<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'굴림'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Hello,</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I was trying cluster-based permutation using ft_timlockstatistics, but I got an error regarding design matrix.</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">The code I used is as following:</p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: 굴림; font-size: 10pt; line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">%% Permutation test</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">[ftver, ftpath] = ft_version;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cd(fullfile(ftpath, 'template', 'electrode'));</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">elec = ft_read_sens('standard_1020.elc');</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">% there are some of which the orientation cannot be determined (T3, T4, T5, T6)</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">ft_plot_sens(elec, 'label', 'yes', 'elecshape', 'disc', 'elecsize', 10, 'facecolor', [0.8 0.8 1.0])</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">% give it a stronger 3D appearance</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">camlight headlight</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg = [];</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.elec = elec;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.channel = {'Fp1', 'Fpz', 'Fp2', 'F7', 'F3', 'Fz', 'F4', 'F8', 'T7', 'C3', 'Cz', 'C4', 'T8', 'P7', 'P3', 'Pz', 'P4', 'P8', 'O1', 'Oz', 'O2'};</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.method = 'distance';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.feedback = 'yes';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.neighbourdist = 100;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">neighbours = ft_prepare_neighbours(cfg);</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">design = [1:nSubjs 1:nSubjs 1:nSubjs 1:nSubjs; ones(1,nSubjs) ones(1,nSubjs)*2 ones(1,nSubjs)*3 ones(1,nSubjs)*4];</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg         = [];</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.channel = {'EEG'};</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.latency = [0 0.6];</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.method           = 'ft_statistics_montecarlo';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.clusterthreshold = 'nonparametric_common';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.neighbours = neighbours;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.statistic        = 'ft_statfun_depsamplesFmultivariate';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.correctm         = 'cluster';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.clusteralpha     = 0.05;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.clusterstatistic = 'maxsum';</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.minnbchan        = 2;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.tail             = 0;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.clustertail      = 0;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.alpha            = 0.025;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.numrandomization = 500;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.design = design;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.uvar   = 1;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">cfg.ivar   = 2;</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">%% permutation test statistical analysis</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 13.3333px;">[stat] = ft_timelockstatistics(cfg, HH_timelock, HN_timelock, LH_timelock, LN_timelock);</span></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p></blockquote></blockquote>And the error message :</p><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="font-size: 13.3333px;"> ft_timelockstatistics (172번 라인)</span></p></blockquote><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><p style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><span style="font-size: 13.3333px;">the length of the design matrix (2) does not match the number of observations in the data (4)</span></p><p style="line-height: 1.5; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px;"><br></p></blockquote></blockquote><span style="font-size: 13.3333px;">I could not find any problem in my code and I followed the way the fieldtrip tutorial instructed. I have four conditions and I put four repetitions of 1:nSubjs in the unit variable (cfg.uvar) and nSubjs number of ones, twos, threes, and fours each in the independent variable (cfg.ivar). It would be so grateful if you can tell me how to solve this problem. Best, Jaewon</span></p>
<img src='https://mail.snu.ac.kr:443/checkread/MTU4NDQ3NTI0Mg==/ZmllbGR0cmlwQHNjaWVuY2UucnUubmw=/' width='1px' height='1px' />