<div dir="ltr">Dear FieldTrippers,<br><br>I have issues with aligning any atlas to my cortical sheet ('unstructured' triangulated mesh) source model using ft_sourceinterpolate.<br>I need to do source interpolation in order to assign each of my (2002) source points to a reduced number of parcels.<br><br>I have recorded EEG data from a 128-channel electrode (+ 4 non-recording ones) EGI system.<br>I have used openMEEG to generate the headmodel, source model, and the leadfield (following <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/forward_modeling/">https://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/forward_modeling/</a>) and checked that everything was aligned.<br><br>The source model has the following fields:<br><br>                pos: [2002×3 double]<br>                tri: [3993×3 double]<br>               unit: 'mm'<br>          leadfield: {2002×1 cell}<br>              label: {132×1 cell}<br>    leadfielddimord: '{pos}_chan_ori'<br><br>I now would like to have an atlas-based assignment of the source points ('voxels') to an atlas.<br>I have first tried with the AAL 'ROI_MNI_V4.nii'.<br>atlas is a structure with the following fields:<br><br>          dim: [91 109 91]<br>                 hdr: [1×1 struct]<br>        transform: [4×4 double]<br>                unit: 'mm'<br>                 tissue: [91×109×91 double]<br>     tissuelabel: {1×116 cell}<br>                  coordsys: 'mni'<br><br>It is a suboptimal choice for me since I am not interested in subcortical parcels, but it was the most documented one.<br>When I run ft_sourceinterpolate...:<br><br>cfg = [];<br>cfg.method        = 'nearest';<br>cfg.parameter     = 'tissue';<br>parcels = ft_sourceinterpolate(cfg,atlas,sourcemodel);<br><br>...obtaining the parcels structure...:<br>            pos: [2002×3 double]<br>        tri: [3993×3 double]<br>             unit: 'mm'<br>       inside: [2002×1 logical]<br>           tissue: [2002×1 double]<br>               cfg: [1×1 struct]<br><br>...only 47/116 parcels have at least one voxel assigned (which is possible, since I only have voxels in the cortex), but, more worrying, only 535/2002 voxels are assigned to a parcel (which is not expected).<br><br>Further, by plotting the interpolated sources...:<br><br>cfg               = [];<br>cfg.method        = 'surface';<br>cfg.funparameter  = 'tissue';<br>cfg.funcolormap   = 'jet';<br>ft_sourceplot(cfg, parcels);<br><br>...a misalignment is clearly visible, such that parcels are mostly observed in the left temporal lobe and much less elsewhere.<br>I have been trying to play around with the .pos field of the sourcemodel (e.g., by switching its dimension, or shifting in one dimension) before running ft_sourceinterpolate to look for systematic shifts in the interpolated surface.<br>This does change the voxel-to-parcel assignment, but, as far as I can tell, not in a really systematic way.<br><br>I have also tried the 'sphere_avg', and 'sphere_weighteddistance' interpolation methods, but results were even more confusing.<br>I have also tried with other atlases, including the 'Schaefer2018_100Parcels_7Networks_order_FSLMNI152_1mm.nii' and the 'HCP-MMP1_on_MNI152_ICBM2009a_nlin.nii'.<br>I obtain very different source interpolations, but neither makes sense.<br><br>I fear that there is something very wrong in matching the MNI coordinate system with the 'grid-free' voxel locations.<br><br>Can someone let me know how to do this?<br><br>Thank you very much and best regards,<br><br>Thom<br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><br></div></div></div>