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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">HI Patrick,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">I had a similar situation, using a Biosemi 32 electrode system, without MRI scans, wanting to do source analysis. In order to align the electrodes to the standard BEM, I visually aligned the two
and saved that electrode alignment for all further analysis.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Xavier<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">fieldtrip <fieldtrip-bounces@science.ru.nl> on behalf of Patrick Wiegel <patrick.wiegel@sport.uni-freiburg.de><br>
<b>Reply to: </b>FieldTrip discussion list <fieldtrip@science.ru.nl><br>
<b>Date: </b>Saturday, 5 September 2020 at 12:46 AM<br>
<b>To: </b>"fieldtrip@science.ru.nl" <fieldtrip@science.ru.nl><br>
<b>Subject: </b>[FieldTrip] Beamformer source analyses with Biosemi 64 EEG channels<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Dear Fieldtrip community, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am working with EEG data from a Biosemi 64 channel system from a reinforcement motor learning task. I would like to do Beamformer source analyses on power data. I don’t have individual MRIs or related electrode positions available, so
I am taking the standard MRI and BEM headmodel from the fieldtrip templates. I am following the tutorial/examples on the website (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem/">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/headmodel_eeg_bem/</a>). <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am currently struggling on how to continue with the step electrode alignment. According to the tutorials, I need to align the electrode positions to the MRI in the next step with ft_electrodes_realign. However, it seems that I need to
have information on the fiducial which I don’t have. Is there anyone who knows how to do that with biosemi EEG data? I already found this example but cannot relate as there are information on the fiducial and more/other channels available (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/example/biosemi/">http://www.fieldtriptoolbox.org/example/biosemi/</a>). <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I added my code below. I would appreciate any help. If anyone needs more information on my data or an example set, let me know. I added information on my existing variables below the code.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best, Patrick<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% load MRI and BEM templates</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">load(</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0">'/Users/patrickwiegel/Documents/MATLAB/Scripts/2020/TF_Data/fieldtrip-20200603/template/headmodel/standard_bem.mat'</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">)</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">load(</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0">'/Users/patrickwiegel/Documents/MATLAB/Scripts/2020/TF_Data/fieldtrip-20200603/template/headmodel/standard_mri.mat'</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">)</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% show Biosemi electrode layout<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">cfg.layout = (</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0">'/Users/patrickwiegel/Documents/MATLAB/Scripts/2020/TF_Data/fieldtrip-20200603/template/layout/biosemi64.lay'</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:black">);</span><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:#A020F0"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_layoutplot(cfg)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% import EEG data<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">EEG_Data = eeglab2fieldtrip( EEG,
<span style="color:#A020F0">'raw'</span>, <span style="color:#A020F0">'none'</span> );<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% define trials for frequency analyses<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.trials = Indexes_correct{1, 1};<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.toilim = [0.25 0.55];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">data_fed_correct = ft_redefinetrial(cfg, EEG_Data);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.trials = Indexes_incorrect{1, 1};<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.toilim = [0.25 0.55];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">data_fed_incorrect = ft_redefinetrial(cfg, EEG_Data);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% run frequenc analyses<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.method =
<span style="color:#A020F0">'mtmfft'</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.output =
<span style="color:#A020F0">'powandcsd'</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.tapsmofrq = 4;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.foilim = [25 25];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">frequ_correct = ft_freqanalysis(cfg, data_fed_correct);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg = [];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.method =
<span style="color:#A020F0">'mtmfft'</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.output =
<span style="color:#A020F0">'powandcsd'</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.tapsmofrq = 4;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">cfg.foilim = [25 25];<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">frequ_incorrect = ft_freqanalysis(cfg, data_fed_incorrect);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% define head model<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">mri = ft_volumereslice(cfg, mri);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">display(mri)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% plot mesh <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_plot_mesh(vol.bnd(1),
<span style="color:#A020F0">'facecolor'</span>,[0.2 0.2 0.2], <span style="color:#A020F0">
'facealpha'</span>, 0.3, <span style="color:#A020F0">'edgecolor'</span>, [1 1 1],
<span style="color:#A020F0">'edgealpha'</span>, 0.05);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">hold <span style="color:#A020F0">
on</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_plot_mesh(vol.bnd(2),<span style="color:#A020F0">'edgecolor'</span>,<span style="color:#A020F0">'none'</span>,<span style="color:#A020F0">'facealpha'</span>,0.4);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">hold <span style="color:#A020F0">
on</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_plot_mesh(vol.bnd(3),<span style="color:#A020F0">'edgecolor'</span>,<span style="color:#A020F0">'none'</span>,<span style="color:#A020F0">'facecolor'</span>,[0.4 0.6 0.4]);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% extract electrode posiitons from Biosemi file and convert to fieldtrip struc<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">sens.label = EEG_Data.elec.label;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">sens.chanpos = EEG_Data.elec.elecpos;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">sens.elecpos = EEG_Data.elec.pnt;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">elec = ft_datatype_sens(sens);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">elec = ft_convert_units(elec,
<span style="color:#A020F0">'mm'</span>);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">display(elec)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% plot mesh and electrode positions<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">figure;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">% head surface (scalp)<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_plot_mesh(vol.bnd(1),
<span style="color:#A020F0">'edgecolor'</span>,<span style="color:#A020F0">'none'</span>,<span style="color:#A020F0">'facealpha'</span>,0.8,<span style="color:#A020F0">'facecolor'</span>,[0.6 0.6 0.8]);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">hold <span style="color:#A020F0">
on</span>;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">% electrodes<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier">ft_plot_sens(elec);<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="font-stretch: normal;min-height: 12px"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier"> <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:7.5pt;font-family:Courier;color:forestgreen">%% align electrodes<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Courier"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">variables:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">mri = <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> struct with fields:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> anatomy: [256×256×256 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> coordsys: 'spm'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> dim: [256 256 256]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> transform: [4×4 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> unit: 'mm'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> inside: [256×256×256 logical]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> cfg: [1×1 struct]<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">elec = <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> struct with fields:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> chanpos: [64×3 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> chantype: {64×1 cell}<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> chanunit: {64×1 cell}<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> elecpos: [64×3 double]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> label: {1×64 cell}<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> type: 'eeg1010'<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> unit: ‚mm'<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">vol = <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> struct with fields:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> bnd: [1×3 struct]<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> cond: [0.3300 0.0041 0.3300]<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">Patrick Wiegel</span></b><span style="color:black"><br>
</span><span style="color:#680823">Department of Sport and Sport Science</span><span style="color:black">
<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black"><br>
University of Freiburg <br>
Sandfangweg 4<br>
79117 Freiburg i. Br . <o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">phone: +49 (0)761/ 203-4550<br>
<a href="mailto:patrick.wiegel@sport.uni-freiburg.de">email: patrick.wiegel@sport.uni-freiburg.de</a><br>
web: www.sport.uni-freiburg.de<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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