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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi Jan-Mathijs,</p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks for your help. As you recommended, I used mtmfft on segmented data and later reconstructed the time axis of a spectral Granger map with those segments. I am now trying to find the most adequate resolution/time window pairs for my
iEEG data.</p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">In any case I am planning to explore all the possibilities around computation of Granger causality. I might have other questions in the future <span style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif">😊</span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks again for your time !</p>
<p class="MsoNormal">Best,</p>
<p class="MsoNormal">Eva</p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div style="mso-element:para-border-div;border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="border:none;padding:0cm"><b>De : </b><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) via fieldtrip</a><br>
<b>Envoyé le :</b>mercredi 23 juin 2021 11:59<br>
<b>À : </b><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">FieldTrip discussion list</a><br>
<b>Cc : </b><a href="mailto:janmathijs.schoffelen@donders.ru.nl">Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)</a><br>
<b>Objet :</b>Re: [FieldTrip] Time-frequency map of Granger causality from Fourier spectrum</p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Eva, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Allow me to point you to the discussion list’s archive. Specifically:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2020-September/040261.html">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2020-September/040261.html</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">and<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2019-July/039322.html">https://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2019-July/039322.html</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">might be of relevance. In particular reason ‘2’, and Hints 1-3 in the 2019-July thread.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I suggest to start from there. Don’t hesitate to ask questions if you keep being stuck.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jan-Mathijs<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On 23 Jun 2021, at 10:56, Eva Masson via fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi FieldTrip Community !<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I need your wisdom !<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am trying to compute a time-frequency map of Granger causality for EEG data using a non parametric approach. To do so, I computed the Fourier Spectrum using the ‘mtmconvol’ method of ft_freqanalysis and I am now trying to feed it into
ft_connectivityanalysis using the ‘granger’ method. I get an error that I don’t understand.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Here is the freq structure I’m trying to force into ft_connectivityanalysis :<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>freq =</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> label: {2x1 cell}</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> dimord: 'rpttap_chan_freq_time'</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> freq: [1x64 double]</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> time: [1x31 double]</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> fourierspctrm: [4-D double]</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> cumtapcnt: [1x64 double]</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> cfg: [1x1 struct]</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">How I use ft_connectivityanalysis :<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>cfg = [];</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>cfg.method = 'granger';</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>granger = ft_connectivityanalysis(cfg, freq);</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">And the error message Matlab displays :<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Error using zeros</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Size inputs must be integers.</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Error in sfactorization_wilson (line 63)</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> S = cat(3, zeros(size(S,1), size(S,1), npad), S);</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Error in ft_connectivity_csd2transfer (line 181)</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> [Htmp, Ztmp, Stmp] = sfactorization_wilson(tmp, freq.freq, ...</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>Error in ft_connectivityanalysis (line 430)</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> data = ft_connectivity_csd2transfer(data, optarg{:});</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Can you enlighten me on this issue ?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks a lot for your help !<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Eva<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https:/doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!qiGEYEHKe1SGzejpmauk509nZ--Z4Kz2iPvDQADkIYXiiMXA-CB7Q_bwyauPUlI85lrykr_PYhdEsgo$"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202__;!!HJOPV4FYYWzcc1jazlU!qiGEYEHKe1SGzejpmauk509nZ--Z4Kz2iPvDQADkIYXiiMXA-CB7Q_bwyauPUlI85lrykr_PYhdEsgo$</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>