<div dir="ltr"><div><div>Dear Fieldtrippers,<br><br></div>I am trying to run a paired-samples t-test at source level using the output structure of the ft_sourceanalysis function. 
Although the script does run without any errors, I am getting a p-value of 0.002 and "stat" = Infinity at all 3294 voxels within the brain. Note that I have attempted to run these tests with 1) no correction for multiple comparisons, 2) cluster correction, and 3) varying participant numbers. I am getting the same result regardless of these 3 changes. <br><br>However, when I plot the grand-averaged raw 'pow' differences, the plots make sense - there is localised activity from some brain regions that could be involved in the task, but no activity in other brain regions. <br><br>
I am not sure what I am doing wrong and any help would be appreciated! <br><br>I have run the analysis in the following way: <br><br> 1) LCMV beamrforming to obtain time-series data at each voxel/virtual sensor/dipole (using the 3D volumetric grid)<br> 2) time-frequency decomposition to determine baseline-normalised power at each point in the voxel x frequency x time data matrix<br>3) averaged data over a certain freq x time cluster region, at each voxel <br></div><div>4) For each participant and condition of interest, created a dummy output variable from ft_sourceanalysis and replaced the averaged power from step (3) into the 'avg.pow' variable at each voxel<br></div><div>5) Run ft_sourcestatistics using the following parameters:<br><br>cfg                     = [];<br>cfg.dim              = SourceTF_forstat.overlap{1}.dim;<br>cfg.method        = 'montecarlo';<br>cfg.statistic        = 'depsamplesT';<br>cfg.parameter        = 'pow';<br>cfg.correctm         = 'no';<br>%cfg.alpha           = 0.05;<br>%cfg.numrandomization = 1000;<br>%cfg.tail             = 0;       <br>%cfg.correcttail      = 'prob';<br><br>% Specify Design Matrix<br><br>subj = numel(SourceTF_forstat.overlap);<br><br>design = [1:subj, 1:subj];<br>design(2,1:subj) = 1;<br>design(2,subj+1:2*subj) = 2;<br><br>cfg.design = design;<br>cfg.uvar = 1;<br>cfg.ivar = 2;<br><br>cfg.spmversion = 'spm12';</div><div><br></div><div>SourceClusterResult = ft_sourcestatistics(SourceTF_forstat.overlap{:}, SourceTF_forstat.nonoverlap{:})<br><br>
 I used the following documentation for help with ft_sourcestatistics: <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/example/source_statistics/">https://www.fieldtriptoolbox.org/example/source_statistics/</a>

<br><br></div><div>Thanks a lot,<br></div><div>Akul<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="verdana, sans-serif" color="#073763"><b>___________________________________________<br>Dr Akul Satish | Post-D</b></font><b style="color:rgb(7,55,99);font-family:verdana,sans-serif">octoral Research Associate</b><div><font face="verdana, sans-serif" color="#073763">B218, Department of Psychology<br>University of York<br>York YO10 5DD<br><a href="mailto:akul.satish@york.ac.uk" target="_blank">akul.satish@york.ac.uk</a> </font><br></div></div></div></div></div></div></div></div>