<div dir="ltr">Hi Mubeen,<div><br></div><div>Thanks that article looks interesting, I'll check it out.</div><div><br></div><div>Concerning plotting, please see: <a href="https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/">https://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/plotting/</a></div><div><br></div><div>By the way, you said you were not interested in time-resolved analyses (that's why I suggested cfg.method = 'mtmfft'), but your data structure shows you did do so (probably using cfg.method = 'mtmconvol') as you have a time-axis in your data.</div><div>Doing a Welch-method (averaging after doing a frequency analysis over multiple overlapping windows) 

 is indeed common and can be very good in reducing noise, but I wanted to disambiguate that.<br></div><div><br></div><div>FT plotting functions can do the averaging over time for you, allowing you some more exploration on the fly. Alternatively, you can use ft_selectdata, using cfg.avgovertime = 'yes'; and cfg.latency = [t0 t1]; to do so, if I'm not mistaken. You'll need to do that if you want to end up with an average spectra from that data you showed, in case you want to compare against a control period.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Stephen</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Op do 4 mrt. 2021 om 12:42 schreef mubeen afzal <<a href="mailto:mubafzal@hotmail.com">mubafzal@hotmail.com</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks very much Stephen for your input. My understanding for many of the clinical outcome studies when they talk about 'peak paroxysm frequency' they look at the slow wave frequency. However you are probably right, frequency analysis doesnt make sense if there
 is one cycle spike/wave only. I think some of the quantitative studies leave out brief fragment in the method sections (This is an excellent recent paper on quantitative analysis - Ivan C. Zibrandtsen, Jonas M. Nielsen, Troels W. Kjaer, Quantitative characteristics
 of spike-wave paroxysms in genetic generalized epilepsy, Clinical Neurophysiology)
<div><br>
</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I might try out what you suggested in terms of electrode comparison of power spectrum. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Could you also please direct me on how to plot multi-channel powerspectrum in field trip once we have the freqanalysis structure. Frequency vs Powspctrm for all channels in one figure? <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">.e
 27 channel lines plotted for power(y-axis) vs frequency (x-axis) and ignore the time domain? I have done it in brainstorm but I have been wanting to do it in fieldtrip but havent worked it out as yet. </span></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<img size="12757" style="max-width: 100%;" src="cid:177fd4ba040cb971f161"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">Mubeen</span><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div>
<div id="gmail-m_-616662403584771429appendonsend"></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-616662403584771429divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>> on behalf of Stephen Whitmarsh <<a href="mailto:stephen.whitmarsh@gmail.com" target="_blank">stephen.whitmarsh@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, March 4, 2021 10:18 AM<br>
<b>To:</b> FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] psd for brief segments</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Hi Mubeen,
<div><br>
</div>
<div>I think it depends partly on what you consider "reliable". Any time series can be expressed in the frequency domain, and that would be an accurate representation. </div>
<div>Typically reliability would be a consideration based on how reproducible a phenomenon can be shown to be, and in this case you only have one event. However, it occurs on multiple electrodes, so that might give you a sense of reliability (And the possibility of
 averaging the spectrum)</div>
<div><br>
</div>
<div>Perhaps try something like this:</div>
<div>A) Do an FFT on every electrode in the green timewindow (cfg.method = 'mtmfft' in ft_freqanalysis, no need for tapers).</div>
<div>B) Do an FFT on every electrode in a window of equal size right before.</div>
<div>Plot the results in the same figure: B in black, A in red. Plot an average for both time windows as well. You can see whether you can spot a difference in the spectra that is consistent over electrodes.
</div>
<div>You can then try out different window sizes to see how much that makes a difference.</div>
<div><br>
</div>
<div>In the end though, expressing something in terms of frequencies only makes sense to me if there is some periodicity in the signal, so I am not sure a frequency analysis is appropriate for describing (the low frequency) part of spike-waves. As I said earlier,
 a peak detection (perhaps after some high-pass filtering) might be more to the point, depending on what you're after.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hope this helps,</div>
<div>Stephen</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Op do 4 mrt. 2021 om 06:12 schreef mubeen afzal <<a href="mailto:mubafzal@hotmail.com" target="_blank">mubafzal@hotmail.com</a>>:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hi fieldtrip team,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I wanted to ask the experts here if power can be calculated on such brief segment of generalised spike/wave. In the 30 minute recording this subject had only this single spike. Can a peak PSD be reliably calculated for such a brief segment and if so what window
 size and taper should ideally be used. I am using 4 second windows for other subjects who have 2 or more cycles of the spike/slow wave. I am not really interested in time-resolved frequency band. Just the freq-power relationship. This is quite confusing for
 me. All help will be highly appreciated. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Mubeen</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmailman.science.ru.nl%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffieldtrip&data=04%7C01%7C%7Cd1372b26b09f48a0307108d8dee12d0f%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637504406013419666%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=xz9AsAMr8x4OYnTu0tvUn94d6zZDiaEbpAk%2B3LVAQ2s%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fdoi.org%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1002202&data=04%7C01%7C%7Cd1372b26b09f48a0307108d8dee12d0f%7C84df9e7fe9f640afb435aaaaaaaaaaaa%7C1%7C0%7C637504406013429664%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=GdUmLksTrxKSxijEBkfJoKXD85vOtG1lJW5WrXjXoQU%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>