<div dir="ltr">Dear FieldTrip experts,<br><br>My name is Judy Zhu and I am a PhD student at Macquarie University in Sydney, Australia.<br><br>I am using an LCMV beamformer in fieldtrip to estimate source activities from MEG data. My aim is to compute the magnitude of brain activity in selected ROIs over a timecourse, without worrying about the orientation of that activity. I am using free dipole orientation for the beamformer (cfg.lcmv.fixedori = 'no'), which gives me 3 spatial filters (1 on each axis) for each source vertex. Then I use spatial_filter * ERF to obtain 3 timecourses for each vertex, and then take the norm at every time sample, so that I eventually end up with 1 timecourse for this vertex. My understanding is that, by keeping all 3 orientations, I would obtain (for each orientation) a timecourse representing the absolute magnitude of activity at that source vertex in that orientation, and hence the entire timecourse should be positive. However, that is not the case - the timecourse for each orientation always contain positive and negative values. Is this as expected? What does the sign represent here?<br><br>Here's my code snippet:<br><br>cfg                 = [];<br>cfg.keeptrials      = 'no';<br>cfg.channel         = 'MEG';<br>cfg.grad            = grads;<br>cfg.senstype        = 'MEG';<br>cfg.method          = 'lcmv';<br>cfg.grid            = grid; <br>cfg.grid.unit       = 'cm';<br>cfg.headmodel       = headmodel;<br>%cfg.lcmv.lamda      = '5%';<br>cfg.lcmv.lamda      = '100%'; % regularisation parameter - set to 1 here because our data is rank-reduced (due to rejecting ICA comps)<br>cfg.lcmv.fixedori   = 'no';<br>cfg.lcmv.keepfilter = 'yes';<br>cfg.lcmv.projectmom = 'no';<br>cfg.lcmv.normalize  = 'yes'; %corrects for depth bias?<br>source_combined = ft_sourceanalysis(cfg, erf_allconds); % create spatial filter<br><br>% spatial filter for a selected vertex<br>F = source_combined.avg.filter{vertex_idx}; <br><br>% compute source timecourses in all 3 orientations for each condition<br>for i = conds<br>    VE.(cond_names{i}).avg = F(:,:) * erf.(cond_names{i}).avg(:,:); % estimated source activity = filter * erf<br>end<br><br>When using "free orientation" in ft_sourceanalysis, is the orientation information still embedded in the spatial filter generated? If so, how do I extract just the magnitude information? I've had a look at the other fields in the output, and these don't seem to be what I am after. The .mom field seems to be an estimated timecourse for each vertex (i.e. spatial_filter * ERF_averaged_over_all_conditions), and the .pow field contains a single value for each vertex (averaged over time?)<br><br>Any advice would be highly appreciated!<br><br>Many thanks,<br>Judy<br></div>