<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>Hi,<div><br></div><div>I've realized that the warning message often comes right after epoching (using ft_definetrial and then ft_redefinetrial). It seems like it successfully breaks the data into segments but still contains NaNs for whatever reason. Here are more details about the pipeline so far:</div><div><ol><li style="margin-left:15px">High pass filtering (0.1 Hz / FIR / order = 100)</li><li style="margin-left:15px">Downsampling (1024 to 128 Hz)</li><li style="margin-left:15px">Epoching (prestim 0.1, poststim 0.4)</li><li style="margin-left:15px">Base-line correction [ -0.1 0 ]</li><li style="margin-left:15px">Re-referencing (common avg.)</li><li style="margin-left:15px">ICA / component rejection </li><li style="margin-left:15px">Visual artifact removal</li><li style="margin-left:15px">Low pass filter (30 Hz)</li></ol><div>Any further help would be greatly appreciated.</div></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jeremy</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 17, 2019 at 4:57 PM Jeremy Pulmano <<a href="mailto:jpulmano@princeton.edu">jpulmano@princeton.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto">Hi Erika,</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">The original sampling rate is 1024 Hz and the new sampling rate is 128 Hz.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto">J</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 17, 2019 at 4:49 PM Erika Puiutta <<a href="mailto:erika.puiutta@uni-oldenburg.de" target="_blank">erika.puiutta@uni-oldenburg.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto"><div></div><div>Hey J,</div><div><br></div><div>this is just an educated guess since I don't really know how fieldtrip does the downsampling, but what is your sampling frequency and the sampling frequency you sample down to? Is it possible that your downsampling frequency is not a harmonic of your original sampling frequency (say 1000Hz to 300Hz)? Maybe there are NaNs for the new samples where fieldtrip can't find a corresponding one from the old sampling frequency?</div><div><br></div><div>Best of luck,</div><div>Erika</div></div><div dir="auto"><div><br>Am 17.07.2019 um 17:26 schrieb Jeremy Pulmano <<a href="mailto:jpulmano@princeton.edu" target="_blank">jpulmano@princeton.edu</a>>:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>I am new to both neuroscience and FieldTrip and am trying to debug my preprocessing pipeline of EEG data (biosemi .bdf files). These are the current steps:</div><div><ol><li style="margin-left:15px">High pass filtering</li><li style="margin-left:15px">Downsampling</li><li style="margin-left:15px">Epoching</li><li style="margin-left:15px">Base-line correction</li><li style="margin-left:15px">Re-referencing</li><li style="margin-left:15px">ICA / component rejection</li><li style="margin-left:15px">Visual artifact removal</li><li style="margin-left:15px">Low pass filter (I save the low pass filter for the end so that ICA yields better time course plots).</li></ol><div>However, after the first three steps (high pass, downsample, epoch), I continue to get the warning message: "Warning: data contains NaN values, no filtering or preprocessing applied," starting at baseline correction. It repeats itself over and over again. If I ignore these errors, the data looks incorrect in the end. Why does this happen, and how can I resolve this?</div></div><div><br></div><div>Any tips would be appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>J</div></div>
</div></blockquote></div><div dir="auto"><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>fieldtrip mailing list</span><br><span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></span><br><span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a></span><br></div></blockquote></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_1422488924757768724gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br><table cellpadding="0" cellspacing="0" border="0" style="font-family:arial,sans-serif;color:rgb(80,0,80)"><tbody><tr><td valign="top" style="padding-right:15px;padding-left:7px;border-right:1px dotted rgb(135,127,116)"><img width="56" height="71" src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=1-cTSY4Ow0kUKbhb45irGhGCGli8wFwgZ&revid=0B4aqG7IAPQqtWVpyeU8vUFBIS1A3RzdaeUh2NzBncThkVFdrPQ" style="margin-right: 0px;"></td><td valign="top" width="400" style="padding-left:15px"><font face="garamond, serif"><font color="#222222"><b>Jeremy Pulmano</b></font><br><span style="color:rgb(255,153,0)"><b>Princeton University Class of 2021</b></span><font color="#000000"><br>B.S.E. Computer Science<br></font><font color="#000000">e: <a href="mailto:jpulmano@princeton.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">jpulmano@princeton.edu</a> | c: (862) 220-5903</font></font></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>