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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I am trying to create a segmented head volume with tetra mesh.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">1—about 2-3 mo ago, I had been doing this seamlessly. The ft_prepare_mesh used the prepare_mesh_tetrahedral consistent with the ft 20210330 version.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Then ran the ft_prepare_headmodel with the resulting mesh.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">It worked, produced a volume<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg = [];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.method ='simbio';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">cfg.conductivity=conductivity1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">try<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">vol = ft_prepare_headmodel(cfg, mesh); <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">catch ME <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">rethrow(ME)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">return;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">end <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2—I am trying the same thing now, with the same MRIs and segmenting, and etc.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">The GUI matlab is running.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">STOP Leere Zeile in cstoss is printed in the xterm command line window<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">The matlab program stops, gives errors like below.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Suggesting it is occurring in the mex file for the simbio mex file.?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">3—I have tried a dozen different combinations of the mesh call to the iso2mesh,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node, elem, face] = vol2mesh(seg, 1:mri.dim(1), 1:mri.dim(2), 1:mri.dim(3), 2, 2, isovalue);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">isovalues = 0.5;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">maxvol=64;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">dofix=1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">opt=100;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">method='cgalmesh';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ix=[1:mri.dim(1)];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">iy=[1:mri.dim(2)];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">iz=[1:mri.dim(3)];<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">img=uint8(seg);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node,elem,face]=vol2mesh(img,ix,iy,iz,opt,maxvol,dofix,method,isovalues);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node, elem, face] = vol2mesh(uint8(seg), 1:mri.dim(1), 1:mri.dim(2), 1:mri.dim(3), 1, 1, 0, 'cgalmesh');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node, elem, face] = vol2mesh(uint8(seg), 1:mri.dim(1), 1:mri.dim(2), 1:mri.dim(3), isovalues,opt,maxvol, 'cgalmesh');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node,elem,face]=v2m(uint8(seg),0.5,100,128,method);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node, elem, face] = vol2mesh(uint8(seg), 1:mri.dim(1), 1:mri.dim(2), 1:mri.dim(3), 1, 1, 0, 'cgalmesh');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[node, elem, face] = vol2mesh(uint8(seg), 1:mri.dim(1), 1:mri.dim(2), 1:mri.dim(3), 2, 2, 0,'cgalmesh');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">4—I may have changed the matlab version since the ones that worked. However, this does not explain that a former mesh works in the current prepare_headmodel, whereas a current mesh does not.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any ideas?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Matlab crash dump<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Segmentation violation detected at Wed Mar 31 12:30:03 2021 -0400<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Configuration:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Crash Decoding : Disabled - No sandbox or build area path<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Crash Mode : continue (default)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Default Encoding : UTF-8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Deployed : false<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> GNU C Library : 2.17 stable<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Graphics Driver : Unknown software <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Graphics card 1 : 0x102b ( 0x102b ) 0x533 Version 0.0.0.0 (0-0-0)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Java Version : Java 1.8.0_202-b08 with Oracle Corporation Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM mixed mode<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MATLAB Architecture : glnxa64<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MATLAB Entitlement ID : 4290990<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MATLAB Root : /share/apps/MATLAB/R2019b<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> MATLAB Version : 9.7.0.1190202 (R2019b)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> OpenGL : software<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Operating System : "CentOS Linux release 7.3.1611 (Core) "<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Process ID : 14136<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Processor ID : x86 Family 6 Model 79 Stepping 1, GenuineIntel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Session Key : 06410f0f-59e8-40e7-b19f-3bbab586464d<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Static TLS mitigation : Enabled: Full<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Window System : Moba/X (11603000), display localhost:15.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Fault Count: 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Abnormal termination:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Segmentation violation<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Register State (from fault):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RAX = 00002aaad18c1650 RBX = 00002aaad24e5190<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RCX = 00002aaad8db7558 RDX = 0000000000000020<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RSP = 00002aaad8db1f38 RBP = 00002aaad8db1fa0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RSI = 0000000000000025 RDI = 00002aaad1941530<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> R8 = 00002aaac005e060 R9 = 00002aaad000daa0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> R10 = 00002aaad8db1d40 R11 = 00002aaaadd45e50<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> R12 = 00002aaad193ac80 R13 = 0000000000000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> R14 = 0000000000000000 R15 = 000000000000623e<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> RIP = 00002aaad1997570 EFL = 0000000000010202<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> CS = 0033 FS = 0000 GS = 0000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Stack Trace (from fault):<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ 0] 0x00002aaad1997570 <unknown-module>+00000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ 1] 0x00002aaaabbfd5ee /share/apps/MATLAB/R2019b/bin/glnxa64/../../sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6+01095150 _ZNSo5flushEv+00000030<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ 2] 0x0000000000000000 <unknown-module>+00000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">This error was detected while a MEX-file was running. If the MEX-file<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">is not an official MathWorks function, please examine its source code<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">for errors. Please consult the External Interfaces Guide for information<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">on debugging MEX-files.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:black">***********************************************<br>
John E. Richards<br>
Carolina Distinguished Professor<br>
Department of Psychology<br>
University of South Carolina<br>
Columbia, SC 29208<br>
Dept Phone: 803 777 2079<br>
Fax: 803 777 9558<br>
Email: </span><a href="mailto:richards-john@sc.edu"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#0563C1">richards-john@sc.edu</span></a><u><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue"><br>
</span></u><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:black"><a href="https://jerlab.sc.edu"><span style="color:#0563C1">https://jerlab.sc.edu</span></a><br>
*************************************************</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>