<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

<font size="4" class="">Hi Tibor and Jefe Diego,</font>

<div class=""><font size="4" class=""><br class="">

</font></div>

<div class=""><font size="4" class="">Thanks for letting the list know. Did you also manage to find what makes the old/new methods behave differently in this context? A fix to make the ‘old’ behave correctly would be warmly welcomed as a PR on github.</font></div>

<div class=""><font size="4" class=""><br class="">

</font></div>

<div class=""><font size="4" class="">Best wishes,</font></div>

<div class=""><font size="4" class="">Jan-Mathijs</font></div>

<div class=""><font size="4" class=""><br class="">

</font></div>

<div class="">

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 1 Oct 2020, at 08:42, <a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" class="">

tibor.auer@gmail.com</a> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class="">Hi JM,<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class="">I would like to let you know that a colleague of mine, Diego Lozano-Soldevilla, figured it out that the issue was that the warping uses “old” spmmethods as defaults. Switching to “new” resulted in a good spatial correspondence between the headmodel

 and the sourcemodel.<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span lang="HU" class="">Tibor<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span lang="HU" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span lang="HU" style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.<o:p class=""></o:p></span></b></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span lang="HU" style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">tibor.auer@gmail.com</span></a><span lang="HU" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span lang="HU" style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">+44-7906-863837<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7C0da68a9196be4a4fd60108d71a70e11e%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637006944417188277&sdata=aoE%2FhNWj%2F%2F3L8fDDz4S0dMuMTlt2p05mgHaDTXddP4w%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span lang="HU" style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span lang="EN-US" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="Apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>29 September 2020 11:13<br class="">

<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>'FieldTrip discussion list' <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>RE: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></span></div>

</div>

</div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class="">Hi JM,<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class="">I can confirm that the volumes match:<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">mri =<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">  struct with fields:<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">          dim: [176 240 256]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">      anatomy: [176×240×256 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">          hdr: [1×1 struct]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">    transform: [4×4 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         unit: 'mm'<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">       inside: [176×240×256 logical]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">     coordsys: 'ras'<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">>> seg<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">seg =<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">  struct with fields:<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">          dim: [176 240 256]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">    transform: [4×4 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         unit: 'mm'<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">     coordsys: 'ras'<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         gray: [176×240×256 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">        white: [176×240×256 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">          csf: [176×240×256 double]<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">>> V = spm_vol(segfn);<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">>> V(1).mat<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">ans =<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">    1.0000         0         0  -92.7090<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0    1.0000         0 -134.8915<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0         0    1.0000 -147.5172<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0         0         0    1.0000<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">>> seg.transform<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">ans =<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">    1.0000         0         0  -92.7090<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0    1.0000         0 -134.8915<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0         0    1.0000 -147.5172<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">         0         0         0    1.0000<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">seg.transform</span></i><span class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>is taken from<span class="Apple-converted-space"> </span><i class="">mri.transform</i>, so they are equivalent.<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class="">I have also attached two images showing spatial correspondence of the matrices based on ths code:<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">%%<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">subplot(1,2,1);<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">imagesc(mri.anatomy(:,:,165)); colormap(gray); axis image<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">subplot(1,2,2);<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">imagesc(seg.gray(:,:,165)>0.99); colormap(gray); axis image<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class=""><o:p class=""> </o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">%%<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">img = mri.anatomy/max(mri.anatomy(:))*128;<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">c1 = seg.gray.*(seg.gray>0.9)-0.9; c1 = c1.*(c1>0);<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">c1 = (c1/0.1*128+128).*(c1>0);<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">img = img + c1;<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0cm 35.4pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""><span class="">image(img(:,:,165)); colormap([gray(128);hot(128)]); axis image<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.<o:p class=""></o:p></span></b></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow<o:p class=""></o:p></span></b></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><u class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class=""><o:p class=""></o:p></span></u></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<span class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tuesday, September 29, 2020 7:11 AM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Hi Tibor,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I don’t know what is wrong with this snippet, apart from the fact that there’s no guarantee that the volume in mri.anatomy matches (in terms of voxel dimensions and orientation) with the volumes that you load in with spm_read_vols.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

JM<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<o:p class=""> </o:p></p>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 28 Sep 2020, at 23:00,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Hi JM,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Can you tell me what is wrong with the snippet below? It generates the attached image (i.e. the headmodel and the sourcemodel do not match).<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">FTpath = '/users/psychology01/software/fieldtrip';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""> </i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">mrifn = 'T1w.nii';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">mri = ft_read_mri(mrifn,'dataformat','nifti_spm');</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">mri = ft_datatype_volume(mri);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">mri.coordsys = 'ras';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""> </i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">segfn = char('c1.nii','c2.nii','c3.nii');</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">Y = spm_read_vols(spm_vol(segfn));</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">seg = keepfields(mri,{'dim','transform','coordsys','unit'});</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">seg.gray = Y(:,:,:,1);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">seg.white = Y(:,:,:,2);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">seg.csf = Y(:,:,:,3);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">clear Y</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""> </i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg        = [];</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.method = 'singleshell';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">headmodel  = ft_prepare_headmodel(cfg, seg);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""> </i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">dat = load(fullfile(FTpath,'template/sourcemodel/standard_sourcemodel3d10mm.mat'));</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg           = [];</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.warpmni   = 'yes';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.template  = dat.sourcemodel;</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.nonlinear = 'yes';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.mri       = mri;</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">cfg.unit      ='mm';</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">sourcemodel   = ft_prepare_sourcemodel(cfg);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class=""> </i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">% make a figure of the single subject headmodel, and grid positions</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">figure; hold on;</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">ft_plot_headmodel(headmodel, 'edgecolor', 'none','facecolor',[0.5 0.5 0.5],'facealpha', 0.4);</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin-left: 35.4pt;" class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<i class="">ft_plot_mesh(sourcemodel.pos(sourcemodel.inside,:));</i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 5:03 PM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>'FieldTrip discussion list' <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>RE: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I found it:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#make-the-individual-subjects-grid" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#make-the-individual-subjects-grid</a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span><<a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 5:00 PM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>'FieldTrip discussion list' <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>RE: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

And how do I inverse-warp them?<span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-family: "Segoe UI Emoji", sans-serif;" class="">😊</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 4:37 PM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Dear Tibor,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Well, I meant you can use one of the standard sourcemodels, provided you inverse-warp them to individual subject space.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Best wishes,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Jan-Mathijs<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

 <o:p class=""></o:p></p>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 28 Sep 2020, at 17:25,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Do you mean I could simply use <fieldtrip>/template/sourcemodel/standard_sourcemodel3d10mm.mat?<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 3:28 PM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Well, the group analysis section should be sufficient.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Best wishes,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

JM<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

 <o:p class=""></o:p></p>

</div>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 28 Sep 2020, at 16:20,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Hi JM,<o:p class=""></o:p></div>

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</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Thank you for the information.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Regarding 3D grids, the<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#construction-of-a-source-model-based-on-a-regular-3-dimensional-grid-of-dipole-positions" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#construction-of-a-source-model-based-on-a-regular-3-dimensional-grid-of-dipole-positions</a><span class="apple-converted-space"> </span>section

 says “Content is coming soon!”. Only the steps required for group analysis are detailed.<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 1:05 PM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Hi Tibor,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Well, I don’t have a strong recommendation to go for either, apart from the fact that a distributed source reconstruction method (such as eLORETA) benefits from an accurate source model to begin with. Also, it depends on what you aim in your source reconstruction.

 Limiting yourself to the cortical sheet gets rid subcortical structures/cerebellum.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Regarding 3D grids, there is some stuff that relates to 3D grids, isn’t there?<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Best wishes,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

JM<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<br class="">

<br class="">

<o:p class=""></o:p></p>

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<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 28 Sep 2020, at 13:52,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Thank you, Jan-Mathijs,<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

This link is very instructive. I wonder why it eluded me so far.<span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-family: "Segoe UI Emoji", sans-serif;" class="">😊</span><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

If I get it right, you recommend using approach based on the cortical sheet because 1) the tutorial for 3D grid is not there yet and 2) I can use results from cortical sheet directly for group analysis.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, September 28, 2020 10:21 AM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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Dear Tibor,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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It’s not clear to me what’s special about spm’s ‘unified segmentation’ regarding the creation of source models. <o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I assume you are aware that source models eventually need to be in the subject’s native space in order for them to be useable.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Documentation about how to create a source model for EEG/MEG source reconstruction can be found at: <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/</a>,

 which might be a good starting point. <o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Best wishes,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Jan-Mathijs<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<o:p class=""></o:p></p>

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<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 28 Sep 2020, at 10:03,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Hi Jan-Mathijs,<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Thank you for your response. I found that post earlier and noticed that I may need to redo the freqanalysis, however, I still do not know how do I create the<span class="apple-converted-space"> </span><i class="">sourcemodel</i><span class="apple-converted-space"> </span>from

 the T1-weighted MRI images already segmented with SPM12.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="mailto:T.Auer@surrey.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">T.Auer@surrey.ac.uk</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Thursday, September 24, 2020 8:12 AM<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [FieldTrip] eLORETA source analysis<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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Hi Tibor,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Some of this is discussed (and fixed, there were some small issues in the code) in <a href="https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/issues/1454" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">https://github.com/fieldtrip/fieldtrip/issues/1454</a> and

 the PR that is linked in the linked issue.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Note: if you want to go from sensor-level to source-level data in the frequency domain, you should either use ‘powandcsd’, or ‘fourier’ as cfg.output argument to ft_freqanalysis.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Best wishes,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Jan-Mathijs<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

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<o:p class=""></o:p></p>

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<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="" type="cite">

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

On 23 Sep 2020, at 13:42,<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:tibor.auer@gmail.com" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">tibor.auer@gmail.com</a><span class="apple-converted-space"> </span>wrote:<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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Dear Community,<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I would like to perform an eLORETA source analysis, however, I am unsure about the steps.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I am working on the<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/retro/MPI_LEMON.html" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">LEMON data</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>including

 62-channel EEG experiment at rest and structural (T1-weighted) MRI of >200 participants.<o:p class=""></o:p></div>

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 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I have preprocessed the EEG data and performed timefrequency analysis on the 2-second-long epochs with configuration:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

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</div>

</div>

</div>

</div>

<ul type="disc" style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0cm;" class="">

<ul type="circle" style="margin-bottom: 0cm; margin-top: 0cm;" class="">

<li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

method: 'mtmfft'<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

taper: 'hanning'<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

foi: [0.9766 1.9531 3.9062 5.8594 7.8125 12.2070 15.1367 20.0195 24.9023 32.2266 40.0391 60.0586 69.8242 80.0781 95.2148 109.8633 120.1172]<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

pad: 2.0480<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

output: 'pow'<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

keeptrials: 'no'<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

trials: [233×1 double]<o:p class=""></o:p></li></ul>

</ul>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I have also processed the MRI images and normalised-segmented them using SPM12’s unified segmentation outside FieldTrip.<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

I would appreciate any help including code snippets, pointers to (order of) functions or specific and detailed tutorials.<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Kind regards,<o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">

Tibor<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

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<b class=""><span style="color: rgb(34, 42, 53);" class="">Auer, Tibor M.D. Ph.D.</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">Research Fellow</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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<b class=""><span style="color: rgb(0, 102, 255);" class="">School of Psychology, Faculty of Health and Medical Sciences</span></b><o:p class=""></o:p></div>

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University of Surrey, Guildford GU2 7XH<o:p class=""></o:p></div>

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<a href="https://eur02.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Ftwitter.com%2FTiborAuer&data=02%7C01%7Ct.auer%40surrey.ac.uk%7Cdb32da458c424eedef2908d7d4bd1421%7C6b902693107440aa9e21d89446a2ebb5%7C0%7C0%7C637211780868086968&sdata=zrT5%2FnGGsar14C3WartuU99tzsfLu30Peh9fuaqrAUg%3D&reserved=0" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(5, 99, 193);" class="">@TiborAuer</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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fieldtrip mailing list<br class="">

</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(5, 99, 193);" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(5, 99, 193);" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">v>_______________________________________________<br class="">

fieldtrip mailing list<br class="">

</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">

fieldtrip mailing list<br class="">

<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">

<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a></span><o:p class=""></o:p></div>

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fieldtrip mailing list<br class="">

</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">/p>_______________________________________________<br class="">

fieldtrip mailing list<br class="">

</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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<fieldtrip.png><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">

fieldtrip mailing list<br class="">

</span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" style="color: blue; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p class=""></o:p></div>

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 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" style="color: blue; text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

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