<html>
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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p></p>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
 Hi everyone,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
I have added my code below for source reconstruction on a grid based on the standard_bem headmodel, and am wondering if there is an easy way to map my grid coordinates to the destrieux atlas, or another atlas (like AAL).<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
%% create a head model || vol is standard bem from FT<br>
        load('/rcg/bcni/users/Evan/fieldtrip-20190912/template/headmodel/standard_bem.mat')<br>
        headmodel        =  vol;<br>
        headmodel = ft_convert_units(headmodel, 'm');<br>
        <br>
        <br>
        cfg=[];<br>
        cfg.resolution = .015;  %headmodel resolution(was 0.008)<br>
        cfg.headmodel = headmodel;<br>
        source_model = ft_prepare_sourcemodel(cfg);<br>
        <br>
        %% align electrodes to head model<br>
        elec = ft_read_sens('standard_1020.elc');<br>
        elec = ft_convert_units(elec, 'm');<br>
        <br>
        scalp_index = 1; %scalp is 1<br>
        <br>
        cfg = [];<br>
        cfg.method = 'project'; % onto scalp surface<br>
        cfg.headshape = headmodel.bnd(scalp_index); % scalp surface<br>
        elec_realigned = ft_electroderealign(cfg,elec);<br>
        <br>
   % end<br>
    <br>
    %% align electrodes<br>
    % for subject<br>
    [v, ix, ixx] = intersect(elec_realigned.label, interp.label);<br>
    elecICA = elec_realigned;<br>
    elecICA.chanpos = elecICA.chanpos(ix,:);<br>
    elecICA.chantype = elecICA.chantype(ix,:);<br>
    elecICA.chanunit = elecICA.chanunit(ix,:);<br>
    elecICA.elecpos = elecICA.elecpos(ix,:);<br>
    elecICA.label = elecICA.label(ix);<br>
    elecICA.tra = elecICA.tra(ix, ix); %cant find<br>
    <br>
    %% leadfield<br>
    <br>
    cfg = [];<br>
    cfg.sourcemodel = source_model;    %% where are the sources?<br>
    cfg.headmodel   = headmodel;      %% how do currents spread?<br>
    cfg.elec        = elecICA;% how do sources and sensors connect?<br>
    cfg.normalize   = 'yes'; %was no<br>
    leadfield = ft_prepare_leadfield(cfg,interp);<br>
    <br>
  <br>
    <br>
    %% source estimation via LCMV<br>
    cfg = [];<br>
    cfg.trials              = 'all';<br>
    cfg.channel             = 'eeg';<br>
    cfg.covariance          = 'yes';<br>
    cfg.covariancewindow    = 'all';<br>
    cfg.keeptrials          = 'yes';<br>
    cfg.removemean          = 'yes';<br>
    timelock                = ft_timelockanalysis(cfg, interp);<br>
    <br>
    %LCMV BEAMFORMER to create spatial filter<br>
    cfg = [];<br>
    cfg.method              = 'lcmv';<br>
    cfg.grid                = leadfield;<br>
    cfg.headmodel           = headmodel;<br>
    cfg.elec                = elecICA;<br>
    cfg.lcmv.lambda         = '5%';<br>
    cfg.lcmv.projectmom     = 'yes';<br>
    cfg.lcmv.keepfilter     = 'yes';<br>
    cfg.lcmv.keepori        = 'yes';<br>
    cfg.lcmv.projectnoise   = 'yes';<br>
    sfilter                 = ft_sourceanalysis(cfg, timelock); % use this for your source reconstruction<br>
    <br>
    %% Source analysis<br>
<br>
    cfg = [];<br>
    cfg.trials              = 'all';<br>
    cfg.trials = any(interp.trialinfo == [5],2);%<br>
    cfg.covariance          = 'yes';<br>
    cfg.covariancewindow    = 'all';<br>
    cfg.keeptrials          = 'yes';<br>
    cfg.removemean          = 'yes';<br>
    timelock_trl_left          = ft_timelockanalysis(cfg, interp);<br>
 <br>
       cfg = [];<br>
    cfg.trials              = 'all';<br>
    cfg.trials = any(interp.trialinfo == [6],2);%<br>
    cfg.covariance          = 'yes';<br>
    cfg.covariancewindow    = 'all';<br>
    cfg.keeptrials          = 'yes';<br>
    cfg.removemean          = 'yes';<br>
    timelock_trl_right         = ft_timelockanalysis(cfg, interp);<br>
   <br>
<br>
    % no need at this point to generate and save the time series<br>
    cfg = [];<br>
    cfg.method              = 'lcmv';<br>
    cfg.grid                = leadfield;<br>
    cfg.headmodel           = headmodel;<br>
    cfg.elec                = elecICA;<br>
    cfg.lcmv.lambda         = '5%';<br>
    cfg.lcmv.projectmom     = 'yes';<br>
    <br>
    cfg.rawtrial            = 'yes';<br>
    cfg.grid.filter         = sfilter.avg.filter; %sfilter taken from before<br>
    cfg.lcmv.projectnoise   = 'yes';  % noise estimation from the single value decomposition<br>
    cfg.lcmv.keepmom        = 'yes';  % saves the time series<br>
    cfg.lcmv.fixedori       = 'yes';<br>
    cfg.keeptrials          = 'yes'; %'no' or 'yes<br>
    cfg.keepleadfield       = 'yes';<br>
    cfg.keepfilter          = 'no';<br>
    source_left                  = ft_sourceanalysis(cfg,timelock_trl_left);<br>
    source_right                 = ft_sourceanalysis(cfg,timelock_trl_right)</div>
<br style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
<p style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
</p>
<p style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
Cheers,</p>
<p style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 16px;">
Evan</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">
<p><b></b>Evan Hutcheon<b></b></p>
<p>PhD Candidate|<span style="font-size:12pt">Dr. </span><span style="font-size:12pt">Doesburg laboratory </span></p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>