<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Dear Eelke</div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif">Thanks for your response. I think it solved my problem</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 17, 2019 at 1:05 PM Eelke Spaak <<a href="mailto:e.spaak@donders.ru.nl">e.spaak@donders.ru.nl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Mohammad,<br>
<br>
I only now read your other email. I would definitely recommend<br>
following the procedure here for creating your source and head models:<br>
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#performing-group-analysis-on-3-dimensional-source-reconstructed-data" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/sourcemodel/#performing-group-analysis-on-3-dimensional-source-reconstructed-data</a><br>
It will make your life easier.<br>
<br>
Cheers,<br>
Eelke<br>
<br>
On Wed, 17 Jul 2019 at 09:45, Eelke Spaak <<a href="mailto:e.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">e.spaak@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear Mohammad,<br>
><br>
> You'll need to somehow obtain a transformation matrix from the<br>
> Neuromag coordinate system into MNI space. The Neuromag coordinate<br>
> system (like any MEG subject-space coordinate system) depends on<br>
> anatomical landmarks of an invididual subject, and is thus different<br>
> for different subjects. If you have a source model in Neuromag<br>
> coordinates, apparently somehow somewhere someone had access to the<br>
> individual fiducial locations and brain anatomy. It would be worth<br>
> checking whether you can obtain this.<br>
><br>
> *Alternatively*, you could take a template MRI in MNI space and<br>
> somehow manually realign that to Neuromag space, basically treating<br>
> the template head as if it were used during the actual MEG recording.<br>
> That will give you an mni-2-neuromag transformation matrix; taking the<br>
> pinv() of that will allow you to go the other way. I'm not sure this<br>
> is wise, though. (In any case, it will be suboptimal compared to using<br>
> individual anatomy; but specifically for the volume conduction model,<br>
> I don't know whether such a linear transform messes things up.) All in<br>
> all, creating a source and head model from scratch in the appropriate<br>
> coordinate system will probably be easier.<br>
><br>
> Cheers,<br>
> Eelke<br>
><br>
> On Tue, 16 Jul 2019 at 15:42, Mohammad Ostadmohammadi<br>
> <<a href="mailto:mohammad.ostad73@gmail.com" target="_blank">mohammad.ostad73@gmail.com</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > Yes I asked him about it, but because of large amount of data I wanted to know is there any way to convert coordinate systems without creating source_model from the scratch<br>
> ><br>
> > On Tue, Jul 16, 2019 at 6:05 PM Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs) <<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
> >><br>
> >> You mentioned before that your supervisor provided you with the data so far. Have you asked your supervisor to help you out?<br>
> >><br>
> >> Jan-Mathijs<br>
> >><br>
> >><br>
> >> On 16 Jul 2019, at 12:23, Mohammad Ostadmohammadi <<a href="mailto:mohammad.ostad73@gmail.com" target="_blank">mohammad.ostad73@gmail.com</a>> wrote:<br>
> >><br>
> >> Hi all,<br>
> >><br>
> >> is it possible to change source_model coordination system from neuromag to mni? i don't have access to mri data and only source_model and head_model is accessible.<br>
> >> _______________________________________________<br>
> >> fieldtrip mailing list<br>
> >> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> >> <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
> >><br>
> >><br>
> >> _______________________________________________<br>
> >> fieldtrip mailing list<br>
> >> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> >> <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
> ><br>
> > _______________________________________________<br>
> > fieldtrip mailing list<br>
> > <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> > <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>