<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'굴림'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear Julian,</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Thank you for the response. Yes, I have tried adding {:} after each structure but Matlab said {:} cannot be attached to 'structure'.</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">So I tried altering the structures to cell arrays and then adding {:} to the cell arrays as the following codes:</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">%% permutation test statistical analysis</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">HH_timelock = struct2cell(HH_timelock);</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">HN_timelock = struct2cell(HN_timelock);</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">LH_timelock = struct2cell(LH_timelock);</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">LN_timelock = struct2cell(LN_timelock);</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;"><br></span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">[stat] = ft_timelockstatistics(cfg, HH_timelock{:}, HN_timelock{:}, LH_timelock{:}, LN_timelock{:});</span></p></blockquote></blockquote><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">But it did not work.</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">Error: matlab.internal.doc.updateConnectorDocroot (Line 3)</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">    options = weboptions('RequestMethod','post', ...</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;"> </span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">Warning: Your path is set up incorrectly. You probably used addpath(genpath('path_to_fieldtrip')), this can lead to</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">unexpected behavior. See</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/should_i_add_fieldtrip_with_all_subdirectories_to_my_matlab_path </span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;"></span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">Error: ft_checkdata (538번 라인)</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">This function requires timelock data as input, see ft_datatype_timelock.</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;"><br></span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">Error: ft_timelockstatistics (87번 라인)</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">  varargin{i} = ft_checkdata(varargin{i}, 'datatype', 'timelock', 'feedback', 'no');</span></p></blockquote></blockquote><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I am wondering what I can do more at this point.</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Best,</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Jaewon</p><div style="font-family: 돋움, arial; font-size: 12px; margin-top: 30px; margin-left: 0.8em; color: rgb(0, 102, 204); font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-family: 굴림; font-size: 12px; border-left-style: solid; border-left-width: 2px; margin: 0pt 0pt 0pt 0.8em; padding-left: 1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : Julian Keil via fieldtrip <fieldtrip@science.ru.nl><br><b>받는사람</b> : FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br><b>참조</b> : Julian Keil <julian.keil@gmail.com><br><b>받은날짜</b> : 2022-06-24 (금) 17:27:30<br><b>제목</b> : Re: [FieldTrip] ft_timelockstatistics design matrix<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">Dear Jaewon,<div class=""><br class=""></div><div class="">are "<font size="2" class="">HH_timelock, HN_timelock, LH_timelock, LN_timelock“ your data structures containing the single participants?</font></div><div class=""><font size="2" class="">Have you tried adding {:} after the structures (e.g., </font><span style="font-size: 13.3333px;" class="">HH_timelock</span><span style="font-size: small;" class="">{:}</span><span style="font-size: 13.3333px;" class="">, HN_timelock</span><span style="font-size: small;" class="">{:}</span><span style="font-size: 13.3333px;" class="">, LH_timelock</span><span style="font-size: small;" class="">{:}</span><span style="font-size: 13.3333px;" class="">, LN_timelock</span><span style="font-size: small;" class="">{:})?</span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class="">Are the same numbers of participants in all structures?</span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class="">Good luck,</span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class="">Julian</span></div><div class=""><span style="font-size: small;" class=""><br class=""></span></div><div class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Am 24.06.2022 um 09:33 schrieb 오재원 via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>>:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'굴림'; font-size:10pt; cursor: text;" class=""></p><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class="">Hello,</div><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><br class=""></div><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class="">I was trying cluster-based permutation using ft_timlockstatistics, but I got an error regarding design matrix.</div><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class="">The code I used is as following:</div><div style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><br class=""></div><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;" class=""></p><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">%% Permutation test</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">[ftver, ftpath] = ft_version;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cd(fullfile(ftpath, 'template', 'electrode'));</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">elec = ft_read_sens('standard_1020.elc');</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">% there are some of which the orientation cannot be determined (T3, T4, T5, T6)</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">ft_plot_sens(elec, 'label', 'yes', 'elecshape', 'disc', 'elecsize', 10, 'facecolor', [0.8 0.8 1.0])</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">% give it a stronger 3D appearance</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">camlight headlight</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg = [];</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.elec = elec;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.channel = {'Fp1', 'Fpz', 'Fp2', 'F7', 'F3', 'Fz', 'F4', 'F8', 'T7', 'C3', 'Cz', 'C4', 'T8', 'P7', 'P3', 'Pz', 'P4', 'P8', 'O1', 'Oz', 'O2'};</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.method = 'distance';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.feedback = 'yes';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.neighbourdist = 100;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg);</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">design = [1:nSubjs 1:nSubjs 1:nSubjs 1:nSubjs; ones(1,nSubjs) ones(1,nSubjs)*2 ones(1,nSubjs)*3 ones(1,nSubjs)*4];</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg         = [];</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.channel = {'EEG'};</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.latency = [0 0.6];</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.method           = 'ft_statistics_montecarlo';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.clusterthreshold = 'nonparametric_common';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.neighbours = neighbours;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.statistic        = 'ft_statfun_depsamplesFmultivariate';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.correctm         = 'cluster';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.clusteralpha     = 0.05;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.clusterstatistic = 'maxsum';</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.minnbchan        = 2;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.tail             = 0;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.clustertail      = 0;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.alpha            = 0.025;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.numrandomization = 500;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.design = design;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.uvar   = 1;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">cfg.ivar   = 2;</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><br class=""></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">%% permutation test statistical analysis</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">[stat] = ft_timelockstatistics(cfg, HH_timelock, HN_timelock, LH_timelock, LN_timelock);</span></div><div style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;" class=""><br class=""></div></blockquote></blockquote>And the error message :<div class=""><br class="webkit-block-placeholder"></div><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class=""> ft_timelockstatistics (172번 라인)</span></div></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class=""><div style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;" class=""><span style="font-size: 13.3333px;" class="">the length of the design matrix (2) does not match the number of observations in the data (4)</span></div><div style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;" class=""><br class=""></div></blockquote></blockquote><span style="font-size: 13.3333px;" class="">I could not find any problem in my code and I followed the way the fieldtrip tutorial instructed. I have four conditions and I put four repetitions of 1:nSubjs in the unit variable (cfg.uvar) and nSubjs number of ones, twos, threes, and fours each in the independent variable (cfg.ivar). It would be so grateful if you can tell me how to solve this problem. Best, Jaewon</span><div class=""><br class="webkit-block-placeholder"></div>
<img src="https://mail.snu.ac.kr/checkread/MTU4NDQ3NTI0Mg==/ZmllbGR0cmlwQHNjaWVuY2UucnUubmw=/" width="1px" height="1px" class="">_______________________________________________<br class="">fieldtrip mailing list<br class=""><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div>
</div><!-- original content --><br></div></blockquote></p>
<img src='https://mail.snu.ac.kr:443/checkread/MTU4NDUwNTE4Nw==/ZmllbGR0cmlwQHNjaWVuY2UucnUubmw=/' width='1px' height='1px' />