<div dir="ltr">Dear FieldTrip Community,<div><br></div><div>I am currently trying to obtain the source-level signal in a few anatomically defined ROIs, and so I'm interpolating the AAL atlas onto the 8196-vertex cortical surface template (since I previously used that to inverse-normalize onto my subject MRIs), and I'm using ft_sourceparcellate to obtain my results. However, I'm facing an error, which I believe stems from the fact that some labels (e.g. putamen, pallidum, cerebellum, vermis) are not present in my tissue after interpolation. Please let me know if any advice is available. Thank you very much.</div><div><br></div><div>My code is as follows:</div><div><br></div><div>function parc_source = mous2_sourceParcellate(sublist)<br><br>%load atlas<br>atlas = ft_read_atlas('C:\fieldtrip-20201205\template\atlas\aal\ROI_MNI_V4.nii');<br><br>%load sourcemodel (to get its .pos field)<br>ftpath   = 'C:\fieldtrip-20201205';<br>sourcemodel = ft_read_headshape(fullfile(ftpath, 'template\sourcemodel\cortex_8196.surf.gii'));<br><br>cfg_int = [];<br>cfg_int.interpmethod = 'nearest';<br>cfg_int.parameter = 'tissue';<br>atlas_int = ft_sourceinterpolate(cfg_int,atlas,sourcemodel);<br><br>for sub = sublist<br>    %load source<br>    load(['D:\MOUS2\results\sourceanalysis_low_depth\source_low_depth_' sub{1} '.mat']);<br>    source_allWords = ft_datatype_source(source_allWords);<br>    source_allWords.pos = sourcemodel.pos;<br>    <br>    %parcellate<br>    cfg = [];<br>    cfg.method = 'mean';<br>    cfg.parameter = 'all';<br>    parc_source = ft_sourceparcellate(cfg,source_allWords,atlas_int);<br>end<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>And the last part of the command line message, including the error, is as follows:</div><div><br></div><div>there is no "Putamen_L" in "tissue"<br>there is no "Pallidum_L" in "tissue"<br>there is no "Pallidum_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_Crus1_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_Crus2_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_Crus2_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_3_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_3_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_4_5_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_6_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_6_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_7b_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_7b_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_8_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_8_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_9_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_9_R" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_10_L" in "tissue"<br>there is no "Cerebellum_10_R" in "tissue"<br>there is no "Vermis_1_2" in "tissue"<br>there is no "Vermis_3" in "tissue"<br>there is no "Vermis_4_5" in "tissue"<br>there is no "Vermis_6" in "tissue"<br>there is no "Vermis_7" in "tissue"<br>there is no "Vermis_8" in "tissue"<br>there is no "Vermis_9" in "tissue"<br>there is no "Vermis_10" in "tissue"<br>Warning: using "tissue" for the parcellation <br> In ft_sourceparcellate at line 117<br><br>there are in total 8196 positions, 8196 positions are inside the brain, 7222 positions have a label<br>7222 of the positions inside the brain have a label<br>7222 of the labeled positions are inside the brain<br>974 of the positions inside the brain do not have a label<br>creating 116 parcels for parameter mom by taking the mean<br>computing parcellation<br>Index exceeds the number of array elements (0).<br><br>Error in ft_sourceparcellate>cellmean1 (line 488)<br>y = x{1};<br><br>Error in ft_sourceparcellate (line 226)<br>          tmp(j,:,:) = cellmean1(dat(seg==j));<br><br>Error in mous2_sourceParcellate (line 25)<br>    parc_source = ft_sourceparcellate(cfg,source_allWords,atlas_int);<br></div></div>