<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">Hi Sara,<br><div><br></div><div>I unfortunately still cannot reproduce your error. When I check out the same FT version as you're using, I get the following atlas structure:</div><div><br></div><div><font face="courier new, monospace">>> atlas = ft_read_atlas('~/repos/fieldtrip/template/atlas/aal/ROI_MNI_V4.nii')<br>Rescaling NIFTI: slope = 1, intercept = 0<br><br>atlas = <br><br>  struct with fields:<br><br>            dim: [91 109 91]<br>            hdr: [1×1 struct]<br>      transform: [4×4 double]<br>           unit: 'mm'<br>         tissue: [91×109×91 double]<br>    tissuelabel: {1×116 cell}<br>       coordsys: 'mni'</font><br></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Could you check whether you have perhaps multiple FT versions on your path? The easiest is to do the following:</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">>> restoredefaultpath(); addpath('~/repos/fieldtrip/'); ft_defaults();</font><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Of course replacing the FT path with the one appropriate for you.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Let me know whether it works!</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Cheers,</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Eelke</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><br></div></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 20 May 2019 at 09:11, Sara Noriega Casuso <<a href="mailto:sara.noriega@alumni.mondragon.edu">sara.noriega@alumni.mondragon.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Eelke, <div><br></div><div>Thank you for the response. </div><div>I have just downloaded the last version (Fieldtrip-20190419), but I still have problems. </div><div>The error that I get is the same:</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i>Reference to non-existent field 'tissue'.</i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i><br></i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i>Error in getsubfield (line 45)</i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i>  s = s.(t{k});</i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i><br></i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i>Error in ft_sourceinterpolate (line 215)</i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i>  if ~iscell(getsubfield(functional, cfg.parameter{i}))</i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:10px;line-height:normal;font-family:Courier"><i><br></i></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal">Thank you, </p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;line-height:normal">Sara</p></div><div><br></div></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El lun., 20 may. 2019 a las 8:48, Eelke Spaak (<<a href="mailto:e.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">e.spaak@donders.ru.nl</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Sara,<br>
<br>
Are you using a recent version of FieldTrip? I think the fields<br>
atlas.brick0 etc. have long been replaced with atlas.tissue. Let me<br>
know if the issue persists if you use a recent FT.<br>
<br>
Cheers,<br>
Eelke<br>
<br>
On Sat, 18 May 2019 at 18:30, Sara Noriega Casuso<br>
<<a href="mailto:sara.noriega@alumni.mondragon.edu" target="_blank">sara.noriega@alumni.mondragon.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello all,<br>
><br>
> I have performed source reconstruction and now I want to interpolate an atlas onto my sourcemodel, and I am following this tutorial:<br>
> <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_map_source_locations_between_two_different_representations/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_map_source_locations_between_two_different_representations/</a><br>
><br>
> I have downloaded the source model: standard_sourcemodel3d10mm.mat and the atlas ROI_MNI_V4.nii mentioned in the tutorial and computed this code:<br>
><br>
>    > atlas_MNI = ft_read_atlas('ROI_MNI_V4.nii');<br>
><br>
>    > load('standard_sourcemodel3d10mm.mat')<br>
><br>
><br>
><br>
>    >  cfg = [];<br>
><br>
>    > cfg.interpmethod = 'nearest';<br>
><br>
>    > cfg.parameter = 'tissue';<br>
><br>
>    > sourcemodel2 = ft_sourceinterpolate(cfg, atlas_MNI, sourcemodel);<br>
><br>
><br>
> However, I get this error:<br>
><br>
><br>
> Reference to non-existent field 'tissue'.<br>
><br>
><br>
> Error in getsubfield (line 45)<br>
><br>
>   s = s.(t{k});<br>
><br>
><br>
> Error in ft_sourceinterpolate (line 215)<br>
><br>
>   if ~iscell(getsubfield(functional, cfg.parameter{i}))<br>
><br>
><br>
> The atlas_MNI structure is defined as:<br>
>             dim: [91 109 91]<br>
>             hdr: [1×1 struct]<br>
>       transform: [4×4 double]<br>
>            unit: 'mm'<br>
>        coordsys: 'unknown'<br>
>          brick0: [91×109×91 uint16]<br>
>     brick0label: {1×9170 cell}<br>
><br>
> And the sourcemodel is:<br>
> dim: [18 21 18]<br>
>        pos: [6804×3 double]<br>
>     inside: [6804×1 logical]<br>
>        cfg: [1×1 struct]<br>
>       unit: 'cm'<br>
><br>
> I know that the units are not equal, but the error does not come from that argument.<br>
> Someone knows how can I handle this error?<br>
><br>
> Thank you in advance,<br>
> Sara<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
> <a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" rel="noreferrer" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>