<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div><font size="2"><span style="font-family:arial,sans-serif">May I ask a related question? In this case (cfg.correcttail = 'prob'), am I comparing the <span><b>two-tailed p-value of stat.prob</b> with <b>0.05</b> of cfg.alpha or with <b>0.025</b> from <span>cfg.correcttail = ‘alpha’</span>? <br>So in the example above (<span> where actual two-tailed p-value is 0.0376), am I able to reject or not the Null-Hypothesis?</span></span></span></font></div><div><font size="2"><span style="font-family:arial,sans-serif"><span><span><br></span></span></span></font></div><div><font size="2"><span style="font-family:arial,sans-serif"><span><span>Many thanks,</span></span></span></font></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif"><span style="font-size:12pt"><font size="2"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><span style="font-family:times new roman,serif">Bianca</span><br></span></font></span></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno mar 23 apr 2019 alle ore 18:56 Mathis Kaiser <<a href="mailto:mathis.kaiser@charite.de">mathis.kaiser@charite.de</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Patrick,<br>
<br>
unless you have specified cfg.correcttail = 'prob', you are correct in<br>
assuming you have to double the cluster-level p-values for a two-tailed<br>
test.<br>
<br>
See<br>
<a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/why_should_i_use_the_cfg.correcttail_option_when_using_statistics_montecarlo/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/why_should_i_use_the_cfg.correcttail_option_when_using_statistics_montecarlo/</a><br>
<br>
Best,<br>
Mathis<br>
<br>
On 23.04.19 17:18, <a href="mailto:psdwyer@ucdavis.edu" target="_blank">psdwyer@ucdavis.edu</a> wrote:<br>
> Hello,<br>
> <br>
> I was wondering if I could ask a clarification question about the<br>
> correct interpretation of the outputs of Fieldtrip’s<br>
> ft_timelockstatistics function?<br>
> <br>
> Online, it says:<br>
> <br>
> “We use cfg.alpha to control the false alarm rate of the permutation<br>
> test (the probability of falsely rejecting the null hypothesis). The<br>
> value of cfg.alpha determines the critical values with which we must<br>
> compare the test statistic (i.e., the maximum and the minimum<br>
> cluster-level statistic). Note that if you want to run a two-sided test,<br>
> you have to split the critical alpha value by setting cfg.correcttail =<br>
> ‘alpha’; i.e. this sets cfg.alpha = 0.025, corresponding to a false<br>
> alarm rate of 0.05 in a two-sided test. The field cfg.alpha is not<br>
> crucial. This is because the output of ft_timelockstatistics (see<br>
> further) contains a p-value for every cluster (calculated under the<br>
> permutation distribution of the maximum/minimum cluster-level<br>
> statistic). Instead of the critical values, we can also use these<br>
> p-values to determine the significance of the clusters.”<br>
> <br>
> I interpreted this to mean that I should double all the p-values I get<br>
> in the final output, since I am running two-tailed tests. E.g., if I<br>
> specify that I want a two-tailed test in cfg.tail and if I then get an<br>
> output saying:<br>
> <br>
> stat.posclusters<br>
> ans =<br>
> struct with fields:<br>
> prob: 0.0188<br>
> clusterstat: 160.9688<br>
> stddev: 0.0014<br>
> cirange: 0.0027<br>
> <br>
> Then I interpret it to mean that the actual two-tailed p-value is<br>
> 0.0376, not 0.0188. However, I’m having second thoughts about this, and<br>
> wondering if I have this right.<br>
> <br>
> I’m afraid this is kind of urgent – I’m supposed to submit slides<br>
> tomorrow for a talk I’m giving where we analyze data using this<br>
> function, so if you have a chance to confirm whether I am interpreting<br>
> this correctly or not, that would be super-appreciated! Thanks so much,<br>
> <br>
> Patrick<br>
> <br>
>  <br>
> <br>
> Patrick Dwyer<br>
> <br>
> Ph.D. Student, Developmental Psychology<br>
> <br>
> Neurocognitive Development Lab <<a href="http://riveralab.ucdavis.edu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://riveralab.ucdavis.edu/</a>><br>
> <br>
> Center for Mind and Brain, UC Davis<br>
> <br>
>  <br>
> <br>
> Personal Blog: <a href="http://www.autisticscholar.com/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.autisticscholar.com/</a><br>
> <br>
> Pronouns: he/him/his<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
> <br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font color="#000000"><font size="2"><font face="verdana, sans-serif"><b>Bianca Trovò</b></font></font></font></div><div dir="ltr"><font color="#000000"><font size="2"><font face="verdana, sans-serif"><br><div style="text-align:left">PhD student, Sorbonne Université</div></font></font><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><div style="text-align:left"><font style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px" color="#000000"><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Cognitive Neuroimaging unit, </span></font><span style="font-size:12.8px">INSERM U992</span></div></span></font><font color="#000000"><div style="text-align:left"><font color="#000000"><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Neurospin center, </span></font><span style="font-family:verdana,sans-serif">CEA/SAC/DSV/I2BM</span></div></font></div><div dir="ltr" style="text-align:left"><font color="#000000"><a href="https://www.google.fr/maps/dir/''/neurospin+cea/data=!4m5!4m4!1m0!1m2!1m1!1s0x47e67f14e80ea87d:0x9c50e7a885b66e5d?sa=X&ved=0ahUKEwibj43H7fnWAhWCB8AKHdGHBbYQ9RcImwEwCw" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">Bât 145,Point Courier 156, 91191 Gif-sur-Yvette Cedex, FRANCE</a></font></div><div dir="ltr" style="text-align:left"><font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:verdana,sans-serif">Phone (office): </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:verdana,sans-serif">+33169089319</span></font></div><div dir="ltr"><div style="text-align:left"><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(0,0,0)">Email (office): </span><u style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><a href="mailto:bianca.trovo@cea.fr" target="_blank">bianca.trovo@cea.fr</a></u></div><b style="color:rgb(64,64,64);font-family:"Segoe UI",sans-serif;font-size:12.8px"><div style="text-align:left"><b style="font-size:12.8px"><font style="color:rgb(17,85,204)" size="2" face="verdana,sans-serif"><a href="http://www.unicog.org/site_2016/lab/the-computational-brain/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">Unicog Lab - Computational Brain Team</a> </font></b></div></b></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>