<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Dear all, </font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">I am carrying out a source parcellation task using <span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><i>atlas_MMP1.0_4k.mat </i>from Fieldtrip tutorials. </span></font></div><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">The structure of the source I am using contains the following fields:</font></span></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font face="arial, sans-serif">       <font color="#0000ff">  </font><font color="#000000">freq: 10.0000</font></font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">    cumtapcnt: [69×1 double]</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">          dim: [15 19 15]</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">       inside: [4275×1 logical]</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">          pos: [4275×3 double]</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">       method: 'average'</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">          avg: [1×1 struct]</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">          cfg: [1×1 struct]</font></i></div></blockquote><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">Moreover, <i>avg</i> field inside source contains the following sub-fields:</font></span></div><div class="gmail_default" style=""><span style="white-space:pre-wrap"><font color="#000000" face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font color="#000000" face="arial, sans-serif">        <i>  pow: [1×4275 double]</i></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">             ori: {1×4275 cell}</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">          filter: {1×4275 cell}</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">             mom: {1×4275 cell}</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">           label: {128×1 cell}</font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><i><font color="#000000" face="arial, sans-serif">    filterdimord: '{pos}_ori_chan'</font></i></div></blockquote></blockquote><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></span></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap">Then, I have parcelled the source taking as reference Fieltrip tutorials (</span><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/salzburg/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/salzburg/</a> and <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/#connectivity-analysis-and-parcellation" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/#connectivity-analysis-and-parcellation</a>), developing the segment of code below:</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">                       <i> load atlas_MMP1.0_4k.mat;<br>                        cfg = []; <br>                        cfg.parameter    = 'avg.pow';<br>                        cfg.voxelcoor ='no';<br>                        sourcemodel =<b> ft_sourceinterpolate</b>(cfg, source, atlas);</i><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><i><font face="arial, sans-serif"><br></font></i></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">                        <i>cfg = [];<br>                        cfg.parcellation = 'parcellation';<br>                        cfg.parameter    = 'all';<br>                        parcelled_source =<b> ft_sourceparcellate</b>(cfg, sourcemodel, atlas); <br></i></font></div><div class="gmail_default" style=""><i><font face="arial, sans-serif"><br></font></i></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">Finally,  I have performed the connectivity analysis based on<i> coherence</i> method as follows:</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">                          <i>cfg         = [];<br>                          cfg.method = 'coh';<br>                          cfg.complex = 'absimag'; <br>                          source_connect = <b>ft_connectivityanalysis</b>(cfg, parcelled_source);</i><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">But I get the following error:</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font color="#ff0000"><span style="font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">Reference to non-existent field 'crsspctrm'.     </span><span style="font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">Error in ft_connectivityanalysis (line 550)         </span><span style="font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">data.(inparam) = reshape(data.(inparam), [1 size(data.(inparam))]);</span>  </font></div></blockquote></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">I am suspicious that this problem arises from the fact that when interpolating the sources I remove data related with <i>avg</i> field or structure. Does anyone know how can I mantain data related with the <i>crsspctrm </i>or how can I set cfg fiels so that I keep data related to<i> crsspctrm?</i></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><i><br></i></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif">P.D.: I have also read about alternative<b> ft_connectivity_XXX</b> functions, but I do not really understand the differences with the classical<i> ft_connectivityanalysis</i> function. Does anyone know if there is an alternative function that can work for my case study?</font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></blockquote><div class="gmail_default" style=""><br></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">I would be really grateful if someone could help me, <span style="color:rgb(33,37,41);white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif">Irene</font></div></div>