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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello Fieldtrippers!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">Apologies for the long email, but I am hoping that I can get some help working with the Brainnetome atlas.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><b><u>Background<o:p></o:p></u></b></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">Ultimately, I want to explore EEG connectivity between Brainnetome ROIs. I don’t have individual MRI data, just resting EEG, so I am first trying to develop a standard template grid (sourcemodel) aligned to the
Brainnetome atlas so I can explore EEG source analyses and easily examine the output in terms of the Brainnetome ROIs. I am following this Fieldtrip tutorial to create a template grid using the standard BEM and Brainnetome atlas provided by Fieldtrip. I went
with this because I had trouble interpolating to the Brainnetome atlas and this seemed like an efficient way to create a standard template that I could apply to multiple subjects:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_brain_atlas_based_mni_space/">https://www.fieldtriptoolbox.org/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_brain_atlas_based_mni_space/</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><b><u>Issue<o:p></o:p></u></b></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">My code runs, but whenever I attempt to plot my source results using ft_sourceplot it seems that some data is not interpolated to parts of the brain surface. I’m not sure, but I believe this could be an issue
in the ft_volumelookup stage; that is, when I create a binary mask of all locations in the template grid that match the atlas locations, some grid points may be missed and considered ‘empty’. Is there a specific problem in my code causing this? Or a way to
address it so that I am capturing all the data in the analysis and/or plotting stages?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">I have attached an image of the final plot with the funny/missing data (which appears as the grey patches on some gyri) and my code is below. Any help would be really appreciated.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">Jack<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><img border="0" width="287" height="255" style="width:2.9861in;height:2.6597in" id="Picture_x0020_2" src="cid:image003.png@01D76DED.5573FB20"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">My code is here:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><b>%% Generate standard BEM template aligned to Brainnetome atlas<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_defaults<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> [ftver, ftpath] = ft_version;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Load the Headmodel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> load(fullfile(ftpath, 'template/headmodel/standard_bem.mat')); % Colin27<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Prepare the template grid 'standard sourcemodel'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.xgrid = 'auto';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.ygrid = 'auto';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.zgrid = 'auto';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.unit = 'mm';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.tight = 'yes';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.resolution = 7;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.headmodel = vol;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> template_grid = ft_prepare_sourcemodel(cfg);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Check alignment of the template grid and headmodel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> figure;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> hold on<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_plot_mesh(template_grid.pos(template_grid.inside,:));<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_plot_headmodel(vol, 'facecolor', 'cortex', 'edgecolor', 'none');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_plot_axes(vol);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> alpha 0.5<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> camlight<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Read in Brainnetome Atlas; ensure its units are consistent with template<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> atlas = ft_read_atlas(fullfile(ftpath, 'template/atlas/brainnetome/BNA_MPM_thr25_1.25mm.nii'));<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Ensure units are consistent between atlas and sourcemodel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> atlas = ft_convert_units(atlas,'mm');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> template_grid = ft_convert_units(template_grid,'mm');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Check the coordsys field exists in sourcemodel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> if ~isfield(template_grid, 'coordsys');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> template_grid.coordsys = 'mni';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> end<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Create binary mask for all grid points inside the Brainnetome atlas locations<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.atlas = atlas;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.roi = atlas.tissuelabel; % here you can also specify a single label, i.e. single ROI<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.inputcoord = 'mni';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> mask = ft_volumelookup(cfg, template_grid);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> template_grid.inside = false(template_grid.dim);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> template_grid.inside(mask == 1) = true;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Check grid points inside the Brainnetome atlas<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> figure;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_plot_mesh(template_grid.pos(template_grid.inside,:),'vertexcolor','black','vertexalpha',0.5);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> clearvars -except atlas template_grid vol<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <b>%% EEG source analysis and plotting<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> setenv('PATH', 'C:\Program Files\OpenMEEG\bin');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> setenv('LD_LIBRARY_PATH', 'C:\Program Files\OpenMEEG\lib');
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Load preprocessed EEG data<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> load('C:\Users\jf752\Desktop\Processing\source_analysis\test_data');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Realign electrodes<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.method = 'interactive';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.headshape = vol.bnd(1);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.elec = cln_data.elec;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> elec_aligned = ft_electroderealign(cfg);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cln_data.elec = elec_aligned;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Prepare the Leadfield<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.elec = cln_data.elec;
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.channel = cln_data.label;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.headmodel = vol;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.sourcemodel.pos = template_grid.pos;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> leadfield = ft_prepare_leadfield(cfg);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Run Frequency Analysis<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.method = 'mtmfft';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.output = 'powandcsd';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.keeptrials = 'yes';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.tapsmofrq = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.foi = 10;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> freq = ft_freqanalysis(cfg, cln_data);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Run eLORETA Source Localisation<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.method = 'eloreta';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.frequency = 10; % single number in Hz<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.sourcemodel = leadfield;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.headmodel = vol;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.elec = cln_data.elec;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.projectnoise = 'yes';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> source_freq = ft_sourceanalysis(cfg, freq);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> % Plot the 10 Hz power on surface<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.method = 'surface';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> cfg.funparameter = 'avg.pow';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"> ft_sourceplot(cfg,source_freq);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>