
<html><head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Dear Luca,<div class=""><br class=""></div><div class="">have you plotted both datasets in one figure?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">e.g.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">figure<br class="">cfg = [];<br class="">cfg.layout = layout;<br class="">cfg.interactive = 'yes';<br class="">cfg.showoutline = 'yes';<br class="">ft_multiplotER(cfg, ERP, Color_C);</div><div class=""><br class=""></div><div class="">This way, you’ll see whether the two ERP traces actually overlap.</div><div class="">However, if the average of your baseline is indeed „close to zero“ as you state, then the baselinecorrection will not have a huge impact. In other words, if there is nothing to subtract, the ERP will not change.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Julian</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Am 09.04.2019 um 11:55 schrieb Luca Moretti <<a href="mailto:moretti.l1991@gmail.com" class="">moretti.l1991@gmail.com</a>>:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Dear Julian,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I mean the second one: the signal does not change from Color_C to ERP. Inspecting Color_C as you suggested, it looks like there is a difference with ERP. However, ft_multiplotER seems to fail in plotting the ERP data. </div><div class="">At first I also thought that maybe I simply couldn't see the differences because the avarage was close to 0 in my baseline, but I tend to exclude this case as the figures are Always identical even when specifying different baseline periods, when plotting different electrodes, and when analyzing different subjects. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you again,</div><div class="">Luca</div></div><br class=""><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">Il giorno mar 9 apr 2019 alle ore 10:28 Julian Keil <<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank" class="">julian.keil@gmail.com</a>> ha scritto:<br class=""></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div style="word-wrap:break-word" class="">Dear Luca,<div class=""><br class=""></div><div class="">could you be a bit more precise in your description?</div><div class="">By saying that "figure Always turn out the same for each electrode“, do you mean that the ERP is identical at each electrode?</div><div class="">In that case, I suggest going back a step and checking whether the signal at each electrode is identical. That would indicate a problem earlier in your pipeline, e.g. that you overwrite the single electrodes with a common signal.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Or do you mean, that the signal does not change from Color_C to ERP? </div><div class="">In that case, I suggest inspecting Color_C in close detail, and computing the mean of the baseline interval by hand. If that value is close to zero, you can’t expect drastic changes from the baseline correction.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Hope that helps,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Julian</div><div class=""> </div><div class=""><div class="">

<div style="text-transform: none; text-indent: 0px; letter-spacing: normal; font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-weight: normal; word-spacing: 0px; white-space: normal;" class="">________________<br class="">Prof. Dr. Julian Keil<br class=""><br class="">Biological Psychology<br class="">Olshausenstrasse 62 - R. 306<br class="">24118 Kiel, Germany<br class=""><br class="">+49 - 0431 - 880 - 4872<br class=""><a href="http://www.biopsych.uni-kiel.de/en" target="_blank" class="">http://www.biopsych.uni-kiel.de/en</a><br class=""><br class=""><br class=""></div>

</div>

<div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Am 09.04.2019 um 10:11 schrieb Luca Moretti <<a href="mailto:moretti.l1991@gmail.com" target="_blank" class="">moretti.l1991@gmail.com</a>>:</div><br class="gmail-m_4637496068591179728gmail-m_-8489330499923319519Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Dear Fieldtrippers,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I have a problem concerning the calculation of ERPs with ft_timelockbaseline. After I have preprocessed the data (re-referenced, filtered, cleaned from artifact), this is what I have done:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">inputfile = (strcat('Subject_2_clean.mat'));<br class="">load (inputfile);<br class="">layout = 'easycapM1';</div><div class=""><br class="">%% Calculating ERP<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">cfg = [];<br class="">cfg.trials = find(data_clean_2.trialinfo==60);<br class="">Color_C = ft_timelockanalysis(cfg, data_clean_2);</div><div class=""><br class=""></div><div class="">%% Plotting<br class=""><br class=""></div><div class="">cfg = [];<br class="">cfg.baseline = [-.3 0];<br class="">cfg.channel = {'all'};<br class="">cfg.parameter = 'avg';<br class="">ERP = ft_timelockbaseline(cfg, Color_C);</div><div class=""><br class=""></div><div class="">figure<br class="">cfg = [];<br class="">cfg.layout = layout;<br class="">cfg.interactive = 'yes';<br class="">cfg.showoutline = 'yes';<br class="">ft_multiplotER(cfg, ERP)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">%%</div><div class=""><br class=""></div><div class="">My problem is that it doesn't matter what kind of baseline period I am chosing, the figure Always turn out the same for each electrode. I have even tried to set the baseline to the Whole trial period, but the figure I get from plotting individual channels from the multiplot is Always the same.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Can someone find something wrong with my code?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Many thanks!</div><div class="">Luca</div><div class=""><br class=""></div></div></div>

_______________________________________________<br class="">fieldtrip mailing list<br class=""><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class=""><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">

fieldtrip mailing list<br class="">

<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank" rel="noreferrer" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">

<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank" rel="noreferrer" class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br class="">

</blockquote></div>

_______________________________________________<br class="">fieldtrip mailing list<br class=""><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" class="">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br class="">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>