<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">

<style><!--

/* Font Definitions */

@font-face

        {font-family:"Cambria Math";

        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}

@font-face

        {font-family:Calibri;

        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}

/* Style Definitions */

p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal

        {margin:0in;

        margin-bottom:.0001pt;

        font-size:11.0pt;

        font-family:"Calibri",sans-serif;}

a:link, span.MsoHyperlink

        {mso-style-priority:99;

        color:blue;

        text-decoration:underline;}

a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed

        {mso-style-priority:99;

        color:#954F72;

        text-decoration:underline;}

span.MsoSubtleEmphasis

        {mso-style-priority:19;

        color:#404040;

        font-style:italic;}

.MsoChpDefault

        {mso-style-type:export-only;}

@page WordSection1

        {size:8.5in 11.0in;

        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}

div.WordSection1

        {page:WordSection1;}

--></style>

</head>

<body lang="EN-US" link="blue" vlink="#954F72">

<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal">Dear all,</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Recently, I came across something peculiar regarding the Leadfield matrix and the transfer matrix of the conduction volume model, created after following the Fieldtrip-SimBio pipeline.

</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">The Leadfield matrix (from now on called LF) that is produced (which is a field inside the leadfield struct created from the ft_prepare_leadfield function) is a {1 x

<em><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">N_s</span></em>} cell array, where

<span class="MsoSubtleEmphasis">N_s</span> is the number of sourcepoints specified during the creation of sourcemodel. Assuming that all the source points are “inside” the brain (i.e. the “inside” field of the leadfield struct would be a column  {<em><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">N_s</span></em>

 x 1} full of ones), then LF contains <em><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">N_s</span></em>  cells, each one being of size {<em><span style="font-family:"Calibri",sans-serif">N_ch</span></em> × 3 double}, where

<span style="font-family:"Calibri",sans-serif">N_ch is the number of channels/electrodes used.

</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">I noticed that the first row of each of these cells from the LF (i.e. for the first channel/electrode) for each of the source points is zero. This is obviously due to the transfer matrix, of which the first row is also comprised of zeros,

and is created with the sb_transfer.m function. In this function, the creation of the transfer matrix clearly starts from the second in order channel/electrode (the for loop starts from the second channel).

</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Is there a reason for this? Shouldn’t it start from the first channel?</p>

<p class="MsoNormal">Thank you in advance.</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

<p class="MsoNormal">Sincerely,</p>

<p class="MsoNormal">Zorzos Yiannis</p>

<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>

</div>

</body>

</html>