
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<head>

<title></title>

</head>

<body>

<div name="messageBodySection">

<div dir="auto">Hi Eelke and Arjen,

<div dir="auto"><br /></div>

<div dir="auto">thanks for the pointers! On recording 2-end, we indeed started CTF, then repositioned people to be as close as possible to their headposition at the start of recording 1, and then started the task. </div>

<div dir="auto"><br /></div>

<div dir="auto">I’ll probably try out the beamformer with either taking the grad struct from recording 1, or an average one from ft_average_sens to see how much they differ. As you said, the grad structures from recording 2-end are most likely misleading since we repositioned people after starting CTF. I’ll see how much difference this makes in practice! Not sure whether slightly blurred channel positions are preferable to estimating common filters on rather different numbers of trials across people.</div>

</div>

</div>

<div name="messageSignatureSection"><br />

<div class="matchFont">

<p style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height: normal;">Best,<br />

<br />

—<br />

Anne E. Urai, PhD<br />

Postdoctoral Fellow, Cold Spring Harbor Laboratory<br />

www.anneurai.net / @AnneEUrai<br /></p>

</div>

</div>

<div name="messageReplySection">On Jul 30, 2019, 04:35 -0400, Eelke Spaak <e.spaak@donders.ru.nl>, wrote:<br />

<blockquote type="cite" class="spark_quote" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #1abc9c;">PS: Hmm, I may have misunderstood your point about head localization,<br />

sorry; did you reposition people *after* starting the CTF acquisition<br />

for data files n>1? In that case, yes you may need to do something<br />

more elaborate, and Arjen's pointers should hopefully be helpful...<br />

<br />

On Tue, 30 Jul 2019 at 09:26, Eelke Spaak <e.spaak@donders.ru.nl> wrote:<br />

<blockquote type="cite" class="spark_quote" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #e67e22;"><br />

Hi Anne,<br />

<br />

You mentioned that you used online head localization. For the<br />

recording sessions that are split up amongst several data files, did<br />

you reposition the subject to the original head position (i.e. the one<br />

stored in the first data file)? If that is the case, then you should<br />

be safe just using the gradiometer definition from the first data<br />

file. If that's not the case, then indeed averaging the gradiometer<br />

definitions makes sense. I don't think you need to explicitly deal<br />

with the head position channels, though; you can just read in all the<br />

grads using ft_read_sens and then average them together using<br />

ft_average_sens.<br />

<br />

Cheers,<br />

Eelke<br />

<br />

On Tue, 30 Jul 2019 at 05:54, Arjen Stolk <a.stolk8@gmail.com> wrote:<br />

<blockquote type="cite" class="spark_quote" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #3498db;"><br />

Hi Anne,<br />

<br />

Perhaps others can chime in since I lost the details on how to do this. It involves ft_headmovement and/or ft_average_sens, the latter of which you can find in the utilities folder. Have a look at those functions and see if you can figure it out from there in the meantime.<br />

<br />

Best,<br />

Arjen<br />

<br />

On Mon, Jul 29, 2019 at 7:35 PM Anne Urai <anne.urai@gmail.com> wrote:<br />

<blockquote type="cite" class="spark_quote" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #d35400;"><br />

Hi FieldTrippers,<br />

<br />

My data have some sessions in which all trials are recorded in one CTF file, and others were participants took breaks in between blocks and there are several CTF files. For source reconstruction, I’d like to use each full session to have a similar number of trials per participant to estimate my common filter and apply a DICS beamformer.<br />

<br />

This means I’ll need to create a grad struct from my appended session files. As far as I understand, the grad struct for CTF is defined at the start of each recording session. In this case, we used online head localization, so it makes more sense to take the average gradiometer position from all trials (after epoching and artefact rejection) that remain in the data.<br />

<br />

Is there a way to compute a new grad struct from the headloc channels, after appending several recording files?<br />

<br />

Best,<br />

<br />

—<br />

Anne E. Urai, PhD<br />

Postdoctoral Fellow, Cold Spring Harbor Laboratory<br />

www.anneurai.net / @AnneEUrai<br />

<br />

_______________________________________________<br />

fieldtrip mailing list<br />

https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br />

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br /></blockquote>

<br />

_______________________________________________<br />

fieldtrip mailing list<br />

https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br />

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br /></blockquote>

</blockquote>

<br />

_______________________________________________<br />

fieldtrip mailing list<br />

https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br />

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br /></blockquote>

</div>

</body>

</html>