 'Courier New', monospace;"><span style="white-space: pre;">disp(<span style="color: #a709f5;">'Done parcellating single trials'<span style="color: #000000;">)</span></span></span></div>
</div>
<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">The atlas_lowres struct includes the following fields:</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      dim: [20 25 22]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      transform: [4×4 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      unit: 'mm'</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      tissue: [20×25×22 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      tissuelabel: {1×246 cell}</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      cfg: [1×1 struct]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      pos: [11000×3 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">      coordsys: 'mni'</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">However, after running the function, the parc_trls struct is the following, with one less label:</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">parc_trls = </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">  struct with fields:</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       trial: [144×245×1018 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       time: [0 0.0020 0.0039 0.0059 0.0079 0.0098 … ]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       dimord: 'rpt_chan_time'</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">     <strong>  label: {245×1 cell}</strong></p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       cfg: [1×1 struct]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       grad: [1×1 struct]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       sampleinfo: [144×2 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       trialinfo: [144×2 double]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">       brainordinate: [1×1 struct]</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">When checking the label, I realise one parcel/label for the left lateral amygdala is missing.</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">I wonder what the missing label could pertain to. I know I can run the function with cfg.pos, which I have done previously. I curious as to why this error might arise when specifying cfg.parcellation as 'tissuelabel' and parcellating the trials based on the atlas parcel labels.</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">Thanks in advance,</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;">Marta</p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>

<p style="padding:0 0 0 0; margin:0 0 0 0;"> </p>