<div dir="ltr"><div>Dear list members,</div><div><br></div><div>I've performed a cluster-based permutation test comparing time-frequency data from two groups, each with 33 subj. For the perm. test I determined:<br></div><div><br></div><div>cfg.statistic             = 'ft_statfun_depsamplesT';<br>cfg.correctm           = 'cluster';<br>cfg.clusteralpha      = 0.05;<br>cfg.clusterstatistic   = 'maxsum';<br>cfg.minnbchan        = 2;</div><div>cfg.tail                     = 0;<br>cfg.clustertail          = 0;<br>cfg.correcttail          = 'alpha';<br>cfg.alpha                 = 0.05;<br>cfg.numrandomization = 500;</div><div><br></div><div>So I guess, only <b>clusters with p<0.025 should be selected</b>. <br></div><div>Now I want to plot the results and highlight channels with p<0.025. For so, I'm using <b>ft_topoplotTFR</b>:<br></div><div><br></div><div>neg_int        = zeros(numel(contrast.label),1);<br>neg_int(i1)    = all(neg(i2, m(k):m(k+1)), 2);<br>cfg.highlight  = 'on';<br>cfg.highlightchannel = find(<b>neg_int</b>);<br>cfg.layout     = 'acticap-64ch-standard2.mat';<br>ft_topoplotTFR(cfg, contrast);</div><div><br></div><div>According to '<b>neg_clusters_pvals</b>', the test has found <b>5 clusters</b> and <b>2</b> of them are <b>significant</b> (<b>0.006</b> and <b>0.024</b>). In '<b>stat.prob</b>' and '<b>stat.negclusterslabelmat</b>' I can see that the two significant clusters are located between the <b>1st</b> and <b>5th</b> time-points (first clusters) and between the <b>10th</b> and <b>11th</b> time-points. <b>However</b>, my <b>plot</b> shows one big significant cluster from the <b>6th</b> to the <b>14th</b> time-points and one small cluster at the <b>19th</b> time-point.</div><div><br></div><div><b>Do you know why my plot differs so strongly from my data?</b> Am I misunderstanding something?</div><div><br></div><div>I would really appreciate any help and I'd be happy to provide you further details<br></div><div><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><b>Bruno</b></div></div></div></div>