<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="box-sizing:border-box;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px;margin-top:0px">Hello,</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">I work as a Lab Coordinator for the Neurocognition of Communication Disorders Lab at Adelphi University, New York. We are looking to perform a cluster-based permutation test on our EEG data but have some questions as we are quite unfamiliar with how to apply it to this data in particular, and neither of us are too familiar with Matlab code.</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:-webkit-standard;font-size:medium">We collect our EEG data using a 128-HydroCel Geodesic Sensor Net from EGI/Philips, and therefore we have used NetStation to do most of our processing in the past. </span><br></p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">We have attempted to utilize the bountiful tutorials FieldTrip provides on their website and YouTube channel but to no avail. Specifically, we were using <a href="https://pastebin.com/yskmVKAh">this</a> code alongside <a href="https://vimeo.com/45658196">this</a> workshop video. We are simply not savvy enough with Matlab code, despite these resources, and would really appreciate if someone could provide some clarity on the process. Even the tutorials seem to assume the user is knowledgeable about Matlab code/certain, intricate things about the data itself that we just are not.</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px"></p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">We get stuck quite early on, particularly because we don't know what cfg.headerformat, cfg.dataformat, and cfg.eventformat would be for our system, as this seems to specify for the neuroscan system :</p><ol style="color:rgb(204,204,204);background-color:rgb(247,247,247);margin:0px;padding:0px 0px 0px 55px;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,"Lucida Console","Liberation Mono","DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace,serif;font-size:12px"><li class="gmail-li1" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de1" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg=<span class="gmail-br0" style="color:rgb(0,136,0)">[</span><span class="gmail-br0" style="color:rgb(0,136,0)">]</span>; <span class="gmail-co1" style="color:rgb(34,139,34)">% empties the universally used cfg-structure</span></div></li><li class="gmail-li2" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de2" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg.<span class="gmail-me1">dataset</span>=data<span class="gmail-br0" style="color:rgb(0,136,0)">{</span><span class="gmail-nu0" style="color:rgb(51,51,255)">1</span><span class="gmail-br0" style="color:rgb(0,136,0)">}</span>; <span class="gmail-co1" style="color:rgb(34,139,34)">% which dataset? Useful if a for-loop is used</span></div></li><li class="gmail-li1" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de1" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg.<span class="gmail-me1">trialdef</span>.<span class="gmail-me1">eventtype</span>= <span class="gmail-co2" style="color:rgb(160,32,240)">'?'</span>; <span class="gmail-co1" style="color:rgb(34,139,34)">% We don't know what events have happened</span></div></li><li class="gmail-li2" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de2" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg.<span class="gmail-me1">headerformat</span>=<span class="gmail-co2" style="color:rgb(160,32,240)">'ns_cnt32'</span>; <span class="gmail-co1" style="color:rgb(34,139,34)">% Watch Out! With the neuroscan system, you have to set the bit-rate</span></div></li><li class="gmail-li1" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de1" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg.<span class="gmail-me1">dataformat</span>=<span class="gmail-co2" style="color:rgb(160,32,240)">'ns_cnt32'</span>; <span class="gmail-co1" style="color:rgb(34,139,34)">% Otherwise you'll have corrupt data</span></div></li><li class="gmail-li2" style="background-color:rgb(255,255,255)"><div class="gmail-de2" style="padding:0px 8px;vertical-align:top;color:rgb(51,51,51);border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(221,221,221)">cfg.<span class="gmail-me1">eventformat</span>=<span class="gmail-co2" style="color:rgb(160,32,240)">'ns_cnt32'</span>;</div></li></ol><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px"><br></p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">Some additional questions:</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">Do you suggest beginning with a raw file and doing all processing in fieldtrip for the best results? As of now we have been using a combination of EEGLAB and NetStation 5 to process the data. We are assuming and hoping that all of this fieldtrip analysis could be one on a completely processed, averaged EEG file - but what file type works best? The default for EGI is .mff, but we could use .raw, .mat, .txt, and so on as exports from the NS5 program..</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px"></p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;margin-bottom:16px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px">Please advise as to what to do, or what further information you'd like from us. I apologize for potentially a loaded, vague question. We are very new to this type of analyzing (we usually use R/RStudio).</p><p style="box-sizing:border-box;margin-top:0px;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px;margin-bottom:0px">Thank you,</p><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="times new roman, serif"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;font-weight:600;line-height:19.2px">Ryan</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px"> </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;font-weight:600;line-height:19.2px">Priefer</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;line-height:19.2px"></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;font-style:italic;line-height:19.2px">Lab Technical Coordinator</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;line-height:19.2px">Communication Sciences and Disorders</span><br style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12.8px;line-height:19.2px">t: 516.877.6787</span></font><br></div></div></div></div></div></div></div></div>