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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

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<body dir="ltr">

<div class="WordSection1">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<span style="color:black">Hello all,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">This is my first email to Fieldtrip Community. My name is Johnny Lu and I am a postgraduate student at the University of Edinburgh. I major in Signal Processing and Communications. Currently I am conducting a project about analysing

 the dynamic functional connectivity based on the EEG signals recorded from rats with epilepsy. The data is recorded by Open Ephys.<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">I have a problem when I consider applying the logical mask into plotting the connectivity figure in order to quantify the effect of the connectivity in a systematic way.<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">This is the cfg when I applied the connectivity analysis.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg = [];</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.method = 'coh';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.complex = 'imag';</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">stat_filt = ft_connectivityanalysis(cfg, freq_filt);</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">And the structure of ‘stat_filt’ is shown below,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">stat_filt =<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">  struct with fields:</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">     labelcmb: {496×2 cell}</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       dimord: 'chancmb_freq_time'</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">    cohspctrm: [496×29×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">         time: [1×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">         freq: [2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">          cfg: [1×1 struct]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Also, I used ‘ft_connectivityplot’ to visualise the result. Here is the cfg,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg           = [];</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.parameter = 'cohspctrm';</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">ft_connectivityplot(cfg, stat_filt);</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Some effects can be detected in the figure. In order to quantify the effects in a systematic way, I consider implementing the statistical testing to the connectivity. I followed the example on the tutorial (<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/statistics/#plotting-the-test-results"><span style="color:#0563C1">http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/oslo2019/statistics/#plotting-the-test-results</span></a>)

 and tried to apply the testing in the similar way. I used ‘ft_freqstatistics’ and here is the cfg,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">design = [1 2];                  <span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg = [];</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.channel          = 'all';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.frequency        = 'all';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.parameter        = 'cohspctrm';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.method           = 'montecarlo'; <span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.statistic        = 'indepsamplesT';   <span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.correctm         = 'no';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.correcttail = 'prob';<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.numrandomization = 'all';</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.ivar = 1;</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.design   = design; </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">cfg.alpha            = 0.025;</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">stat_t_freq = ft_freqstatistics(cfg, stat_filt);</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">And the structure of ‘stat_t_freq’ is,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">stat_t_freq =<span class="apple-converted-space"> </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">  struct with fields:</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       prob: [496×29×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">    cirange: [496×29×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       mask: [496×29×20000 logical]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       stat: [496×29×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">        ref: [496×29×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">     dimord: 'chancmb_freq_time'</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       freq: [2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">       time: [1×20000 double]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">        cfg: [1×1 struct]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Now the problem is that I have no idea about visualise the result of the statistical testing. According to the mentioned tutorial, the result of the statistical testing can be visualised by applying the logical matrix ‘mask’ into plotting

 the parameter which is used in the testing (for example, power spectrum). Unfortunately, the function ‘ft_connectivityplot’ does not support applying mask. If I use ‘ft_multiplotTFR’, the data is not supported by the function. Another option is using ‘ft_singleplotER’

 because it supports the data from connectivity analysis and the mask as well, but the visualisation is bad compared to the figure with the colour level generated from ‘ft_connectivityplot’.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Therefore, I would like to seek for the guidance here about how to achieve the visualisation of the result from statistical testing with the connectivity parameter using 'ft_connectivityplot' or any other function.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Thank you in advance!</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Best Regards,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black">Johnny</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">

<span style="color:black"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;">

<span style="font-size:11.0pt"> </span></p>

</div>

</body>

</html>