<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div>Dear Julian,</div><div><br></div><div>I have tried to follow your useful suggestion: I have plot ERP and Color_C together. What I have found is that they generally don't overlap: however, the waveforms are still identical. The only difference is that the baseline corrected waveform starts (and of course ends) at more positive values. </div><div><br></div><div>Now I am confused: Is this what baseline correction should do?</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Luca</div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">Il giorno mar 9 apr 2019 alle ore 12:57 Julian Keil <<a href="mailto:julian.keil@gmail.com">julian.keil@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div style="word-wrap:break-word">Dear Luca,<div><br></div><div>have you plotted both datasets in one figure?</div><div><br></div><div>e.g.</div><div><br></div><div>figure<br>cfg = [];<br>cfg.layout = layout;<br>cfg.interactive = 'yes';<br>cfg.showoutline = 'yes';<br>ft_multiplotER(cfg, ERP, Color_C);</div><div><br></div><div>This way, you’ll see whether the two ERP traces actually overlap.</div><div>However, if the average of your baseline is indeed „close to zero“ as you state, then the baselinecorrection will not have a huge impact. In other words, if there is nothing to subtract, the ERP will not change.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br></div><div><div><br><blockquote type="cite"><div>Am 09.04.2019 um 11:55 schrieb Luca Moretti <<a href="mailto:moretti.l1991@gmail.com" target="_blank">moretti.l1991@gmail.com</a>>:</div><br class="gmail-m_-3595303290510269640Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div>Dear Julian,</div><div><br></div><div>I mean the second one: the signal does not change from Color_C to ERP. Inspecting Color_C as you suggested, it looks like there is a difference with ERP. However, ft_multiplotER seems to fail in plotting the ERP data. </div><div>At first I also thought that maybe I simply couldn't see the differences because the avarage was close to 0 in my baseline, but I tend to exclude this case as the figures are Always identical even when specifying different baseline periods, when plotting different electrodes, and when analyzing different subjects. </div><div><br></div><div>Thank you again,</div><div>Luca</div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">Il giorno mar 9 apr 2019 alle ore 10:28 Julian Keil <<a href="mailto:julian.keil@gmail.com" target="_blank">julian.keil@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid"><div style="word-wrap:break-word">Dear Luca,<div><br></div><div>could you be a bit more precise in your description?</div><div>By saying that "figure Always turn out the same for each electrode“, do you mean that the ERP is identical at each electrode?</div><div>In that case, I suggest going back a step and checking whether the signal at each electrode is identical. That would indicate a problem earlier in your pipeline, e.g. that you overwrite the single electrodes with a common signal.</div><div><br></div><div>Or do you mean, that the signal does not change from Color_C to ERP? </div><div>In that case, I suggest inspecting Color_C in close detail, and computing the mean of the baseline interval by hand. If that value is close to zero, you can’t expect drastic changes from the baseline correction.</div><div><br></div><div>Hope that helps,</div><div><br></div><div>Julian</div><div> </div><div><div>
<div style="text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-weight:normal;word-spacing:0px;white-space:normal">________________<br>Prof. Dr. Julian Keil<br><br>Biological Psychology<br>Olshausenstrasse 62 - R. 306<br>24118 Kiel, Germany<br><br>+49 - 0431 - 880 - 4872<br><a href="http://www.biopsych.uni-kiel.de/en" target="_blank">http://www.biopsych.uni-kiel.de/en</a><br><br><br></div>
</div>
<div><blockquote type="cite"><div>Am 09.04.2019 um 10:11 schrieb Luca Moretti <<a href="mailto:moretti.l1991@gmail.com" target="_blank">moretti.l1991@gmail.com</a>>:</div><br class="gmail-m_-3595303290510269640gmail-m_4637496068591179728gmail-m_-8489330499923319519Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Fieldtrippers,</div><div><br></div><div>I have a problem concerning the calculation of ERPs with ft_timelockbaseline. After I have preprocessed the data (re-referenced, filtered, cleaned from artifact), this is what I have done:</div><div><br></div><div>inputfile = (strcat('Subject_2_clean.mat'));<br>load (inputfile);<br>layout = 'easycapM1';</div><div><br>%% Calculating ERP<br></div><div><br></div><div>cfg = [];<br>cfg.trials = find(data_clean_2.trialinfo==60);<br>Color_C = ft_timelockanalysis(cfg, data_clean_2);</div><div><br></div><div>%% Plotting<br><br></div><div>cfg = [];<br>cfg.baseline = [-.3 0];<br>cfg.channel = {'all'};<br>cfg.parameter = 'avg';<br>ERP = ft_timelockbaseline(cfg, Color_C);</div><div><br></div><div>figure<br>cfg = [];<br>cfg.layout = layout;<br>cfg.interactive = 'yes';<br>cfg.showoutline = 'yes';<br>ft_multiplotER(cfg, ERP)</div><div><br></div><div>%%</div><div><br></div><div>My problem is that it doesn't matter what kind of baseline period I am chosing, the figure Always turn out the same for each electrode. I have even tried to set the baseline to the Whole trial period, but the figure I get from plotting individual channels from the multiplot is Always the same.</div><div><br></div><div>Can someone find something wrong with my code?</div><div><br></div><div>Many thanks!</div><div>Luca</div><div><br></div></div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank" rel="noreferrer">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank" rel="noreferrer">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank" rel="noreferrer">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202" target="_blank" rel="noreferrer">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</a><br>
</blockquote></div>