<div dir="ltr">Hello 

Jan,<div><br></div><div>Thank you so much for your comments. </div><div><br></div><div>I am excluding bad channels while applying CAR. </div><div>Also, I tried excluding bad channels from ICA and interpolate them later. But as I had mentioned before, I am facing problems applying ft_freqstatistics. </div><div><br></div><div>Any suggestion on that?</div><div><br></div><div>Thanks again, </div><div> <br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b>Kinkini</b></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, May 2, 2020 at 1:51 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Kinkini,
<div><br>
</div>
<div>I would recommend not doing a CAR before you have removed bad channels.</div>
<div>Also, I would recommend not tu ‘repair’ any bad channels prior to running ICA.</div>
<div>Best wishes,</div>
<div>Jan-Mathijs</div>
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 1 May 2020, at 13:33, Kinkini . <<a href="mailto:bkinkini@gmail.com" target="_blank">bkinkini@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Dear FieldTripers,
<div><br>
</div>
<div>Hope everyone is coping well with the current situation.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am relatively new in fieldtrip and I have been long stuck with using ft_channelrepair for quite sometime now.</div>
<div><br>
</div>
<div>Briefly about my analysis pipeline:</div>
<div>1- Loading and epoching the data</div>
<div>2- ft_preprocessing - filtering, baselining, CAR</div>
<div>3- ft_databrowser - marking bad channels </div>
<div><font style="background-color:rgb(252,229,205)">4. ft_rejectvisual - rejecting bad channels; keepchannel = 'repair'</font></div>
<div><font style="background-color:rgb(252,229,205)">5. ft_channelrepair</font></div>
<div>6. ICA </div>
<div>7. TF Analysis</div>
<div>8. TF statististics</div>
<div><br>
</div>
<div>I have problems pertaining to step 4 and 5. In step 4 I want to keep the bad channels so that I can interpolate them in the next step. When I use data browser to look thorough the data, the bad channels look okay. But the problem starts when I
 perform ICA on them. My first observation is that the wchange value is very big (looks like this : 257868.69202720), but ICA runs completely. However the ICA component topoplots look weird (screenshots attached). However, when I look through the icabrowser plots
 , there are peaks at physiological frequencies. </div>
<div><br>
</div>
<div>In order to avoid this, I tried getting rid of the bad channels completely using ft_rejectvisual, perform ICA and then get back the missing channels using neighbourhood average. Doing this, I was able to perform TF analysis, but when I wanted
 to apply statistics on the data, I had errors. Finally, I had to avoid the entire step of  interpolation to be able to run everything and also perform statistics. But in a long run, I cannot avoid this step.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am finding no clue as to where is it going wrong. </div>
<div><br>
</div>
<div>Hence, any idea, any clue from you all would help me very much. I am happy to provide with more details if necessary.</div>
<div>Thank you so much for your response.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Kinkini Bhadra</div>
<div dir="ltr">PhD student</div>
<div>Department of Fundamental Neurosciences</div>
<div dir="ltr">University of Geneva</div>
<div dir="ltr"><br>
<div><b><br>
</b></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<span id="gmail-m_4773436516738468089cid:f_k9o3iwby0"><Screenshot 2020-05-01 11.57.28.png></span><span id="gmail-m_4773436516738468089cid:f_k9o3iwce1"><Screenshot 2020-05-01 11.57.42.png></span>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>