<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head>
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Maybe it worked by chance.<o:p></o:p></p><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal">Thanks, </p><p class="MsoNormal">Marion </p><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal"><b><span style="color:#2F5597">Marion VINCENT</span></b><span style="color:black"><br>Eng., PhD , CNRS Research Engineer<br><b>Tel</b>: +33 607 59 46 76<br><br>Laboratoire SCALab UMR CNRS 9193<br>Université Lille 3<br>BP 60149<br>59653 Villeneuve d'Ascq Cedex<br><i>http://scalab.cnrs.fr</i><br>--------------------------------------------<br>L’Imaginarium / SCV-IrDIVE Equipex<br>99a Boulevard Descat<br>59200 Tourcoing<br><i>http://www.irdive.fr</i>/</span><o:p></o:p></p><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><div style="mso-element:para-border-div;border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><p class="MsoNormal" style="border:none;padding:0cm"><b>De : </b><a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">Schoffelen, J.M. (Jan Mathijs)</a><br><b>Envoyé le :</b>lundi 4 mars 2019 18:11<br><b>À : </b><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">FieldTrip discussion list</a><br><b>Objet :</b>Re: [FieldTrip] ft_singleplotTFR issues.</p></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal">Hi Marion, <o:p></o:p></p><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">The assertion on line 177 (in the current version of the code this is line 178) of ft_singleplotTFR checks for the presence of a ‘freq’ and ‘time’ field in your data. It seems as if your data doesn’t meet this expectation. Hence the error.<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Jan-Mathijs<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><div><p class="MsoNormal">J.M.Schoffelen, MD PhD<br>Senior Researcher, VIDI-fellow - PI, language in interaction<br>Telephone: +31-24-3614793<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Physical location: room 00.028<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Donders Centre for Cognitive Neuroimaging, Nijmegen, The Netherlands<o:p></o:p></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">On 4 Mar 2019, at 16:02, Marion Vincent <<a href="mailto:marion.vincent@univ-lille.fr">marion.vincent@univ-lille.fr</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><div><div><p class="MsoNormal">Dear all,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">I’m having some troubles using the ft_singleplotTFR for time-frequency analysis.<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">I’ve tried 2 different TF analysis : 'mtmfft' for low frequencies and ‘'mtmconvol'’ for high frequencies.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">However I’ve got the Following error for the single plot of the low freq TF (but it works for high freq TF).<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">****************************<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Error using ft_singleplotTFR (line 177)<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">please use ft_singleplotER for time-only or frequency-only data<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">****************************<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Does anyone have any idea ? I’ve put the entire code below.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks !<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Marion<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% TIME-FREQUENCY ANALYSIS<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">close all<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">clear all<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% ************************ INITIALIZATION ******************<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% Parameters to change<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">EXP = '1';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">seg_window = [1 1.1]; % in seconds %preStim/postStim<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">cond = 1; % number of the experimental condition 1 to 4<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Baseline_Window = [-1 0] ; %as the baseline lasts 1s before the stimulus onset<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% initialize fieldtrip<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">startup()<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% initialize paths<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">path_Biosemi = 'C:\Users\Marion\Documents\EEG\Prosodie - Angele\AV-Exps';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">path_data='C:\Users\Marion\Documents\MATLAB\EEG_AV-Exps';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% subjects list<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">load(fullfile(path_data, 'data', 'Participants_List.mat'));<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">for i=1:27<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> subjects{i,1}=list_Participants(i);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">end<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">clear list_Participants i<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">%% ************************ TIME-FREQUENCY DOMAIN ANALYSIS --- WANG et al. 2017 %%%%%%%%<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% LOW FREQUENCIES: 2-30 Hz => Hanning multitaper %% fixed window length<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% HIGH FREQUENCIES: 25-100 Hz => Slepian multitaper<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">tic<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">nsubj = 4;%numel(subjects);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">tfreq_Low = cell(1,nsubj);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">tfreq_High = cell(1,nsubj);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">for i=1:nsubj<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> % load the erp data<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> datapath = strcat(path_data, '/data')<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> results_path=fullfile(datapath,['Participant_' num2str(subjects{i})]);<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"> <span class="apple-converted-space"> </span></p><div><p class="MsoNormal"> datafile = fullfile(results_path, ['erp_Cond' num2str(cond) '.mat']);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> % load the ERP data of subject i from disk<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> load(datafile);<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"> <span class="apple-converted-space"> </span></p><div><p class="MsoNormal"> erp=eval(['ERP_cond' num2str(cond)]);<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"> <span class="apple-converted-space"> </span></p><div><p class="MsoNormal"> % Low-frequencies 2-30 Hz<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg = [];<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.output = 'pow';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.method = 'mtmfft';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.taper = 'hanning';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.foi = 2:2:30; % analysis 2 to 30 Hz in steps of 2 Hz<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.t_ftimwin = ones(length(cfg.foi),1).*0.5; % length of time window = 0.5 sec<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.toi = -1:0.05:1.1; % time window "slides" from -1 to 1.1 sec in steps of 0.05 sec (50 ms)<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> tfreq_Low = ft_freqanalysis(cfg, erp);<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"> <span class="apple-converted-space"> </span></p><div><p class="MsoNormal">% % Visualization single plot<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% cfg = [];<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% cfg.channel = {'A1'}; <span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% figure<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">% ft_singleplotTFR(cfg, tfreq_Low);<o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"> <span class="apple-converted-space"> </span></p><p class="MsoNormal"> </p><div><p class="MsoNormal"> % High frequencies 25-100 Hz<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg = [];<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.output = 'pow';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.method = 'mtmconvol';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.taper = 'dpss';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.foi = 25:5:100; % analysis 25 to 100 Hz in steps of 5 Hz<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> h = ones(length(cfg.foi),1).*20 % vector 1 x numfoi, the amount of spectral smoothing through multi-tapering.<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> % Note that 4 Hz smoothing means plus-minus 4 Hz, i.e. a 8 Hz smoothing box.<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.t_ftimwin = ones(length(cfg.foi),1).*0.2; % length of time window = 0.2 sec FIXED<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.toi = -1:0.05:1.1; % time window "slides" from -0.1 to 1 sec in steps of 0.01 sec (10 ms)<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> tfreq_High = ft_freqanalysis(cfg, erp);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> % Visualization single plot<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg = [];<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.channel = {'A1'}; <span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> figure<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> ft_singleplotTFR(cfg, tfreq_High);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> % Visualization single plot<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg = [];<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> cfg.layout = 'C:\Users\Marion\Documents\MATLAB\EEG_AV-Exps\biosemi128.lay';<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> ft_multiplotTFR(cfg, TFRhann_HF);<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">end<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><b><span style="color:#2F5597">Marion VINCENT</span></b><br>Eng., PhD , CNRS Research Engineer<br><b>Tel</b>: +33 607 59 46 76<br><br>Laboratoire SCALab UMR CNRS 9193<br>Université Lille 3<br>BP 60149<br>59653 Villeneuve d'Ascq Cedex<br><i><a href="http://scalab.cnrs.fr/">http://scalab.cnrs.fr</a></i><br>--------------------------------------------<br>L’Imaginarium / SCV-IrDIVE Equipex<br>99a Boulevard Descat<br>59200 Tourcoing<br><i><a href="http://www.irdive.fr/">http://www.irdive.fr</a></i><a href="http://www.irdive.fr/">/</a><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p></div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br></span><a href="https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">https://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br></span><a href="https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002202</span></a><o:p></o:p></p></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p><div><div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p></div></div></div></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div></body></html>