<div dir="ltr">Dear Jan-Mathijs,<div><br></div><div>Thanks for your quick reply. </div><div>so if I sum over the channels on the selected dipole, I get these results :</div><div>so </div><div>for leadfield computed with 64 channels:</div><div><br></div><div><font color="#ff0000">1.0e-14 *<br>   -0.1818   -0.6828    0.5815</font><br></div><div><br></div><div>for leadfield computed with 32 channels:</div><div><br></div><div><font color="#ff0000">1.0e-13 <br>    0.0046   -0.1538    0.0872</font><br></div><div><br></div><div>and for the subset of 32 extracted from 64 channels leadfield :</div><div><br></div><div><font color="#ff0000">-0.3738   -0.4471   -0.2351</font><br></div><div><font color="#ff0000"><br></font></div><div><font color="#000000">is that what you are referring to?</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Best,</font></div><div><font color="#000000">Philip </font></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Apr 11, 2021 at 6:59 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Philip, 
<div><br>
</div>
<div>If I understand you well, the 32 channel array is a subset of the 64 channel array?</div>
<div><br>
</div>
<div>Perhaps it may be useful to you know that FieldTrip computes EEG leadfields as if the channel array is average referenced. This means that - for a ‘leadfield’ topography for a given dipole - the average along the rows is 0, by construction. If
 you construct a 64-channel leadfield, which will have an average of 0 along its rows, a selection of 32 rows (i.e. your 32 channel subset) will not by default have a zero mean across the rows. However, had you pre-selected those 32 channels and computed the
 leadfield, the average would be 0.</div>
<div><br>
</div>
<div>Could this explain the difference you describe?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 11 Apr 2021, at 16:14, philip Joadavi <<a href="mailto:p.joadavi@gmail.com" target="_blank">p.joadavi@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Dear all,
<div><br>
</div>
<div>I'm trying to compute the leadfield for my EEG data. </div>
<div>I've done all the steps in the tutorial, <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/forward_modeling/" target="_blank">
here</a>.</div>
<div>I run the <b><u>bemcp</u></b>, for computing the headmodel. Since in my data I have 2 electrode sets (64 channels and 32 channels), I tried to compute the leadfield for 64 and then extract the leadfield from that file for 32
 channels. However, when I compute the leadfield for 32 channels <u>separately</u>, the results are different from when I
<u>extract </u>the 32 channels from the 64 channel leadfield. </div>
<div><br>
</div>
<div>I have checked everything, the patterns that I get are exactly the same, but the values from the leadfield computed separately from 32 channels are higher when I plot the potentials (using the simulation in the tutorial). </div>
<div>Can someone explain why is this the case and where it happens in the code for computing the leadfield? why the number of channels is important for leadfield computation?</div>
<div><br>
</div>
<div>Unfortunately, I can not run the 'simbio' to compare. </div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much!</div>
<div>Best,</div>
<div>Philip </div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>