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<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Avi,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">PLI, like any other connectivity metric needs to be computed across some unit-of-observation in order for it to make sense.</div>
<div class="">In FieldTrip, the  UOs for connectivity analysis are always considered to be the trial dimension.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In other words, no there is no way to compute a PLI for an individual trial (although you could get a ‘proxy’ for the single trial PLI by computing a so-called pseudo value, which from the top of my head (but please look this up to be sure) is
 computed as: N*PLI(all) - (N-1)*PLI(loo), where PLI(avg) is the PLI computed across all repetitions, and PLI(loo) is the PLI computed using a leave-one-out strategy. You may also have a look at this paper: <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25917516/" class="">https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25917516/</a> or
 this one: <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17569862/" class="">https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17569862/</a> </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best wishes,</div>
<div class="">Jan-Mathijs</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 3 Apr 2022, at 06:42, Avijit Chowdhury via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Dear all,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am novice to EEG analysis and I am trying to calculate Phase Lag Index for my resting state data.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I have redefined the data as 2 sec trials and then run ft_frequencyanalysis with “powandcsd” as cfg.output:<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg = [];<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.length = 2;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">data_trials = ft_redefinetrial(cfg, data);<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg              = [];<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.method =<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'mtmfft'</span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.taper =<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'hanning'</span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.foilim = [8 13]; % I want to look only at alpha band<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.keeptrials =<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'yes'</span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.pad=<span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'nextpow2'<span class="Apple-converted-space"> </span></span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.output=<span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'powandcsd'</span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas; color: rgb(2, 128, 9);" class=""></span><span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">freq = ft_freqanalysis(cfg, data_trials);<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class=""> cfg = [];<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">cfg.method    =<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: rgb(170, 4, 249);" class="">'wpli'</span>;<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 10pt; font-family: Consolas;" class="">PLI= ft_connectivityanalysis(cfg, freq);<o:p class=""></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
With the above script, I get an output of PLI with the dimension of trials x channel x channel x frequency.<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Is there a way I can get one PLI index for each trial, for each channel combination, across the frequency band I specified. Essentially, how can I get PLI values with dimensions: trials x channel x channel<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am very new to this so any help is appreciated. Also, If I am trying to filter my results to only the alpha band (8-13hz), is what I am doing the correct way to achieve this?<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Thank you,<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Avi<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">fieldtrip
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!7TVstS0axYC9hbjX14iENjBzGIjpNqefPnrn2XxYxqKa4UsNFATM6-cKN7mQKqX0uNMNNtAV18Iv9Pb9c00vvjVhVcpjr6GrhSaxeg$" style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!7TVstS0axYC9hbjX14iENjBzGIjpNqefPnrn2XxYxqKa4UsNFATM6-cKN7mQKqX0uNMNNtAV18Iv9Pb9c00vvjVhVcpjr6GrhSaxeg$</a><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class=""></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
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