<div dir="ltr">Thank you so much. I was able to find out the eventtype and event value and this has helped in proceeding with the analysis.<div>Looking forward to the analysis.</div><div><br></div><div>Sincerely<br><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 24, 2023 at 6:13 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
apologies for the multiple postings: i made a typo in my previous message: the line that reads ’ft_trialfun_general’, should of course read ’ft_trialfun_show’.
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 24 Apr 2023, at 14:31, Jan Mathijs Schoffelen <<a href="mailto:janmathijs.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">janmathijs.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div>
Hi Mathew,
<div><br>
</div>
<div>Thanks for the additional information.</div>
<div><br>
</div>
<div>Note that ft_definetrial/ft_trialfun_general will only work according to expectation if eventtype and eventvalue are correctly specified. Their correct specification depends on how the events and their values are represented in the data file.
 This is something I don’t know for the format you use, but it could be that ’stim’ should read ’Stim’, and/or that the event values ahould be numeric( e.g., [1 2 3 4], rather than {’01’ ’02’ ’03’ ’04’}. If you are unsure about how values/types should be defined
 for your data, you should use the ft_trialfun_show function:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div style="padding:30px">
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">datapath=<span style="color:rgb(167,9,245)">'E:\FT\OFP1.mff'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">EGIformat= <span style="color:rgb(167,9,245)">
'egi_mff_v3'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg = [];</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataset = datapath;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataformat = EGIformat</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.headerformat = EGIformat</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap;font-size:10pt">cfg.trialfun = </span>
<span style="white-space:pre-wrap;font-size:10pt;color:rgb(167,9,245)">'ft_trialfun_general’</span><span style="white-space:pre-wrap;font-size:10pt">;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap;font-size:10pt">cfg=ft_definetrial(cfg);</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:14px"><br>
</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:14px"><br>
</span></div>
<div>This will give you some feedback on the screen, which you can use for a properly formatted call to ft_definetrial with trialfun = ‘ft_trialfun_general’</div>
<div><br>
</div>
<div>Good luck,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 22 Apr 2023, at 06:33, Varghese Mathew 1881002 <<a href="mailto:varghese.mathew@res.christuniversity.in" target="_blank">varghese.mathew@res.christuniversity.in</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Thank you so much for the response.
<div>I have tried using ft_trialfun_general in the following code</div>
<div>
<div style="padding:30px">
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">datapath=<span style="color:rgb(167,9,245)">'E:\FT\OFP1.mff'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">EGIformat= <span style="color:rgb(167,9,245)">
'egi_mff_v3'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg = [];</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataset = datapath;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataformat = EGIformat</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.headerformat = EGIformat</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.eventtype = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'stim'</span>;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.prestim = 1;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.poststim =1;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.eventvalue = {<span style="color:rgb(167,9,245)">'01''02''03''04'</span>};</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialfun = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'ft_trialfun_general'</span>;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg = ft_definetrial(cfg)</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">I am getting a following response</font></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br>
</font></span></div>
<div style="font-size:10pt"><font color="#ff0000">Error using ft_definetrial<br>
no trials were defined, see FT_DEFINETRIAL for help</font><span style="white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br>
</font></span></div>
<div style="font-size:10pt"><font color="#ff0000"><br>
</font></div>
<div style="font-size:10pt"><font>This made me think if I should change the trialfun_general. Is there something I have missed and also is there any standard format to define trials on Netstation files (.mff)?</font></div>
<div style="font-size:10pt"><br>
</div>
<div style="font-size:10pt">Thank you again for the response.</div>
<div style="font-size:10pt"><br>
</div>
<div style="font-size:10pt">Sincerely</div>
<div style="font-size:10pt">Varghese Mathew</div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Apr 19, 2023 at 11:12 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Mathew,
<div><br>
</div>
<div>I am a bit surprised that you think that you need to adjust the ft_trialfun_general. The idea is that this function is quite generic, and given the scenario that you sketch, you probably don’t need to change any fieldtrip function. The partial
 error that you report is difficult to evaluate, since it’s only partial. Right now it’s just random guessing as to what might be going on. The error looks as if MATLAB tries to access a structure’s field called headerfile, but for some reason in does not exist
 in the struct that it is evaluating.</div>
<div><br>
</div>
<div>for instance, if you define on the matlab command line the following struct:</div>
<div><br>
</div>
<div>x.a = 1;</div>
<div><br>
</div>
<div>and then query x.b, you get the error you report. </div>
<div><br>
</div>
<div>What is the full error stack, i.e. which line in which matlab function is throwing the error?  And what is the code that you try to execute (i.e. the specification of the cfg, and the fieldtrip function you are calling).<br>
<div><br>
</div>
<div>Good luck,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 19 Apr 2023, at 16:27, Varghese Mathew 1881002 via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hi
<div>I am doing analysis on Netstation EGI .mff file using Fieldtrip, I have tried using .mff file directly and after converting to EDF. However, I am getting error in defining trials. Mostly I get an error message 
<span style="color:rgb(52,53,65);font-family:Söhne,ui-sans-serif,system-ui,-apple-system,"Segoe UI",Roboto,Ubuntu,Cantarell,"Noto Sans",sans-serif,"Helvetica Neue",Arial,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:16px;white-space:pre-wrap">
Unrecognized field name "headerfile" </span> . </div>
<div>I would like to know how to go about this in EDF or .mff format.</div>
<div>It will also be helpful if someone can help with how to modify ft_trialfun_general for .mff file as well.</div>
<div>I am pasting the code I used, below.</div>
<div>
<div>
<div style="padding:30px">
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg=[]</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataset = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'E:\FT\OP17.mff'</span>;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.dataformat = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'egi_mff_v3'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.headerformat = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'egi_mff_v3'</span></span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.eventtype = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'stim'</span>;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.prestim = 1;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.poststim =1;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialdef.eventvalue = {<span style="color:rgb(167,9,245)">'01''02''03''04'</span>};</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg.trialfun = <span style="color:rgb(167,9,245)">
'ft_trialfun_general_stimmod'</span>;</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">cfg = ft_definetrial(cfg)</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<span style="white-space:pre-wrap">For modifying trialfun_general</span></div>
<div style="font-size:10pt;font-family:Menlo,Monaco,Consolas,"Courier New",monospace">
<div style="padding:30px">
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)"><br>
</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)">function
</span>[trl, event] = ft_trialfun_general_stimmod(cfg)</span></div>
<div style="font-size:10pt"></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">event = ft_read_event(cfg.dataset,
<span style="color:rgb(167,9,245)">'headerformat'</span>, <span style="color:rgb(167,9,245)">
'egi_mff_v3'</span>);</span></div>
<div style="font-size:10pt"></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(0,128,19)">% Find trigger values</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">trigger = [event(strcmp(<span style="color:rgb(167,9,245)">'stim'</span>, {event.type})).value]';</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(0,128,19)">% Note: Replace 'STI101' with the label of the trigger channel that</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(0,128,19)">% contains the trigger values for your data</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(0,128,19)">% Define trial segments</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">trl = [];</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)">for
</span>j = 1:length(trigger)</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)">if
</span>any(trigger(j) == [01 02 03 04])</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">trlbegin = event(j).sample;</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">trlend = trlbegin + 1000;
<span style="color:rgb(0,128,19)">% define trial length as 1 second</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">offset = 0;
<span style="color:rgb(0,128,19)">% no offset</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">newtrl = [trlbegin trlend offset trigger(j)];</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap">trl = [trl; newtrl];</span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)">end</span></span></div>
<div style="font-size:10pt"><span style="white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,0,255)">end</span></span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>Please help with the issue, as I am trying to pick up analysis using Fieldtrip and I do not have a coding background.<br>
</div>
<div>
<div>Looking forward for a response, </div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely</div>
<span>-- </span><br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Varghese Mathew</div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!8eNI3v7br-aNv3JFKJb7V4Q_aWWLR3pG3xSWq653eKc8M3szkc7gmh51AkzytjbLsNllQtMkOdF4QKsVIokOhTwtxZRljnjlhEkwJA$" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!8eNI3v7br-aNv3JFKJb7V4Q_aWWLR3pG3xSWq653eKc8M3szkc7gmh51AkzytjbLsNllQtMkOdF4QKsVIokOhTwtxZRljnjlhEkwJA$</a>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!790wNYAs95ncJkCxJN-Y7IW-_m8uyJL3R275Ib_u1vRGM4SrI4E9u_Z4hEWrprE2g27wPafiw_1TM10Qp0p9qRfsq3NgKIZmbUafB6YShGYSfqIKGH2GJw$" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
<span>-- </span><br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Varghese Mathew</div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Mobile No. 9535395896</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!51zCYkAFZoqmWL9eer8ycUfaK7yAxppbGAdqlDDqNJKsJF_MSdudTtoyv-xxwSGGryAXHcc87pmsUrsRHBILnCGZkWJIrbi0HR1aKdrXGHci$" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div><span>-- </span><br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Varghese Mathew</div><div dir="ltr"><div><div>Mobile No. 9535395896</div></div></div></div></div></div></div>