<div dir="ltr">Hi everyone!<div>I'm trying to analyzethe  EEG connecivity in resting state, but I don't know how to do it, I wan to get the connectivity info for all channel pairs in the EEG Bands (Delta, Theta, Alpha, Beta). I would like to use wPLI (or coherence) but I don't know how</div><div><br></div><div>First I imported my continuous data from neuroscan, </div><div><br></div><div><br></div><div>then I segmented it in 1 seg epochs,</div><div>then I tried to compute the fft using mtfft</div><div>and then I used the output to compute wPLI and save it as a variable named 'stat', but when I check 'stat' is empty</div><div><br></div><div>What is wrong?</div><div>What are the correct steps for wPLI computing?</div><div><br></div><div>Please help!</div><div>I'm so lost!</div><div>  Thanks in advance!  <br></div><div><br></div><div>here is my code:</div><div><br></div><div>Importing:</div><div><div>cfg =[];<br>>> cfg.dataset='../../KATYNRM.cnt';<br>>> kat_cnt=ft_preprocessing(cfg)<br>Warning: adding C:\Users\Omar\Documents\MatLab\Fieldtrip\external\eeglab toolbox to your MATLAB path <br>Loading file ../../KATYNRM.cnt ...<br>Reading data .....<br>Scaling data .....<br>Reading Event Table...<br>Skipping event table (tag != 1,2,3 ; theoritically impossible)<br>processing channel { 'FP1' 'FP2' 'F3' 'F4' 'C3' 'C4' 'P3' 'P4' 'O1' 'O2' 'F7' 'F8' 'T3' 'T4' 'T5' 'T6' 'FZ' 'CZ' 'PZ' }<br>reading and preprocessing<br>Loading file ../../KATYNRM.cnt ...<br>Reading data .....<br>Scaling data .....<br>Reading Event Table...<br>Skipping event table (tag != 1,2,3 ; theoritically impossible)<br>reading and preprocessing trial 1 from 1<br><br>the call to "ft_preprocessing" took 5 seconds<br><br>kat_cnt = <br><br>  struct with fields:<br><br>           hdr: [1×1 struct]<br>         label: {19×1 cell}<br>          time: {[1×63297 double]}<br>         trial: {[19×63297 double]}<br>       fsample: 500<br>    sampleinfo: [1 63297]<br>           cfg: [1×1 struct]<br></div><div></div></div><div>-------------------------------------------------------------------------</div><div>Epoching:</div><div><br></div><div>>> cfg=[];<br>>> cfg = [];<br>cfg.length  = 1;<br>cfg.overlap = 0;<br>katepoched = ft_redefinetrial(cfg, kat_cnt)<br>the input is raw data with 19 channels and 1 trials<br>the input is raw data with 19 channels and 1 trials<br>the call to "ft_redefinetrial" took 0 seconds<br>the call to "ft_redefinetrial" took 1 seconds<br><br>katepoched = <br><br>  struct with fields:<br><br>           hdr: [1×1 struct]<br>         trial: {1×126 cell}<br>          time: {1×126 cell}<br>       fsample: 500<br>         label: {19×1 cell}<br>    sampleinfo: [126×2 double]<br>           cfg: [1×1 struct]<br></div><div><br></div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">freqanalysis </pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">>> cfg=[];<br>>> cfg.hpfilter='yes';<br>>> cfg.hpfreq=1;<br>>> cfg = [];<br>cfg.method     = 'mtmfft'<br>cfg.taper      = 'hanning'<br>cfg.foilim     = [1 30];<br>cfg.keeptrials = 'yes'<br>powandcsd = ft_freqanalysis(cfg, katepoched)<br><br>cfg = <br><br>  struct with fields:<br><br>    method: 'mtmfft'<br><br><br>cfg = <br><br>  struct with fields:<br><br>    method: 'mtmfft'<br>     taper: 'hanning'<br><br><br>cfg = <br><br>  struct with fields:<br><br>        method: 'mtmfft'<br>         taper: 'hanning'<br>        foilim: [1 30]<br>    keeptrials: 'yes'<br><br>the input is raw data with 19 channels and 126 trials<br>the call to "ft_selectdata" took 0 seconds<br>Default cfg.pad='maxperlen' can run slowly. Consider using cfg.pad='nextpow2' for more efficient FFT computation.<br>processing trials<br>processing trial 126/126 nfft: 500 samples, datalength: 500 samples, 1 tapers<br><br>the call to "ft_freqanalysis" took 2 seconds<br><br>powandcsd = <br><br>  struct with fields:<br><br>        label: {19×1 cell}<br>       dimord: 'rpt_chan_freq'<br>         freq: [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30]<br>    powspctrm: [126×19×30 double]<br>    cumsumcnt: [126×1 double]<br>    cumtapcnt: [126×1 double]<br>          cfg: [1×1 struct]<br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">------------------------------------------------------------------</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">Connectivity:</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">>> cfg.method='wpli_debiased';<br>>> stat = ft_connectivityanalysis(cfg, powandcsd)<br>the call to "ft_selectdata" took 0 seconds<br>the call to "ft_connectivityanalysis" took 1 seconds<br><br>stat = <br><br>  struct with fields:<br><br>               labelcmb: {0×2 cell}<br>                 dimord: 'chancmb_freq'<br>    wpli_debiasedspctrm: [0×30 double]<br>                   freq: [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30]<br>                    cfg: [1×1 struct]<br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">--------------------------------</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">Thanks in advance!</pre></div></div>