<div dir="ltr">Hello Jan-Mathijs,<div><br></div><div>Thank you for your help.  I appreciate you taking the time to explain these steps to me.  I am slowly learning so thank you for your help.  I will look through the code and figure out where I am making a mistake. </div><div><br></div><div>Thank you again!</div><div>Rebecca</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 16, 2020 at 12:22 AM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<font size="4">Hi Rebecca,</font>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Just some pointers below. One cannot ‘just’ interpolate one object to another one without considering (and validating) whether,</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">1) the coordinate system in which the objects are expressed are the same</font></div>
<div><font size="4">2) the objects’ coordinates are expressed in the same metric units (although FT usually tries to check this, and fix it, if possible)</font></div>
<div><font size="4">3) both objects are of a similar ’nature’, i.e. both defined as a 3D volume, or as a point cloud, or as a mesh. (although FT can toggle back and forth, it’s often not desirable)</font></div>
<div><font size="4">4) the atlas you aim to use is appropriate for your data (particularly in light of point 3).</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Furthermore, the error you paste is pretty low level and not informative without any additional context. The only thing that I can derive from it, is that the variable ’ sel’ is most likely empty (i.e. contains 0 elements,
 which causes the error. What ’sel’ means in this context, and why it is empty in your case is can not be derived. Additional detective work is best done with you, by using the matlab debugger, which allows you to step through the code line-by-line to investigate
 the variables in the function’s workspace.</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Good luck,</font></div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div><font size="4">Jan-Mathijs</font></div>
<div><br>
</div>
<div><font size="4"><br>
</font></div>
<div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 16 Sep 2020, at 01:08, Rebecca Kenny <<a href="mailto:beckenny@student.ubc.ca" target="_blank">beckenny@student.ubc.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello Michael,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your quick response! It seems I am still getting errors.</div>
<div><br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>
<div><font color="#ff0000">Index exceeds the number of array elements (0).</font></div>
<div><font color="#ff0000"><br>
</font></div>
<div><font color="#ff0000">Error in ft_sourceinterpolate>my_interpn (line 726)</font></div>
<div><font color="#ff0000">  ft_progress(sel(1)/num, 'interpolating %.1f%%\n', 100*sel(1)/num);</font></div>
<div><font color="#ff0000"><br>
</font></div>
<div><font color="#ff0000">Error in ft_sourceinterpolate (line 631)</font></div>
<div><font color="#ff0000">            av( sel) = my_interpn(fv, ax(sel), ay(sel), az(sel), cfg.interpmethod, cfg.feedback);</font></div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>There should not be anything wrong with my data and I have followed the tutorial to a T. I am not sure what I am missing. I appreciate the help.</div>
<div><br>
</div>
<div>Rebecca</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 15, 2020 at 3:36 PM Michael Glassen - Biomedical Engineer <<a href="mailto:MGlassen@kesslerfoundation.org" target="_blank">MGlassen@kesslerfoundation.org</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Rebecca,<br>
<br>
I have run into similar issues, I may be wrong but I believe interpolating the atlas onto your source model will solve this issue. I grabbed some code from one of the tutorials and pasted below, try it out and see if it fixes your error, replacing the atlas
 and sourcemodel variables with whatever you’ve named them in your script.<br>
<br>
Best,<br>
Michael Glassen<br>
<br>
%% <br>
cfg = [];<br>
cfg.interpmethod = 'nearest';<br>
cfg.parameter = 'tissue';<br>
newAtlas = ft_sourceinterpolate(cfg, atlas, sourcemodel);<br>
<br>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_2247125863696597164gmail-m_-1782410259123342228divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt"><b>From:</b> fieldtrip <<a href="mailto:fieldtrip-bounces@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-bounces@science.ru.nl</a>>
 on behalf of Rebecca Kenny <<a href="mailto:beckenny@student.ubc.ca" target="_blank">beckenny@student.ubc.ca</a>><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, September 15, 2020 5:54:12 PM<br>
<b>To:</b> FieldTrip discussion list<br>
<b>Subject:</b> Re: [FieldTrip] EEG connectivity analysis - error with ft_sourceparcellate in whole brain connectivity tutorial</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello Jan-Mathijs,
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for your reply! It seems to have worked and I am really appreciative.  I now have a new error that maybe you can help with.  Would this be because of the atlas I chose?</div>
<div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>cfg = [];</div>
<div>    cfg.parcellation = 'tissue';</div>
<div>    cfg.parameter    = 'cohspctrm';</div>
<div>    parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, atlas);</div>
</div>
</blockquote>
</blockquote>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">there are in total 4050 positions, 2015 positions are inside the brain, 701027 positions have a label</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">0 of the positions inside the brain have a label</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">The logical indices contain a true value outside of the array bounds.</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><br>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#ff0000">Error in ft_sourceparcellate (line 172)</font></blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#ff0000">  fprintf('%d of the labeled positions are inside the brain\n',         sum(source.inside(seg(:)~=0)));</font></blockquote>
</blockquote>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you,</div>
<div>Rebecca</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 14, 2020 at 10:50 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Rebecca,
<div><br>
</div>
<div>The atlas needs to be represented as a proper atlas, also known as a ‘parcellation’. Unless you know what you’re doing, this can only be achieved if the specified atlas is either in a well defined mat-file, or if the atlas is created (i.e. read
 from file + some additional wizardry applied to those data) by ft_read_atlas. I suspect that you did not do atlas = ft_read_atlas(‘AllAreas_v17_MPM.mat’); in order to create the atlas variable.</div>
<div><br>
</div>
<div>Also, note that ft_sourceparcellate will try and make the parcellation according to the information in the named <cfg.parcellation> field. After calling ft_read_atlas for the AllAreas_v17_MPM file, this parcellation is defined in the (confusingly)
 ’tissue’ field, so cfg.parcellation should be ’tissue’.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 14 Sep 2020, at 20:41, Rebecca Kenny <<a href="mailto:beckenny@student.ubc.ca" target="_blank">beckenny@student.ubc.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello,<br>
<br>
I am attempting to run connectivity analysis on resting-state EEG data.  <b>
My goal of source space analysis is to run <i>ft_networkanalysis</i> and extract graph theory variables. </b>I am following the "whole-brain connectivity and network analysis" tutorial.  I believe I have successfully navigated the tutorial (after importing
 my cleaned data from EEGlab) until I experience errors when I get to the 'connectivity analysis and parcellation'.<br>
<br>
I can't find the atlas_MMP1.0_4k.mat file so I tried to use AllAreas_v17.mat.<br>
<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>  % compute connectivity</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg         = [];</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.method  ='coh';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.complex = 'absimag';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    source_conn = ft_connectivityanalysis(cfg, source);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>   </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    load AllAreas_v17.mat;</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    atlas.pos = source_conn.pos; </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>   </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg = [];</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.parcellation = 'parcellation';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.parameter    = 'cohspctrm';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, atlas);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    figure;imagesc(parc_conn.cohspctrm);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>Error using ft_checkdata (line 528)</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>This function requires parcellation data as input, see ft_datatype_parcellation.</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>Error in ft_sourceparcellate (line 97)</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>parcellation = ft_checkdata(parcellation, 'datatype', 'parcellation', 'parcellationstyle', 'indexed');</div>
</blockquote>
</blockquote>
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>
<div>If there is an email thread already, please direct me to the proper post.  </div>
<div><br>
</div>
<div>I appreciate any help.  I have been stuck at this part for a while and would love to move through my analysis.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you,</div>
<div>Rebecca </div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
<br>
<br>
<p style="font-family:Verdana;font-size:10pt;color:rgb(102,102,102)"><b>Disclaimer</b></p>
<p style="font-family:Verdana;font-size:8pt;color:rgb(102,102,102)">The information contained in this communication from the sender is confidential. It is intended solely for use by the recipient and others authorized to receive it. If you are not
 the recipient, you are hereby notified that any disclosure, copying, distribution or taking action in relation of the contents of this information is strictly prohibited and may be unlawful.<br>
<br>
This email has been scanned for viruses and malware, and may have been automatically archived by Mimecast, a leader in email security and cyber resilience. Mimecast integrates email defenses with brand protection, security awareness training, web security,
 compliance and other essential capabilities. Mimecast helps protect large and small organizations from malicious activity, human error and technology failure; and to lead the movement toward building a more resilient world. To find out more, visit our website.</p>
</div>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>