<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>Continuing with the connectivity issue, we have seen that the problem of memory come from the size of the leadfield`s grid used previously for source reconstruction and now for connectivity. The variable related with that grid is <i>data.pos,  </i>which was created in<i> ft_prepareleadfield</i>. This value contains the coordinates of the centroids' voxels, related with the grid. As this variable is<i> </i>too large, it supposes really high computational effort that matlab cannot handle. </div><div><br></div><div>We want to cluster the <i>data.pos</i> voxels coordinates into different brain regions such as: temporal area, frontal field....</div><div><br></div><div>Does anyone know how we can group those coordinates into regions in order to decrease the size of <i>data.pos</i> variable needed in <i>ft_connectivityanalysis</i> function?</div><div><br></div><div>Thank you in advanced.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Hau idatzi du Elene Beitia Loinaz (<a href="mailto:elene.beitia@alumni.mondragon.edu">elene.beitia@alumni.mondragon.edu</a>) erabiltzaileak (2019 mai. 7, ar. (11:11)):<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Fieldtripers,<div><br></div><div>We are trying to perform a conectivity analysis using source reconstructed data. We have seen that <i>ft_connectivityanalysis </i>can be calculated using the output of <i>ft_freqanalysis </i>or <i>ft_sourceanalysis. </i>Someone knows which are the benefits of using the results obtain in <i>ft_sourceanalysis </i>to perform the connectivity analysis?</div><div><br></div><div>Furthemore, we have problems when we compute the choerence approach with the source reconstructed data. </div><div><br></div><div><u>Our code:</u></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">cfg           = [];</span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">cfg.method    = 'coh' </span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">coh           = ft_connectivityanalysis(cfg, beamformer);</span>  <br></div><div><br></div><div><u>The error that we obtain is:</u></div><div><div><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">Out of memory. Type "help memory" for your options.</span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">Error in univariate2bivariate (line 314)</span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">         data.crsspctrm = (transpose(mom)*conj(mom))./nrpt;</span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">Error in ft_connectivityanalysis (line 449)</span><br style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">[data, powindx, hasrpt] = univariate2bivariate(data, 'mom', 'crsspctrm', dtype, 'cmb', cfg.refindx,</span><span style="color:rgb(38,50,56);font-family:Roboto,sans-serif;font-size:13px">'keeprpt', 0);</span>  <br></div></div><div><br></div><div>This segment of code has been concluded following the tutorials below:</div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/networkanalysis/</a> </div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/connectivity/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/connectivity/</a></div><div><a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/meg-uk-2015/fieldtrip-connectivity-demo/" target="_blank">http://www.fieldtriptoolbox.org/workshop/meg-uk-2015/fieldtrip-connectivity-demo/</a></div><div><br></div><div>Thank you in advanced,</div><div><br></div><div>Waiting for your answer. <br></div></div></div>
</blockquote></div>