<div dir="ltr">Hi Jan-Mathijs,<div><br></div><div>Thanks for your prompt advice.:) </div><div><br></div><div>I found I can specify a field called "inside" in the normalised MRI. Then ft_sourceinterpolate will be only done to the specified space.</div><div>





<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">cfg = [];</p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">mri_temp = ft_volumenormalise(cfg,segmentedmri);</p>
<p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">mri_temp.inside = mri_temp.gray > mri_temp.white;</p><p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">where segmentedmri is done by ft_volumesegment.</p><p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica"><br></p><p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">Cheers,</p><p class="gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;font-family:Helvetica">Rowen</p></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, 3 Oct 2020 at 17:34, Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<font size="4">Hi Rowen,</font>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Your question is a bit underspecified, so it’s hard to comment on this with specific hints/tips/tricks, so the best thing that you can get right now from the community is some very generic pointers.</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">In general, ft_sourceinterpolate is your friend if you want to interpolate the functional data onto the anatomical volume. However, the function does not ‘know’ about which part of the anatomical volume correspond to grey
 matter, so if you want to mask your interpolated functional data, you’d need to create a grey matter mask, using ft_volumesegment.</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Best wishes,</font></div>
<div><font size="4">Jan-Mathijs</font></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 3 Oct 2020, at 05:58, Yun Zhao <<a href="mailto:Yun.Zhao1@monash.edu" target="_blank">Yun.Zhao1@monash.edu</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Hello everyone,
<div><br>
</div>
<div>As I'm new to fieldtrip, here is one of the problems I encountered recently. What I have is functional and anatomical data. The functional data is computed for each source point (I have the grid points' coordinates) and the anatomical data is
 MRI for every subject.</div>
<div><br>
</div>
<div>What I want to do is interpolating the functional data to the grey matter of the anatomy. I have tried ft_sourceinterpolate but it doesn't seem the method has an option for interpolating things on grey matter only. </div>
<div><br>
</div>
<div>I'm wondering if someone knows how to achieve this. Or I'd try DIY. Thanks in advance.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Rowen</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>