<div dir="rtl"><div dir="rtl"><div dir="rtl"><div dir="rtl"><div dir="rtl"><div dir="rtl"><div style="text-align:left" dir="ltr"><span style="text-align:left;color:rgb(0,0,0);text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:400;text-decoration:none;word-spacing:0px;display:inline;white-space:pre-wrap;float:none;background-color:transparent"><font face="arial,sans-serif">Dear community,<br><br>I am doing a source analysis on MEG data; I used the LCMV beamformer<br>to localize on time-locked data, and want to contrast two conditions: faces and vehicles in tempo-occipital regions. </font>
<font face="arial,sans-serif">I used AAL atlas to do that. The code is running however when I'm looking at the stat struct all the voxel are include inside the analysis and thus the clusters are across different brain regions. 
I've searched around the tutorial web pages and the mailing list archive,<br>and didn't find explanation for this or similar problem in fieldtrip similar versions (I'm using fieldtrip-20200409). </font><b></b><i></i><u></u><strike></strike>
<font face="arial,sans-serif"></font>
<font face="arial,sans-serif">This is my code: </font>
<font face="arial,sans-serif"></font>-------
<font face="arial,sans-serif">aal = ft_read_atlas('ROI_MNI_V4.nii');<br></font>
<font face="arial,sans-serif"><br>cfgStat = [];</font></span></div><span style="text-align:left;color:rgb(0,0,0);text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:400;text-decoration:none;word-spacing:0px;display:inline;white-space:pre-wrap;float:none;background-color:transparent"><div style="text-align:left" dir="ltr"><font face="arial,sans-serif"><br>% <br> cfgStat.atlas        =  aal;<br>cfgStat.roi          = {'Temporal_Mid_L'};  %Example ROI<br>cfgStat.avgoverroi   = 'yes';</font>
<font face="arial,sans-serif">cfgStat.hemisphere   = 'left';<br>cfgStat.inputcoord   = 'mni' ;</font></div><div style="text-align:left" dir="ltr"><font face="arial,sans-serif"><br>cfgStat.avgovertime     = 'yes'; %'no'<br>cfgStat.parameter        ='avg.pow';<br>cfgStat.method           = 'montecarlo';<br>cfgStat.statistic        = 'depsamplesT'; </font>
<font face="arial,sans-serif">cfgStat.correctm         = 'cluster';<br>cfgStat.clusteralpha     = 0.05;<br>cfgStat.clusterstatistic = 'maxsum';<br>cfgStat.minnbchan        = 2;<br>cfgStat.tail             = 0;<br>cfgStat.clustertail      = 0;<br>cfgStat.alpha            = 0.05;<br>cfgStat.numrandomization = 1000;<br>cfgStat.neighbours       = neighbours;<br>cfgStat.design           = designMat;</font></div><div style="text-align:left" dir="ltr"><font face="arial,sans-serif"></font><br></div><div style="text-align:left" dir="ltr"><font face="arial,sans-serif"><br>[stat_mainCond_spcTime] = ft_sourcestatistics(cfgStat, cond1_allSub{:},cond2_allSub{:});<br></font>-------
<font face="arial,sans-serif"><br></font>
<span style="text-align:left;color:rgb(0,0,0);text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:400;text-decoration:none;word-spacing:0px;display:inline;white-space:pre-wrap;float:none;background-color:transparent"><font face="arial,sans-serif">Any ideas on how to solve this atlas source statistics problem (performing statistics on specific ROI and identify the cluster) would be greatly appreciated!<br></font>
<font face="arial,sans-serif">Thanks, </font>
<font face="arial,sans-serif">Adi <br></font></span><b></b><i></i><u></u><strike></strike><br></div></span></div></div></div></div></div></div>