<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello Jan-Mathijs,<div><br></div><div>Thank you very much for your reply! It seems to have worked and I am really appreciative.  I now have a new error that maybe you can help with.  Would this be because of the atlas I chose?</div><div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div dir="ltr"><div><br></div><div>cfg = [];</div><div>    cfg.parcellation = 'tissue';</div><div>    cfg.parameter    = 'cohspctrm';</div><div>    parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, atlas);</div></div></blockquote></blockquote><div dir="ltr"><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">there are in total 4050 positions, 2015 positions are inside the brain, 701027 positions have a label</blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">0 of the positions inside the brain have a label</blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">The logical indices contain a true value outside of the array bounds.</blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><br></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#ff0000">Error in ft_sourceparcellate (line 172)</font></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font color="#ff0000">  fprintf('%d of the labeled positions are inside the brain\n',         sum(source.inside(seg(:)~=0)));</font></blockquote></blockquote></div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Rebecca</div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 14, 2020 at 10:50 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Rebecca,
<div><br>
</div>
<div>The atlas needs to be represented as a proper atlas, also known as a ‘parcellation’. Unless you know what you’re doing, this can only be achieved if the specified atlas is either in a well defined mat-file, or if the atlas is created (i.e. read
 from file + some additional wizardry applied to those data) by ft_read_atlas. I suspect that you did not do atlas = ft_read_atlas(‘AllAreas_v17_MPM.mat’); in order to create the atlas variable.</div>
<div><br>
</div>
<div>Also, note that ft_sourceparcellate will try and make the parcellation according to the information in the named <cfg.parcellation> field. After calling ft_read_atlas for the AllAreas_v17_MPM file, this parcellation is defined in the (confusingly)
 ’tissue’ field, so cfg.parcellation should be ’tissue’.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 14 Sep 2020, at 20:41, Rebecca Kenny <<a href="mailto:beckenny@student.ubc.ca" target="_blank">beckenny@student.ubc.ca</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello,<br>
<br>
I am attempting to run connectivity analysis on resting-state EEG data.  <b>
My goal of source space analysis is to run <i>ft_networkanalysis</i> and extract graph theory variables. </b>I am following the "whole-brain connectivity and network analysis" tutorial.  I believe I have successfully navigated the tutorial (after importing
 my cleaned data from EEGlab) until I experience errors when I get to the 'connectivity analysis and parcellation'.<br>
<br>
I can't find the atlas_MMP1.0_4k.mat file so I tried to use AllAreas_v17.mat.<br>
<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>  % compute connectivity</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg         = [];</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.method  ='coh';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.complex = 'absimag';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    source_conn = ft_connectivityanalysis(cfg, source);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>   </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    load AllAreas_v17.mat;</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    atlas.pos = source_conn.pos; </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>   </div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg = [];</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.parcellation = 'parcellation';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    cfg.parameter    = 'cohspctrm';</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    parc_conn = ft_sourceparcellate(cfg, source_conn, atlas);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>    figure;imagesc(parc_conn.cohspctrm);</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>Error using ft_checkdata (line 528)</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>This function requires parcellation data as input, see ft_datatype_parcellation.</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div><br>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>Error in ft_sourceparcellate (line 97)</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>parcellation = ft_checkdata(parcellation, 'datatype', 'parcellation', 'parcellationstyle', 'indexed');</div>
</blockquote>
</blockquote>
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>
<div>If there is an email thread already, please direct me to the proper post.  </div>
<div><br>
</div>
<div>I appreciate any help.  I have been stuck at this part for a while and would love to move through my analysis.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you,</div>
<div>Rebecca </div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>