<div dir="ltr"><div>Dear Eelk,</div><div><br></div><div>Perhaps everything is ok, and I can ignore the warning. The structure of my data is as follows (and contains the components that you mentioned: e.g. .topolabel), or it should also appear in the component analysis?<br></div><div><br></div><div><span style="font-family:monospace">ica_cleaned = <br>  struct with fields:<br>       fsample: 512<br>          time: {1×100 cell}<br>         trial: {1×100 cell}<br>          topo: [69×69 double]<br>      unmixing: [69×69 double]<br>         label: {69×1 cell}<br>     topolabel: {69×1 cell}<br>    sampleinfo: [100×2 double]<br>     trialinfo: [100×1 double]<br>           cfg: [1×1 struct]</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Thank you for your time and help. <br></font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Best, <br></font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Helena Pereira</font><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Helena Pereira <<a href="mailto:hri.pereira@campus.fct.unl.pt">hri.pereira@campus.fct.unl.pt</a>> escreveu no dia terça, 9/06/2020 à(s) 09:38:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear 
Eelk, <br></div><div><br></div><div>Yes, 'ica_cleaned' is produced directly from
ft_componentanalysis:</div><div><br></div><div><span style="font-family:monospace">cfg = [];<br>cfg.dataset=subject;<br>cfg.trialfun = 'ft_trialfun_general'; % this is the default<br>cfg.trialdef.eventtype  = 'Stimulus'; <br>cfg.trialdef.eventvalue ={Stimulus}'; <br>cfg.trialdef.prestim    = 2; %latency in seconds  <br>cfg.trialdef.poststim   = 2; %latency in seconds <br>cfg=ft_definetrial(cfg);<br><br>cfg.channel = [1:69]; %discard channels not used<br>cfg.preproc.reref = 'yes';<br>cfg.preproc.refchannel = {'M1' 'M2'}; %avg mastoids<br>cfg.continuous = 'yes';<br>cfg.preproc.detrend = 'no';<br>%Baseline correction<br>%cfg.preproc.demean = 'yes'; <br>cfg.prepoc.baselinewindow  = [-0.2 0]; <br>%Filtering<br>cfg.preproc.lpfilter = 'yes';<br>cfg.preproc.hpfilter = 'yes';<br>cfg.preproc.lpfreq = 100;<br>cfg.preproc.hpfreq = 1;<br>data=ft_preprocessing(cfg);</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace">cfg = [];<br>cfg.method = 'runica';<br>cfg.demean = 'yes';<br>ica_cleaned = ft_componentanalysis(cfg,data);<br><br>% %Save ICA data <br>% outfile=strcat(save_dir,'/',infile,'_', sti,'.mat')<br>% save(outfile, 'ica_cleaned', '-v7.3')<br><br>cfg = [];<br>cfg.component = 1:20;<br><br>cfg.layout = 'biosemi64.lay';<br>cfg.comment   = 'no';<br>figure();<br>ft_topoplotIC(cfg,ica_cleaned)</span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">The data is in the BrainVision Format (
.vhdr, .vmrk and .seg), obtained as suggested by Fieldtrip website: </font><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/getting_started/brainvision/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/getting_started/brainvision/</a></span></div><div><span style="font-family:monospace"><br></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Can I ignore the Warning? <br></font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Best,</font></span></div><div><span style="font-family:monospace"><font face="arial,sans-serif">Helena Pereira</font></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Eelke Spaak <<a href="mailto:e.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">e.spaak@donders.ru.nl</a>> escreveu no dia terça, 9/06/2020 à(s) 08:15:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Helena,<br>
<br>
In general, you can probably safely ignore the warning. It just means<br>
that FieldTrip is unsure of the dimensionality of the 'comp' field,<br>
because there is no 'compdimord' and also the dimensionality does not<br>
match the data in any straightforward way.<br>
<br>
However, the structure of your componentanalysis output is somewhat<br>
strange. From .topo and .unmixing, it appears there is only one<br>
component. However, .label has 69 elements, and there is no .topolabel<br>
(which usually is there). Is the output you posted directly produced<br>
by ft_componentanalysis (i.e. it is the 'ica_cleaned' variable<br>
immediately after the step you showed)?<br>
<br>
Best,<br>
Eelke<br>
<br>
On Mon, 8 Jun 2020 at 21:42, Helena Pereira<br>
<<a href="mailto:hri.pereira@campus.fct.unl.pt" target="_blank">hri.pereira@campus.fct.unl.pt</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear FieldTrip users,<br>
><br>
> I'm running the ft_componentanalysis function after applying ICA to my data. Although I'm not getting any error, the following warning came out:<br>
><br>
> Warning: could not determine dimord of "comp" in:<br>
><br>
>              label: {69×1 cell}<br>
>                cfg: [1×1 struct]<br>
>               topo: [69×1 double]<br>
>         topodimord: 'chan_comp'<br>
>               comp: 7<br>
>           unmixing: [1×69 double]<br>
>     unmixingdimord: 'chan_topochan'<br>
><br>
> Can this influence the way the components are displayed and consequently my results? Is this associated with the layout that I used or with the "demean" option?<br>
><br>
> My code is as follows:<br>
> cfg = [];<br>
> %cfg.channel = 1:64;<br>
> cfg.method = 'runica';<br>
> cfg.demean = 'yes';<br>
> ica_cleaned = ft_componentanalysis(cfg, data);<br>
><br>
> cfg = [];<br>
> cfg.component = 1:20;<br>
> cfg.layout = 'biosemi64.lay';<br>
> cfg.comment   = 'no';<br>
> ft_topoplotIC(cfg, ica_cleaned )<br>
><br>
> Thanks in advance,<br>
> Keep safe,<br>
> Helena Pereira<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>