<div dir="ltr">Dear Stephen,<div><br></div><div>Thank you for your response. It seemed like your suggestion helped, but I thave another potential issue now.</div><div>The problem is, when I use <i>ft_databrowser </i>to visualise the trials after baseline corection loop, I can no longer see the markers, even if I add <i> cfg.plotevents  = 'yes'</i>. I can see that this information exists in the data structure, so I'm not sure if this is a problem per se. But the bigger issue is, after running these loops, the data becomes very large (even after being appended), impossible to save, and slows down the rest of my analysis, where regular baseline correction doesn't cause this. </div><div><br></div><div> Any ideas where I might be going wrong? I suspect I might have used the wrong kinds of brackets, but the curly brackets as in your suggestion caused an error about cell structures, and when I run it as I wrote, the data structures actually look fine.Or it might be the way that I made a loop to append the data, instead of spelling it out for all of the 360 trials.</div><div><br></div><div>Another somewhat related question, is it possible to have the baseline window outside of the defined trial length? </div><div><br></div><div> Here is what I did:</div><div><br></div><div> for trial_index = 1:360<br>          <br>     cfg                = [];<br>     cfg.demean         = 'yes';<br>     cfg.baselinewindow = [BaselineWindow(trial_index,1) BaselineWindow(trial_index,2)];<br>     cfg.trials         = trial_index;<br>     bl_end_E(trial_index)  = ft_preprocessing(cfg, data_end_E);<br>     <br> end      <br> </div><div>%% This results in the struct:</div><div> bl_end_E =   1×360 struct array with 8 fields:<br>    hdr<br>    fsample<br>    trialinfo<br>    sampleinfo<br>    trial<br>    time<br>    label<br>    cfg</div><div><br></div><div>%% Then I append the data:<br> data_base_end_E = bl_end_E(1);<br> <br> for trial_ind = 2:360<br>          <br>     cfg                 = [];<br>     cfg.keepsampleinfo  = 'yes';<br>     data_base_end_E     = ft_appenddata(cfg,data_base_end_E,bl_end_E(trial_ind));<br><br> end<br> </div><div>%% This results in losing hdr and fsample fields: data_base_end_E =   struct with fields:<br><br>         label: {29×1 cell}<br>     trialinfo: [360×4 double]<br>    sampleinfo: [360×2 double]<br>         trial: {1×360 cell}<br>          time: {1×360 cell}<br>           cfg: [1×1 struct]<br>%% So I add them back:</div><div>  base_end_E.hdr = data_end_E.hdr;<br>  base_end_E.fsample = data_end_E.fsample;<br><br></div><div>    %% Visual data inspection <br>    cfg                   = [];<br>    cfg.viewmode  = 'vertical'; <br>    cfg.continuous = 'no'; <br>    cfg.blocksize   = 1.5;<br>    cfg.channel     = {'all'}; <br>    cfg                   = ft_databrowser(cfg,data_base_end_E);<br></div><div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks again for the help!</div><div><br></div><div>Duru</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_-3068073089199784581gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><i style="font-size:12.8px">Duru G</i><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px;text-align:justify"><i>ü</i></span><i style="font-size:12.8px">n </i><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14.6667px;text-align:justify"><i>Ö</i></span><i style="font-size:12.8px">zkan</i><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><i><br></i></span></div><div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><font size="1" face="trebuchet ms, sans-serif"><b>Ph.D. student in Cognitive Social and Affective Neuroscience.<br></b></font></div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><font size="1" face="trebuchet ms, sans-serif"><b>Department of Psychology.<br>University of Rome "La Sapienza".<br>Via dei Marsi 78 - 00185 - Roma.</b></font></div><div style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><font size="1" face="trebuchet ms, sans-serif"><b> </b></font><b style="font-family:"trebuchet ms",sans-serif;font-size:x-small">e-mail: <a href="mailto:vanessa.era@uniroma1.it" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">durugun.ozkan@uniroma1.it</a></b></div><div><font color="#1155cc" size="1"><u><a href="https://agliotilab.org/lab-staff/phd-students/2nd-year#anchor" target="_blank">https://agliotilab.org/lab-staff/phd-students/2nd-year#anchor</a></u></font><br></div></div><div><font color="#1155cc" size="1"><br></font></div><div>> Hi Duru,<br><br>>   Use cfg.trials = trial_index<br>>   Put the output in a struct, i.e. bl{trial_index}<br>>   Then combine with ft_append_data([],bl{:});<br><br>>   Hope this helps,<br>>   Stephen<br><br><br>>   On Tue, 17 Sep 2019, 19:30 Duru Gun Ozkan, <<a href="mailto:durugun.ozkan@uniroma1.it" target="_blank">durugun.ozkan@uniroma1.it</a>><br>>   wrote:<br><br>> Hi everyone,<br>><br>> I have a question regarding specifying a different baseline correction<br>> time for each trial in ft_preprocessing.<br>> I had 360 audio stimuli all of which had different lengths. My trigger is<br>> located at the end of each stimuli, and I would like to place the baseline<br>> correction between 200 ms before stimulus start and stimulus start.<br>> I have a matrix for cfg.baselinewindow called BaselineWindow such as this:<br>> -1.83018 -1.630182<br>> -1.69807 -1.498071<br>> -0.58653 -0.38653<br>> -1.07604 -0.876039<br>> -2.2608 -2.060803<br>> -0.80863 -0.608632<br>> -1.55663 -1.356629<br>> -0.94261 -0.742605<br>> -1.20845 -1.008448 ...<br>> I tried to create a loop:<br>><br>> for trial_index = 1:360<br>><br>>      cfg = [];<br>>      cfg.demean        = 'yes';<br>>      cfg.baselinewindow = [BaselineWindow(trial_index,1)<br>> BaselineWindow(trial_index,2)];<br>><br>>      data_baselined_end_E = ft_preprocessing(cfg, data_end_E);<br>><br>>  end<br>><br>> This didn't work because it kept running the preprocessing with all the<br>> baselines with all trials, instead of keeping to its specific trial.<br>><br>> My question is, is there another way to specify individual baselines for<br>> individual trials? Or can anyone suggest to improve this loop to have the<br>> data preprocessed with its specific baseline windows?<br>><br>> Thank you in advance.<br>><br>> Best,<br>><br>>  <br><font color="#1155cc" size="1"><br></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div>